PDB-5scz: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5scz

タイトル

Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-1224

要素

Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Mycobacterium tuberculosis / DHFR / NADP / Folate / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

NADP+ binding / dihydrofolate metabolic process / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-1224
著者: Mayclin, S.J. / Fairman, J.W. / Dranow, D.M. / Conrady, D.G. / Fox III, D. / Lukacs, C.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Other / Structure summary カテゴリ: pdbx_SG_project / pdbx_database_status / struct_keywords Item: _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5scz.cif.gz	90.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5scz.ent.gz	66.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5scz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5scz_validation.pdf.gz	983.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5scz_full_validation.pdf.gz	984.1 KB	表示
XML形式データ	5scz_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	5scz_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/5scz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/5scz	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002223 (26エントリ) 5scm 5scn 5sco 5scp 5scq 5scr 5scs 5sct 5scu 5scv
タイトル	DHFR structures, SSGCID
タイプ	ground state
解説	human and M. tuberculosis DHFR structures bound to ligands

-
関連構造データ

類似構造データ	5scp-1 6dds-3 5sd3-d 5scp-2 6cyv-d 5scs-d 5sco-d 3r33-d 1atl-1 5sd5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	29.500, 67.220, 72.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is a monomer, the same as asu

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 19832.365 Da / 分子数: 1 / 断片: MtDHFR / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: folA, dfrA, Rv2763c, MTV002.28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WNX1, dihydrofolate reductase

#1: タンパク質

Dihydrofolate reductase

分子量: 19832.365 Da / 分子数: 1 / 断片: MtDHFR / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: folA, dfrA, Rv2763c, MTV002.28c / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WNX1, dihydrofolate reductase

-
非ポリマー , 7種, 220分子

#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-HI9 / (2E)-3-(2-{3-[(2,4-diamino-6-ethylpyrimidin-5-yl)oxy]propoxy}pyridin-3-yl)prop-2-en-1-ol 分子量: 345.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 32 % / Mosaicity: 0.144 °
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: MCSG4 F7 (291329f7): 200mM magnesium formate, 100mM MES:NaOH pH6.5, 25% (w/v) PEG4000, 10mg/mL protein conc., cryo 15% ethylene glycol, puck pwp0-16

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PAD / 日付: 2017年5月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 15004 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 20.876 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_rim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 18.87 / Num. measured all: 83319

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8		0.92	0.296	3.84	2986	1079	997	0.358	92.4
1.8-1.84		0.956	0.254	5.15	3929	1094	1069	0.298	97.7
1.84-1.9		0.972	0.214	7.26	4646	1017	1012	0.242	99.5
1.9-1.96		0.986	0.169	9.53	5520	1015	1014	0.187	99.9
1.96-2.02		0.987	0.155	11.92	6110	994	993	0.17	99.9
2.02-2.09		0.99	0.142	12.73	5720	943	942	0.155	99.9
2.09-2.17		0.993	0.111	14.92	5356	919	917	0.122	99.8
2.17-2.26		0.996	0.105	15.98	5360	893	888	0.115	99.4
2.26-2.36		0.996	0.095	17.99	5253	847	846	0.104	99.9
2.36-2.47		0.995	0.088	19.49	5038	820	820	0.096	100
2.47-2.61		0.997	0.077	22.32	4644	786	785	0.084	99.9
2.61-2.77		0.997	0.07	24.14	4351	727	725	0.077	99.7
2.77-2.96		0.997	0.079	27.88	4524	714	713	0.086	99.9
2.96-3.2		0.996	0.075	30.92	4191	657	656	0.082	99.8
3.2-3.5		0.998	0.06	34.2	3606	593	593	0.066	100
3.5-3.91		0.997	0.049	37.96	3442	559	559	0.054	100
3.91-4.52		0.999	0.042	40.39	3073	495	495	0.045	100
4.52-5.53		0.998	0.041	39.05	2503	431	430	0.045	99.8
5.53-7.83		0.998	0.041	36.02	2014	341	341	0.046	100
	7.83	0.998	0.033	39.05	1053	209	209	0.037	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_2744	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→49.239 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1951	1400	9.34 %
R_work	0.1464	13585	-
obs	0.151	14985	99.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.87 Å² / B_iso mean: 16.6887 Å² / B_iso min: 4.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→49.239 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1294	0	89	212	1595

