PDB-5s51: Tubulin-Z1251207602-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s51

タイトル

Tubulin-Z1251207602-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s51.cif.gz	917 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s51.ent.gz	756.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5s51_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s51_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	5s51_validation.xml.gz	83 KB	表示
CIF形式データ	5s51_validation.cif.gz	110.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s51	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s58-d 5s5h-d 5s60-d 6d88-d 4zi7-d 5s65-d 5xkf-d 5s5f-d 6fii-d 5s4v-d 7dae-d 5s5s-d 4o4l-d 7daf-d 7ce6-d 6bs2-d 5s5p-d 5xlz-d 5ca1-d 4i4t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.420, 157.450, 179.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 254分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-RWS / 1-(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)piperidine 分子量: 183.274 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₃N₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→78.73 Å / Num. obs: 115811 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.747 % / B_iso Wilson estimate: 75.637 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 1.019 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 781331 / Scaling rejects: 97

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.46	6.984	2.465	0.76	59185	8495	8474	0.327	2.662	99.8
2.46-2.53	6.887	2.036	0.92	56753	8273	8241	0.437	2.203	99.6
2.53-2.6	6.75	1.492	1.26	54085	8031	8013	0.562	1.617	99.8
2.6-2.68	6.423	1.187	1.57	50251	7843	7824	0.624	1.293	99.8
2.68-2.77	6.608	0.914	2.07	50223	7611	7600	0.757	0.993	99.9
2.77-2.87	7.039	0.659	2.94	51480	7320	7314	0.865	0.712	99.9
2.87-2.98	7.015	0.493	3.86	49672	7088	7081	0.919	0.532	99.9
2.98-3.1	6.92	0.332	5.47	47562	6880	6873	0.96	0.359	99.9
3.1-3.24	6.866	0.239	7.43	44775	6526	6521	0.977	0.259	99.9
3.24-3.39	6.637	0.171	9.68	41738	6301	6289	0.986	0.186	99.8
3.39-3.58	6.358	0.123	12.62	38086	5991	5990	0.992	0.134	100
3.58-3.79	6.71	0.093	16.51	37831	5641	5638	0.995	0.101	99.9
3.79-4.06	6.949	0.074	20.59	37287	5370	5366	0.997	0.08	99.9
4.06-4.38	6.85	0.062	24	34070	4977	4974	0.997	0.067	99.9
4.38-4.8	6.685	0.051	27.95	30771	4603	4603	0.998	0.055	100
4.8-5.37	6.24	0.05	27.53	26097	4184	4182	0.998	0.054	100
5.37-6.2	6.788	0.052	28.35	25286	3726	3725	0.998	0.056	100
6.2-7.59	6.814	0.046	32	21532	3163	3160	0.998	0.05	99.9
7.59-10.73	6.188	0.039	37.21	15439	2498	2495	0.998	0.042	99.9
10.73-78.73	6.359	0.035	42.17	9208	1458	1448	0.999	0.038	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.4→78.73 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2452	5770	4.98 %
R_work	0.2032	110027	-
obs	0.2054	115797	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 245.69 Å² / B_iso mean: 87.6376 Å² / B_iso min: 45.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→78.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17468	0	222	237	17927
B_iso mean	-	-	84.39	70.62	-
残基数	-	-	-	-	2208

