PDB-5s5d: Tubulin-Z32400357-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s5d

タイトル

Tubulin-Z32400357-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s5d.cif.gz	925.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s5d.ent.gz	757.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s5d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5s5d_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s5d_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	5s5d_validation.xml.gz	89.2 KB	表示
CIF形式データ	5s5d_validation.cif.gz	122.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5d	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s4x-d 5s5w-d 5s4y-d 5s4v-d 5xiw-d 5s4s-d 5s5m-d 5gon-d 6fii-d 5s5u-d 5s4l-d 5s4r-d 5ca1-d 7dae-d 5s64-d 5s5e-d 5s5b-d 5ca0-d 7dad-d 5s67-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.070, 159.080, 179.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 914分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-NZJ / 1-(3-methylbenzene-1-carbonyl)piperidine-4-carboxamide 分子量: 246.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₈N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 896 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→63.42 Å / Num. obs: 235320 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.362 % / B_iso Wilson estimate: 48.693 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 1.038 / Net I/σ(I): 12.64 / Num. measured all: 1497208 / Scaling rejects: 96

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95	4.845	1.797	0.74	83569	17335	17248	0.309	2.022	99.5
1.95-2	5.366	1.253	1.19	89937	16806	16761	0.536	1.392	99.7
2-2.06	5.545	0.888	1.74	91100	16451	16429	0.69	0.983	99.9
2.06-2.12	5.809	0.663	2.42	92045	15881	15846	0.814	0.73	99.8
2.12-2.19	6.15	0.485	3.39	95000	15462	15446	0.901	0.531	99.9
2.19-2.27	6.692	0.387	4.45	99867	14938	14924	0.931	0.419	99.9
2.27-2.36	7.086	0.294	5.88	102461	14470	14459	0.964	0.317	99.9
2.36-2.45	7.005	0.228	7.45	97070	13863	13858	0.976	0.246	100
2.45-2.56	6.874	0.18	9.08	91797	13362	13355	0.984	0.195	99.9
2.56-2.69	6.544	0.144	10.97	83524	12774	12763	0.988	0.156	99.9
2.69-2.83	6.777	0.116	13.61	82269	12145	12139	0.992	0.126	100
2.83-3	7.029	0.091	17.27	81159	11550	11546	0.995	0.098	100
3-3.21	6.944	0.07	21.79	75137	10822	10820	0.997	0.076	100
3.21-3.47	6.591	0.057	25.74	66802	10142	10136	0.997	0.062	99.9
3.47-3.8	6.745	0.048	30.84	62942	9335	9332	0.998	0.052	100
3.8-4.25	6.993	0.043	35.9	59234	8470	8470	0.998	0.047	100
4.25-4.91	6.716	0.04	38.42	50319	7501	7492	0.998	0.043	99.9
4.91-6.01	6.491	0.04	37.33	41548	6404	6401	0.998	0.043	100
6.01-8.5	6.736	0.039	39.9	33756	5013	5011	0.999	0.042	100
8.5-63.42	6.128	0.036	43.59	17672	2900	2884	0.997	0.039	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 1.9→63.42 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	11888	5.05 %
R_work	0.1998	223404	-
obs	0.2012	235292	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 173.67 Å² / B_iso mean: 57.2834 Å² / B_iso min: 25.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→63.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17447	0	245	896	18588
B_iso mean	-	-	49.32	51.58	-
残基数	-	-	-	-	2200