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1460
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.879	1995
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	209
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	274
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.882	872

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7501-1.8127	0.2559	132	0.2187	1245	1377	94
1.8127-1.8852	0.3017	123	0.2031	1332	1455	98
1.8852-1.971	0.281	144	0.1707	1358	1502	100
1.971-2.075	0.1882	147	0.1566	1322	1469	100
2.075-2.205	0.1979	118	0.1519	1357	1475	99
2.205-2.3752	0.2226	121	0.1566	1376	1497	100
2.3752-2.6142	0.2053	143	0.1479	1368	1511	100
2.6142-2.9924	0.1814	173	0.1435	1351	1524	100
2.9924-3.77	0.1708	149	0.1221	1390	1539	100
3.77-49.2587	0.1597	150	0.1262	1486	1636	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.336	0.1873	0.3435	3.0238	-2.4113	3.277	0.0433	0.0393	0.0739	-0.1506	-0.0034	0.0809	-0.1024	0.1301	-0.0376	0.0855	0.0251	-0.0052	0.0907	0.0053	0.0921	14.4859	12.8034	6.7045
2	0.2352	-0.1028	-0.2295	0.9882	0.5772	0.9891	0.1768	-0.0713	-0.0621	0.2084	-0.0957	-0.0501	0.1573	-0.0218	-0.0047	0.1445	-0.0096	-0.0156	0.0866	0.0206	0.1172	11.0468	-0.3536	23.3056
3	0.3381	-0.3987	0.1393	2.0783	-0.9386	2.3716	0.0451	0.08	-0.0747	-0.041	0.0801	0.1111	0.109	-0.5933	-0.2519	0.0937	-0.0106	-0.0061	0.1373	-0.0049	0.129	2.5458	7.9124	14.4854
4	0.9188	-0.2289	0.0544	2.2499	-0.0455	1.746	0.0287	0.0521	-0.0966	-0.0426	-0.0081	0.0617	0.0924	-0.0772	-0.0297	0.0698	-0.0081	-0.003	0.0955	-0.0027	0.0787	10.5824	-3.9059	5.0273
5	0.3735	-0.8387	-0.4095	5.3122	-1.0273	1.6137	-0.0889	-0.0869	0.1111	-0.3204	0.1567	-0.3201	-0.0788	0.0593	0.0316	0.1441	-0.0066	0.0162	0.1523	-0.0066	0.1631	18.3608	2.7649	-1.5166
6	0.3447	0.4724	-0.369	2.8107	-0.8354	3.1163	0.0989	-0.017	0.0195	-0.1073	-0.0356	-0.0949	-0.0871	0.0454	0.027	0.0689	0.0045	-0.0038	0.0756	-0.0188	0.0854	18.5673	6.2609	8.8095
7	0.9451	0.0187	-0.2896	1.1075	1.1428	1.3643	0.0268	-0.1495	-0.0865	0.3	-0.0146	-0.1327	0.0841	0.0992	0.1571	0.1193	-0.006	-0.0285	0.0983	0.0173	0.1282	14.669	6.165	23.0169
8	0.4766	0.1677	-0.8129	2.538	-1.1635	2.5685	0.1397	-0.2047	0.0604	-0.0183	-0.0377	-0.2642	-0.0954	0.1887	0.1491	0.1025	-0.0226	-0.021	0.1398	-0.0313	0.1478	21.3834	14.7369	18.1391
9	0.7138	-0.3428	-0.3478	1.4915	0.0615	1.3942	0.0604	-0.0653	0.1632	-0.022	0.0196	0.055	0.028	-0.0616	-0.0319	0.0995	-0.0223	-0.0084	0.108	0.0004	0.0831	7.8588	14.3068	23.2548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -6 through 9 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 24 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 35 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 36 through 76 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 77 through 89 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 90 through 106 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 107 through 125 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 126 through 139 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 140 through 159 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)