PDB-5sb4: Tubulin-todalam-8-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sb4

タイトル

Tubulin-todalam-8-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Milanos, L. / Ortega, J.A. / Blum, T.B. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

イタリア,

スイス, 3件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Rational Design of a Novel Tubulin Inhibitor with a Unique Mechanism of Action.
著者: Muhlethaler, T. / Milanos, L. / Ortega, J.A. / Blum, T.B. / Gioia, D. / Roy, B. / Prota, A.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2021年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年6月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sb4.cif.gz	899 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sb4.ent.gz	738.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sb4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5sb4_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sb4_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	5sb4_validation.xml.gz	78.2 KB	表示
CIF形式データ	5sb4_validation.cif.gz	105.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/5sb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/5sb4	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002214 (5エントリ) 5sb3 5sb4 5sb5 5sb6 5sb7
タイトル	Todalam compounds complexed with T2R-TTL
解説	Crystal structures of Tubulin-todalam-compound complexes

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.575, 157.329, 180.728
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 346分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-4B6 / N-{4-[2-(2-fluoroanilino)-1,3-thiazol-4-yl]phenyl}acetamide 分子量: 327.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₄FN₃OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00003 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→49.62 Å / Num. obs: 103407 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.557 % / B_iso Wilson estimate: 52.62 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.277 / R_rim(I) all: 0.287 / Χ²: 0.751 / Net I/σ(I): 10.14 / Num. measured all: 1401930 / Scaling rejects: 87

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.5-2.57	13.274	3.265	0.76	100193	7596	7548	0.27	3.395	99.4
2.57-2.64	13.557	2.513	1.06	99696	7355	7354	0.406	2.611	100
2.64-2.71	13.285	2.163	1.27	95347	7177	7177	0.474	2.25	100
2.71-2.8	13.321	1.757	1.6	92808	6967	6967	0.591	1.827	100
2.8-2.89	13.986	1.448	2.05	94865	6784	6783	0.694	1.503	100
2.89-2.99	13.548	1.158	2.58	88996	6569	6569	0.78	1.203	100
2.99-3.1	13.417	0.84	3.58	84918	6329	6329	0.871	0.873	100
3.1-3.23	14.284	0.684	4.57	87058	6095	6095	0.92	0.71	100
3.23-3.37	14.173	0.515	6	83368	5882	5882	0.957	0.534	100
3.37-3.54	13.969	0.368	8.28	77749	5566	5566	0.975	0.382	100
3.54-3.73	13.688	0.27	11.09	73301	5355	5355	0.985	0.28	100
3.73-3.95	12.745	0.184	14.7	64374	5052	5051	0.993	0.192	100
3.95-4.23	13.87	0.143	18.91	66231	4774	4775	0.996	0.149	100
4.23-4.57	13.021	0.104	23.63	57761	4436	4436	0.998	0.108	100
4.57-5	13.902	0.092	26.99	57302	4123	4122	0.998	0.096	100
5-5.59	13.951	0.107	24.01	52078	3733	3733	0.997	0.111	100
5.59-6.46	13.481	0.114	22.5	44715	3317	3317	0.997	0.118	100
6.46-7.91	12.672	0.079	29.05	36027	2843	2843	0.998	0.082	100
7.91-11.19	12.897	0.047	44.85	28593	2217	2217	0.999	0.049	100
11.19-49.62	12.849	0.043	50.69	16550	1307	1288	0.999	0.045	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.28	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.19.1_4122	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5LXT

5lxt

解像度: 2.5→49.62 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 25.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2302	9954	5.01 %
R_work	0.1983	188885	-
obs	0.1999	198839	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 198.16 Å² / B_iso mean: 66.7152 Å² / B_iso min: 31.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→49.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17268	0	195	330	17793
B_iso mean	-	-	59.72	53.54	-
残基数	-	-	-	-	2182