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.4326	398	0.4056	7373	7771	99
1.92-1.94	0.4156	425	0.3878	7327	7752	100
1.94-1.97	0.3635	384	0.3478	7393	7777	100
1.97-1.99	0.3403	359	0.3168	7353	7712	100
1.99-2.02	0.3519	388	0.298	7419	7807	100
2.02-2.05	0.303	384	0.2846	7359	7743	100
2.05-2.08	0.2672	386	0.2687	7394	7780	100
2.08-2.11	0.3014	414	0.2618	7361	7775	100
2.11-2.14	0.2919	377	0.2577	7440	7817	100
2.14-2.17	0.2736	360	0.2477	7370	7730	100
2.17-2.21	0.2855	391	0.2373	7437	7828	100
2.21-2.25	0.2745	424	0.2381	7353	7777	100
2.25-2.3	0.2518	394	0.2258	7437	7831	100
2.3-2.34	0.2582	390	0.2228	7393	7783	100
2.34-2.39	0.2414	378	0.2216	7433	7811	100
2.39-2.45	0.2365	419	0.2244	7409	7828	100
2.45-2.51	0.2517	416	0.2211	7401	7817	100
2.51-2.58	0.2385	397	0.2131	7420	7817	100
2.58-2.65	0.2578	390	0.2194	7440	7830	100
2.65-2.74	0.2651	410	0.2245	7404	7814	100
2.74-2.84	0.2553	403	0.2192	7483	7886	100
2.84-2.95	0.2384	391	0.2169	7429	7820	100
2.95-3.09	0.2341	386	0.2111	7491	7877	100
3.09-3.25	0.2514	387	0.209	7509	7896	100
3.25-3.45	0.2277	385	0.2041	7489	7874	100
3.45-3.72	0.209	409	0.1913	7488	7897	100
3.72-4.09	0.2105	430	0.1698	7518	7948	100
4.09-4.68	0.1809	422	0.1562	7546	7968	100
4.69-5.9	0.1968	397	0.1716	7635	8032	100
5.9-63.42	0.1868	394	0.1691	7900	8294	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3637	-0.3903	-0.2344	4.3508	0.996	2.5136	0.0225	0.0932	0.1788	-0.3404	0.2039	-0.2385	-0.6109	0.1932	-0.2278	0.4405	-0.0679	0.0778	0.3685	-0.096	0.3499	32.1721	90.2415	50.4634
2	1.9856	-0.2999	-2.0401	5.4179	0.3054	2.6936	0.0191	-0.1123	-0.0811	0.2974	-0.006	-0.0376	0.174	0.1799	0.0082	0.3625	0.0446	-0.0284	0.3645	-0.1018	0.3134	30.2261	74.8188	58.8378
3	1.2025	-0.0444	0.2003	3.1501	0.752	3.6594	0.0989	0.0303	0.0179	0.2383	-0.0739	0.27	-0.0927	-0.2103	-0.0159	0.3673	0.0329	0.0591	0.328	-0.0809	0.3844	17.3267	85.2031	66.6964
4	0.9222	-0.208	0.1171	4.6068	1.3371	2.1052	-0.019	-0.2087	0.1418	0.839	0.0232	0.2175	-0.0031	-0.0807	-0.0167	0.4584	0.0112	0.101	0.4041	-0.0702	0.358	19.3118	83.9964	73.1239
5	0.784	-0.438	-0.4878	3.5007	1.9525	2.7676	-0.0279	-0.1246	-0.0981	0.5419	0.2035	-0.296	0.5137	0.3594	-0.1831	0.3808	0.0583	-0.0351	0.3903	-0.0914	0.4117	31.9127	65.0086	59.467
6	4.1885	-0.989	-0.4082	5.9994	0.737	2.641	0.1773	0.0734	0.617	-0.3426	-0.1165	0.1435	-0.9546	-0.1331	-0.0165	0.6032	0.0226	0.0055	0.3258	-0.0099	0.4286	15.7603	70.3182	19.1524
7	1.5067	0.0038	0.2822	1.8028	1.1102	2.9062	-0.0087	-0.0704	0.1371	-0.0265	-0.0466	0.0781	-0.2981	0.0223	0.0321	0.268	0.0023	0.0109	0.2835	-0.0574	0.2951	20.2534	56.208	25.0754
8	3.3624	-1.7673	1.1186	3.6852	-0.2085	2.7552	-0.2481	-0.0522	-0.1089	0.281	-0.0488	0.6174	-0.2314	-0.8984	0.2546	0.4183	0.0406	0.0781	0.6064	-0.1774	0.4629	5.8584	60.3553	42.4807
9	0.9745	-0.7312	-0.301	3.2564	1.8162	3.3614	-0.0034	-0.1969	-0.066	0.5532	0.0207	0.0475	0.4994	0.135	-0.0432	0.2913	-0.0447	0.0016	0.3499	-0.0239	0.3176	20.7224	41.7198	30.8531