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.43	0.3959	176	0.3696	3659	3835	100
2.43-2.46	0.3738	188	0.3518	3631	3819	100
2.46-2.49	0.3922	177	0.3412	3604	3781	100
2.49-2.52	0.3984	214	0.3513	3585	3799	100
2.52-2.55	0.3823	196	0.3506	3644	3840	100
2.55-2.59	0.3808	203	0.3285	3582	3785	100
2.59-2.62	0.3656	181	0.3188	3660	3841	100
2.62-2.66	0.3381	186	0.3002	3647	3833	100
2.66-2.7	0.372	166	0.2995	3618	3784	100
2.7-2.75	0.3303	202	0.2914	3663	3865	100
2.75-2.79	0.3387	178	0.2784	3609	3787	100
2.79-2.85	0.3308	181	0.268	3664	3845	100
2.85-2.9	0.312	203	0.2684	3659	3862	100
2.9-2.96	0.3263	179	0.2656	3638	3817	100
2.96-3.02	0.3232	187	0.2551	3641	3828	100
3.02-3.09	0.3138	189	0.2631	3661	3850	100
3.09-3.17	0.3	166	0.253	3685	3851	100
3.17-3.26	0.3027	189	0.2493	3662	3851	100
3.26-3.35	0.2996	152	0.2412	3684	3836	100
3.35-3.46	0.2721	196	0.2258	3664	3860	100
3.46-3.58	0.2709	208	0.2172	3661	3869	100
3.59-3.73	0.2518	222	0.207	3654	3876	100
3.73-3.9	0.2436	169	0.1942	3674	3843	100
3.9-4.1	0.2087	221	0.1819	3661	3882	100
4.1-4.36	0.2159	196	0.1683	3705	3901	100
4.36-4.7	0.1841	210	0.1458	3668	3878	100
4.7-5.17	0.1759	225	0.1557	3700	3925	100
5.17-5.92	0.2265	198	0.1857	3745	3943	100
5.92-7.45	0.2405	180	0.1946	3813	3993	100
7.46-78.73	0.2071	232	0.1539	3886	4118	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5406	-0.7658	-0.1688	7.1472	1.6725	2.9408	0.0207	0.1142	0.2899	-0.4228	0.2313	-0.5291	-0.7967	0.3384	-0.2694	0.7294	-0.1596	0.1333	0.6351	-0.1406	0.6587	32.1302	89.4249	50.4993
2	1.2784	0.4249	-2.0899	3.1578	1.2357	4.6182	0.0266	-0.1992	0.0994	0.5051	0.0024	-0.3314	0.1641	0.5174	-0.0411	0.6079	0.0491	-0.0832	0.6895	-0.1289	0.7115	30.1454	74.0601	58.9459
3	2.3743	-0.3647	0.7926	4.6113	0.1617	5.6011	0.1167	0.0799	0.1412	0.3946	0.0481	0.3277	-0.4878	-0.0312	-0.1414	0.6434	0.0726	0.0825	0.5092	-0.1105	0.6182	17.2332	84.3143	66.6986
4	1.1749	-0.568	-0.0109	7.5884	2.0714	3.4829	-0.1661	-0.3056	0.2399	1.4021	0.2932	0.086	-0.0509	-0.016	-0.1404	0.8029	0.0393	0.1346	0.6829	-0.0923	0.6311	19.2158	83.0705	73.1125
5	1.3239	0.4139	0.5459	7.6879	4.3459	2.9003	-0.1254	-0.3296	-0.0132	0.6911	0.311	-0.3702	0.5068	0.8443	-0.155	0.5677	0.1677	-0.115	0.7137	-0.1492	0.7303	32.6134	61.9757	61.3788
6	5.7338	-1.6358	-0.9749	7.7368	0.4427	5.9855	0.2163	0.1668	0.6196	-0.6279	-0.1536	0.3634	-1.0762	-0.3393	-0.043	0.6171	0.0599	0.0152	0.4835	-0.0108	0.4973	15.8309	69.8644	18.9475
7	2.3297	-0.0115	-0.3731	2.5366	1.3117	3.7759	0.0694	0.0417	0.0115	-0.1494	-0.0586	-0.0037	-0.2475	-0.0898	-0.0214	0.4262	0.0182	0.0115	0.5026	-0.0761	0.5066	20.1839	56.0314	25.2152
8	6.0014	-3.1216	1.6025	4.8698	-0.6939	4.0187	-0.1643	-0.1925	-0.1181	0.1681	0.0269	0.6075	-0.1033	-0.9967	0.1197	0.5308	0.0168	0.0739	0.7229	-0.1668	0.5812	5.6616	59.9405	42.1853
9	0.7223	-1.2714	-0.7928	5.1819	3.411	6.4589	-0.0854	-0.2197	-0.1606	0.7497	0.085	0.0723	0.8441	0.3259	-0.0088	0.4475	-0.0792	-0.0137	0.5326	-0.0464	0.6281	20.8228	42.1673	31.6926