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.3577	328	0.358	6202	6530	98
2.53-2.56	0.3734	330	0.347	6301	6631	100
2.56-2.59	0.3462	333	0.3266	6322	6655	100
2.59-2.62	0.3482	331	0.3263	6295	6626	100
2.62-2.66	0.3705	329	0.3152	6257	6586	100
2.66-2.69	0.3374	335	0.3193	6379	6714	100
2.69-2.73	0.3421	329	0.3239	6228	6557	100
2.73-2.77	0.3039	333	0.3008	6329	6662	100
2.77-2.82	0.2978	335	0.2924	6342	6677	100
2.82-2.86	0.3167	331	0.2816	6262	6593	100
2.86-2.91	0.3192	332	0.2758	6307	6639	100
2.91-2.97	0.3058	330	0.2669	6298	6628	100
2.97-3.02	0.2945	331	0.2512	6273	6604	100
3.02-3.08	0.2969	334	0.2421	6317	6651	100
3.08-3.15	0.2385	329	0.2367	6339	6668	100
3.15-3.22	0.2646	327	0.2513	6223	6550	100
3.22-3.31	0.2696	331	0.2266	6335	6666	100
3.31-3.39	0.2655	336	0.2221	6304	6640	100
3.39-3.49	0.2197	335	0.2045	6340	6675	100
3.49-3.61	0.2265	333	0.187	6244	6577	100
3.61-3.74	0.2113	340	0.1833	6354	6694	100
3.74-3.89	0.2077	329	0.1714	6246	6575	100
3.89-4.06	0.1902	333	0.1628	6294	6627	100
4.06-4.28	0.1899	331	0.1518	6307	6638	100
4.28-4.54	0.1792	336	0.1397	6315	6651	100
4.54-4.89	0.1796	335	0.1357	6281	6616	100
4.89-5.39	0.1811	335	0.1558	6291	6626	100
5.39-6.16	0.2702	331	0.1722	6322	6653	100
6.17-7.76	0.1858	331	0.1711	6279	6610	100
7.76-49.62	0.1544	321	0.1461	6299	6620	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3562	0.0366	-0.1948	3.6059	0.8809	2.2317	0.0188	0.0529	0.2221	-0.6525	0.3235	-0.4458	-0.8168	0.4254	-0.3303	0.6117	-0.1523	0.1337	0.5157	-0.1602	0.4728	32.239	89.435	51.041
2	1.462	0.1652	-1.3316	4.0432	0.4091	2.6299	0.1407	-0.0058	-0.006	0.6042	0.0149	-0.0011	0.4059	0.3917	-0.1012	0.4456	0.0268	0.0065	0.4748	-0.1528	0.4703	30.126	74.017	59.132
3	1.8917	0.0799	0.2758	3.2453	0.7906	3.8603	0.1091	-0.0569	0.0914	0.2976	-0.0869	0.2003	-0.1742	-0.0615	-0.021	0.4303	0.0137	0.074	0.3529	-0.1015	0.4549	17.121	84.328	67.005
4	0.8214	-0.0933	0.4011	3.7055	1.6343	3.0057	-0.0778	-0.1713	0.0965	0.7324	0.0054	0.3418	-0.0048	-0.0588	0.0658	0.4831	-0.0323	0.1232	0.475	-0.0811	0.4732	19.02	82.998	73.395
5	1.5229	0.1319	-0.0635	3.2178	2.0082	4.4558	-0.0946	-0.0718	-0.3617	0.6778	0.3873	-0.3973	0.6722	1.2125	-0.2997	0.4551	0.1329	-0.1029	0.5217	-0.0959	0.5041	32.632	61.876	60.998
6	3.7234	-1.2914	-0.7915	3.1919	0.1729	3.2061	0.0488	0.123	0.4962	-0.2363	0.0234	0.0742	-0.7393	-0.2465	-0.0757	0.5346	0.0523	0.008	0.3415	-0.0166	0.5007	16.224	69.979	19.317
7	1.519	-0.24	-0.3932	2.1092	1.2704	3.492	0.0173	0.0082	0.2099	-0.1467	-0.024	0.087	-0.2638	-0.0718	-0.0281	0.286	0.0246	-0.0032	0.3548	-0.0688	0.393	20.324	55.933	25.377
8	2.5527	-0.4726	1.0889	2.5136	0.11	3.1753	-0.2366	-0.1427	0.1668	0.1997	-0.0483	0.4026	-0.0961	-0.8789	0.262	0.44	0.0535	0.0486	0.6752	-0.1897	0.5194	6.273	60.005	42.744
9	0.7999	-0.3672	0.4622	3.2361	0.8669	3.1285	-0.0859	-0.1125	-0.1387	0.6479	0.0221	0.0934	0.6721	0.1233	0.0171	0.3245	-0.0409	0.0101	0.3791	-0.0292	0.3523	21.001	40.169	32.099
10	1.089	-0.3493	0.1695	3.3463	0.3145	1.6299	-0.0586	0.1724	0.0559	-0.356	0.0843	-0.0363	-0.1712	0.1767	-0.0192	0.3502	-0.0867	0.0298	0.4417	-0.0299	0.3805	20.157	32.927	-11.986
11	0.81	-0.3216	0.0758	1.6367	0.996	1.7625	-0.021	-0.0487	0.0772	0.0294	-0.0606	0.1582	0.0434	-0.1953	0.0782	0.2802	-0.0695	0.0419	0.3382	-0.0258	0.3582	7.778	25.858	3.144
12	3.3682	-1.0044	0.3238	3.502	-0.0481	1.8336	-0.0634	0.5307	0.169	-0.6552	0.1934	-0.0091	-0.0265	-0.0733	-0.1223	0.7042	-0.1435	0.0344	0.8476	-0.0567	0.4267	17.286	9.525	-43.914
13	1.922	-0.0199	-0.3667	1.4626	0.0297	2.3047	-0.1276	0.371	-0.1561	-0.4122	0.2062	-0.2208	0.3133	0.2541	-0.0749	0.6058	-0.0495	0.0855	0.604	-0.1911	0.4676	22.75	-2.517	-34.036
