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万見
- PDB-5sdl: PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Porphyro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sdl
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Porphyromonas gingivalis in complex with Z321318226
要素Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
キーワードHYDROLASE / Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / peptidase / Porphyromonas gingivalis
機能・相同性
機能・相同性情報


developmental cell growth / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ / serine-type aminopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / peptide catabolic process / peptide binding / cell surface / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase S46 / Peptidase S46 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(4-methoxyphenyl)-N'-pyridin-4-ylurea / Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Tham, C.T. / Coker, J.A. / Krojer, T. / Foster, W.R. / Koekemoer, L. / Douangamath, A. / Talon, R. / Fearon, D. / von Delft, F. / Yue, W.W. ...Tham, C.T. / Coker, J.A. / Krojer, T. / Foster, W.R. / Koekemoer, L. / Douangamath, A. / Talon, R. / Fearon, D. / von Delft, F. / Yue, W.W. / Bountra, C. / Bezerra, G.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
University of Oxford0006369 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis group deposition
著者: Tham, C.T. / Coker, J.A. / Krojer, T. / Foster, W.R. / Koekemoer, L. / Douangamath, A. / Talon, R. / Fearon, D. / von Delft, F. / Yue, W.W. / Bountra, C. / Bezerra, G.A.
履歴
登録2022年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
B: Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,0646
ポリマ－161,5072
非ポリマー5574
水4,648258
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.920, 117.470, 147.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase / Dipeptidyl-peptidase 11 / DPP11


分子量: 80753.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
遺伝子: dpp11, PGN_0607 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B2RID1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-JHJ / N-(4-methoxyphenyl)-N'-pyridin-4-ylurea / 1-[(4-メトキシフェニル)]-3-(ピリジン-4-イル)尿素


分子量: 243.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H13N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: Morpheus Buffer system 1, 0.06M Divalents, 30% v/v Precipitant Mix 3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91589 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91589 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→59.82 Å / Num. obs: 66710 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 76.66 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 445964 / Scaling rejects: 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.44-2.571.6513405748850.5770.6721.7831.1100
10.91-59.8260.02551968590.9970.0120.02848.399.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.3 (18-SEP-2020)精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5JWF

5jwf


解像度: 2.44→59.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU R Cruickshank DPI: 0.367 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.362 / SU Rfree Blow DPI: 0.235 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.239
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2393 3377 5.07 %RANDOM
Rwork0.2094 ---
obs0.2109 66638 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 128.81 Å2 / Biso mean: 68.1 Å2 / Biso min: 43.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.7567 Å20 Å20 Å2
2---0.6059 Å20 Å2
3---12.3625 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.44→59.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10951 0 38 258 11247
Biso mean--123.81 65.8 -
残基数----1392
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3872SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1940HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11238HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1428SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8934SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11238HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg15220HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.77
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.46 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 71 5.33 %
Rwork0.2394 1262 -
all-1333 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7269-0.17350.26160.6665-0.12910.72350.1201-0.2127-0.0119-0.0730.0540.01660.0508-0.0969-0.1742-0.10280.0174-0.0307-0.0286-0.0141-0.147613.487822.251742.5081
20.5622-0.34590.10060.5805-0.09920.8527-0.0984-0.01580.0403-0.05590.0549-0.0303-0.18450.04230.0435-0.0327-0.0184-0.0014-0.0657-0.0187-0.07933.313111.2566-6.199
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A22 - 720
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B23 - 720

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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