10	1.8521	-0.7506	-0.3109	3.8589	0.5302	1.993	-0.02	0.2278	0.1035	-0.319	0.0662	-0.0811	-0.2272	0.1329	-0.0447	0.5584	-0.1011	0.0431	0.6452	-0.0419	0.5706	20.2645	32.7113	-11.9776
11	1.2666	-0.6339	-0.0208	2.0899	1.1041	2.0468	-0.0091	-0.0282	0.1003	0.058	-0.067	0.1637	-0.0106	-0.2396	0.0782	0.4354	-0.0785	0.0507	0.4938	-0.0419	0.5321	7.893	25.7671	3.1986
12	7.1956	-3.2349	0.001	8.9598	-1.184	1.7287	0.0069	0.9753	0.3621	-0.9293	0.1255	0.1542	0.0783	-0.226	-0.1338	0.7984	-0.2115	0.0661	0.9759	0.0193	0.4923	17.2891	9.2782	-44.1182
13	3.0474	0.6891	-0.3089	2.2565	-0.5041	2.7678	-0.1595	0.4938	-0.178	-0.4876	0.2772	-0.3458	0.3619	0.1718	-0.1142	0.778	-0.0924	0.1222	0.7867	-0.2354	0.5896	22.8409	-2.6385	-34.1296
14	1.962	-2.002	-2.8496	6.3745	3.3242	4.1763	0.361	0.8734	-0.6767	-1.1408	-0.4823	0.8989	0.0829	-0.8031	0.0245	1.0094	-0.1834	-0.0928	1.1408	-0.2506	0.8532	0.6528	-6.3353	-25.814
15	2.9297	-0.8507	0.5294	2.0249	-0.7366	2.7266	-0.2784	0.1342	-0.3061	0.1544	0.3025	0.3052	0.214	-0.4124	-0.0409	0.8733	-0.2006	0.0843	0.696	-0.1173	0.6979	8.7244	-2.0349	-20.8159
16	5.6214	0.1682	-3.0674	3.8334	-0.612	2.5121	-0.5889	-0.0252	-0.9396	0.0073	0.2725	-0.1598	1.0385	0.7212	0.2248	0.9886	0.0948	0.0854	0.7067	-0.2239	0.9054	30.3985	-17.5366	-24.3308
17	3.5498	-1.2162	-1.8756	2.2775	1.6089	2.5361	-0.0488	-0.4039	-0.0992	0.7907	0.2521	-0.4991	0.1102	0.7057	-0.2047	1.5473	-0.0753	-0.0936	1.0959	-0.2113	1.0414	27.9239	92.8379	81.4954
18	0.356	-0.4714	-0.7939	2.2857	2.2126	2.6673	-0.1371	-0.0019	-0.0825	0.5157	0.8117	-0.7095	0.7537	1.2344	-0.736	0.6966	0.1255	0.0296	1.0027	-0.2596	0.9682	43.0775	27.9131	3.9954
19	5.4039	2.3608	-1.3481	7.2445	0.9508	3.9118	-0.5024	0.8329	-0.6589	-0.1786	0.2433	-0.1331	1.8476	-0.6701	0.1833	1.3851	-0.2411	0.172	0.8372	-0.1594	0.7157	6.6447	54.2897	69.4645
20	3.5502	0.0799	4.5288	7.2063	-3.3411	7.9548	-0.1161	-0.2434	0.39	0.412	-0.3921	-0.9914	-0.2859	1.742	0.4742	0.9196	0.1008	-0.0563	1.2325	-0.0044	0.8221	16.7968	63.8694	102.2801
21	5.786	-0.3148	3.09	4.7176	-0.9594	5.9852	-0.106	-0.3798	-0.5663	0.6431	-0.0472	-0.9282	1.5276	1.4484	0.1759	1.2193	0.3901	0.0031	1.0034	0.1179	0.9398	12.1355	51.7354	105.0686
22	3.6288	1.1671	-1.2095	4.7003	-1.6947	3.1271	-0.4592	0.031	-0.7682	0.5522	0.2932	-0.2796	1.145	-0.0399	0.119	1.4284	0.1062	0.2131	0.6552	-0.0073	0.8644	-1.8274	49.427	99.1594
23	4.0912	0.226	-2.6666	0.1618	0.6585	6.48	-0.3701	0.1746	-0.3338	0.0294	0.4394	-0.0953	1.1161	-0.1217	-0.1267	1.2076	-0.0025	0.1026	0.5655	0.0455	0.6939	1.2814	57.7383	87.3574
24	7.1354	-5.1224	-4.1348	5.3782	2.433	2.9526	0.1541	0.8748	0.424	-0.2119	0.4161	0.4461	-0.2831	-0.9579	-0.4924	0.6498	-0.2294	0.0342	1.0123	0.0655	0.8036	-8.0743	62.3969	79.0895

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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