14	2.7548	-2.3445	-0.2258	3.2888	-0.303	0.497	0.1207	0.1534	-0.1799	-0.5676	-0.2901	0.6204	0.4207	-0.7093	0.1408	0.6993	-0.1723	-0.0295	0.8079	-0.2054	0.6391	2.168	-6.372	-24.703
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16	3.4634	-0.6879	-1.363	1.364	-1.1169	2.2953	-0.2064	0.1827	-0.8807	-0.0365	-0.1171	0.061	0.5973	0.311	0.2622	0.8952	0.0114	0.0791	0.6428	-0.2465	0.752	30.231	-17.392	-24.409
17	2.2276	-1.0147	-0.3965	2.6953	0.7047	0.8533	-0.0634	-0.2615	0.0755	0.7279	0.2388	-0.3331	0.1824	0.5361	-0.1631	1.0246	-0.0554	-0.0464	0.7604	-0.2307	0.647	27.563	92.405	82.113
18	0.2097	-0.2645	-0.4688	0.1833	0.428	0.7655	-0.0668	-0.0207	-0.0106	0.2651	0.4972	-0.4527	0.402	0.7252	-0.4483	0.5304	0.0883	0.0169	0.7987	-0.2516	0.6801	43.034	27.818	4.215
19	2.8342	0.2757	-1.9524	3.1117	0.3537	4.001	-0.3299	0.3906	-0.5915	-0.2018	0.0203	-0.042	1.0394	-0.4784	0.2708	0.8381	-0.1015	0.1214	0.5338	-0.117	0.6015	6.104	54.673	69.672
20	3.3649	0.1226	2.0082	2.3	-2.3014	4.4945	-0.131	-0.5709	-0.0047	0.4483	-0.3779	-0.8972	-0.2963	1.4438	0.4496	0.7288	0.0662	-0.1183	1.1817	0.0939	0.7467	15.596	63.872	103.054
21	2.8033	-0.2691	1.1176	2.4907	-0.4097	2.4851	-0.2307	-0.6563	-0.634	0.702	-0.3957	-0.7656	0.9144	1.5212	0.5489	1.1181	0.2632	0.0695	1.2337	0.411	0.9723	10.865	51.505	105.726
22	0.4332	0.4978	-0.4718	0.8189	-0.3292	0.6632	-0.4602	-0.0783	-0.7512	0.1116	0.0481	-0.2648	0.9466	0.0682	0.2172	1.2379	0.1231	0.288	0.5281	0.1273	0.9425	-3.172	49.989	98.708
23	2.8638	0.1984	-1.5628	0.7985	-0.1497	3.2385	-0.3141	-0.0336	-0.4697	0.0735	0.1784	-0.0851	0.6366	-0.0485	0.1137	0.8139	-0.0185	0.1219	0.4629	-0.0301	0.5966	1.057	57.965	87.726
24	2.5196	-0.2807	-0.076	2.6844	-1.1423	8.6058	-0.1506	0.1502	-0.7047	0.161	-0.215	0.1118	0.347	-0.5642	0.3569	0.6616	-0.0603	0.0208	0.5808	0.0426	0.6828	-3.872	59.132	83.27

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 161:199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 200:311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 312:401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 402:437 )	A	402 - 437
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 1:88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 89:259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 260:372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 373:437 )	B	373 - 437
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 1:197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 198:440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN D AND RESID 1:88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 89:273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN D AND RESID 274:311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 312:399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 400:441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN E AND RESID 6:46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN E AND RESID 47:143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN F AND RESID 1:66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN F AND RESID 67:140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN F AND RESID 141:207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN F AND RESID 208:297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN F AND RESID 298:354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN F AND RESID 355:380 )	F	355 - 380

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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