10	1.3664	-0.2908	0.124	2.0609	0.5464	1.555	-0.0258	0.1653	0.1111	-0.2205	0.0845	-0.0361	-0.16	0.1193	-0.0538	0.2875	-0.0496	0.033	0.3623	-0.024	0.309	20.1442	33.4532	-12.1341
11	1.0642	-0.3371	0.0916	1.5006	0.8039	1.5284	-0.0059	-0.0003	0.07	0.1046	-0.0797	0.1272	0.0385	-0.2056	0.0755	0.2019	-0.0442	0.035	0.2681	-0.0205	0.273	7.847	26.3109	3.0706
12	4.6698	-1.3438	0.4253	6.5072	0.8451	1.6811	-0.0677	0.7	0.1908	-0.5252	0.1127	0.0581	-0.0709	-0.2033	-0.049	0.4486	-0.075	0.0371	0.7067	-0.0032	0.2709	17.2776	10.104	-44.1873
13	1.6102	0.1801	-0.2009	1.126	0.1249	1.7555	-0.0938	0.4599	-0.2283	-0.2266	0.2026	-0.2177	0.2281	0.1706	-0.0912	0.3941	-0.0158	0.0432	0.5209	-0.1816	0.3804	22.9034	-1.89	-34.4403
14	5.227	-1.8282	0.8981	3.9504	0.5043	2.9407	0.0555	0.4907	-0.1897	-0.2787	-0.2201	0.7549	0.1753	-0.8188	0.0728	0.4664	-0.13	0.0032	0.6484	-0.1484	0.5052	-0.3222	-5.5517	-26.3062
15	2.0993	-0.5271	-0.4659	1.6916	0.3563	2.2861	-0.1318	0.1967	-0.1884	0.0871	0.1205	0.226	0.1931	-0.2578	0.0111	0.4003	-0.0836	-0.0026	0.3691	-0.0947	0.3576	8.8375	-1.4211	-21.0248
16	2.8003	-0.4504	-1.5524	2.894	1.1452	3.7539	-0.2964	0.1521	-0.8482	0.2068	0.1505	-0.2591	0.7128	0.3938	-0.0692	0.5918	0.1082	-0.0279	0.5094	-0.2638	0.7296	30.5759	-16.7775	-24.8089
17	3.0502	-1.9099	0.2792	4.7887	0.8957	1.4727	0.112	-0.2167	-0.0074	0.8025	0.2297	-0.1301	-0.142	0.2166	-0.3346	0.7206	-0.0655	-0.0624	0.5328	-0.1498	0.5583	27.981	94.1208	81.1145
18	0.0405	-0.1679	-0.242	2.8387	2.9871	3.4311	-0.0228	0.0252	-0.0437	0.4644	0.7345	-0.7194	0.5448	0.9474	-0.7932	0.4136	0.0687	0.0091	0.7227	-0.2298	0.6622	43.1357	28.543	3.822
19	2.7989	1.3418	-1.5581	6.1845	1.6324	3.5355	-0.6888	0.6234	-0.5758	-0.1516	0.2521	-0.2112	1.2789	-0.5069	0.2855	0.8952	-0.1522	0.1819	0.5729	-0.1267	0.4883	6.6135	55.3951	69.7355
20	2.1391	1.1629	1.7772	3.3012	-0.6137	2.4428	0.0209	-0.9029	0.0612	0.4843	-0.3162	-0.9182	-0.0993	1.5216	0.2444	0.6508	0.1007	-0.1186	1.2142	0.0668	0.7018	16.5385	65.1135	102.7022
21	4.105	0.8731	2.2309	2.8512	0.3662	2.0518	-0.0476	-0.4779	-0.7263	0.523	-0.1608	-0.7541	1.2497	1.648	0.1909	0.963	0.4044	0.0517	1.1626	0.2529	0.8263	11.495	53.2728	105.9336
22	2.0013	0.805	-1.2558	2.4421	-0.4747	1.2775	-0.5509	-0.02	-0.8689	0.2284	0.1811	-0.3051	1.1421	-0.0011	0.0464	1.1094	0.0902	0.2092	0.4137	0.1036	0.7597	-2.2216	50.7965	99.4797
23	2.8723	0.1775	-2.3835	1.3184	0.7287	3.9155	-0.4382	0.2614	-0.4604	-0.1736	0.2439	-0.0946	0.9396	-0.1204	0.1249	0.7065	-0.043	0.0818	0.3893	0.0041	0.472	1.1356	59.0493	87.5973
24	3.2591	-2.9207	-0.5178	3.8757	2.0576	2.7438	0.1703	0.8403	0.3172	-0.1665	0.2984	0.5876	-0.5112	-1.0331	-0.337	0.5012	-0.1896	-0.0298	0.7845	0.0533	0.5878	-8.0947	63.8613	79.2994

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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