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万見
- PDB-5rsa: COMPARISON OF TWO INDEPENDENTLY REFINED MODELS OF RIBONUCLEASE-A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5rsa
タイトルCOMPARISON OF TWO INDEPENDENTLY REFINED MODELS OF RIBONUCLEASE-A
要素RIBONUCLEASE A
キーワードHydrolase/RNA / HYDROLASE-RNA Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / PHOSPHATE ION / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 中性子回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wlodawer, A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1986
タイトル: Comparison of Two Independently Refined Models of Ribonuclease-A
著者: Wlodawer, A. / Borkakoti, N. / Moss, D.S. / Howlin, B.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1985
タイトル: Nuclear Magnetic Resonance and Neutron Diffraction Studies of the Complex of Ribonucleasea with Uridine Vanadate, a Transition-State Analogue
著者: Borah, B. / Chen, C.-W. / Egan, W. / Miller, M. / Wlodawer, A. / Cohen, J.S.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1983
タイトル: Structure of Ribonuclease A. Results of Joint Neutron and X-Ray Refinement at 2.0-Angstroms Resolution
著者: Wlodawer, A. / Sjolin, L.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1983
タイトル: Active Site of Rnase. Neutron Diffraction Study of a Complex with Uridine Vanadate, a Transition-State Analog
著者: Wlodawer, A. / Miller, M. / Sjolin, L.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982
タイトル: The Refined Crystal Structure of Ribonuclease A at 2.0 Angstroms Resolution
著者: Wlodawer, A. / Bott, R. / Sjolin, L.
#5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1982
タイトル: Hydrogen Exchange in Rnase A. Neutron Diffraction Study
著者: Wlodawer, A. / Sjolin, L.
#6: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A (Supplement) / 年: 1981
タイトル: Structure of Ribonuclease A. X-Ray and Neutron Refinement
著者: Wlodawer, A. / Bott, R. / Sjolin, L.
#7: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A (Supplement) / 年: 1981
タイトル: Joint Refinement of Macromolecular Structures with X-Ray and Neutron Single-Crystal Diffraction Data
著者: Wlodawer, A. / Hendrickson, W.A.
#8: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1981
タイトル: Orientation of Histidine Residues in Rnase A. Neutron Diffraction Study
著者: Wlodawer, A. / Sjolin, L.
#9: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1980
タイトル: Studies of Ribonuclease-A by X-Ray and Neutron Diffraction
著者: Wlodawer, A.
履歴
登録1985年4月29日処理サイト: BNL
置き換え1985年7月17日ID: 4RSA
改定 1.01985年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Data collection / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年10月24日Group: Data collection / Other / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_keywords
Item: _pdbx_database_status.process_site / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.42023年3月15日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / refine / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700SHEET THIS STRUCTURE CONTAINS TWO SHEETS. SHEET S1 COMPRISES THREE STRANDS. IN THE SECOND STRAND OF ...SHEET THIS STRUCTURE CONTAINS TWO SHEETS. SHEET S1 COMPRISES THREE STRANDS. IN THE SECOND STRAND OF SHEET S1, RESIDUES 88 AND 89 *BULGE OUT*. IN ORDER TO REPRESENT THIS BREAK IN STRAND 2, TWO SHEETS (S1A AND S1B) ARE DEFINED BELOW. STRANDS 1 AND 3 OF *SHEETS* S1A AND S1B ARE, THEREFORE, IDENTICAL AND STRAND 2 DIFFERS. SHEET S2 COMPRISES FOUR STRANDS. RESIDUE 120 DOES NOT PROPERLY BELONG IN STRAND 4 OF SHEET S2. IN ORDER TO REPRESENT THIS BREAK IN STRAND 4, TWO SHEETS (S2A AND S2B) ARE DEFINED BELOW. STRANDS 1,2,3 OF *SHEETS* S2A AND S2B ARE, THEREFORE, IDENTICAL AND STRAND 4 DIFFERS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8032
ポリマ－13,7081
非ポリマー951
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.180, 38.400, 53.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUES 93 AND 114 ARE CIS-PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株: S2 / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
解説: DATA WERE COLLECTED ON DEUTERATED CRYSTALS. THE SOLVENT IS TERTIARY BUTANOL. AMIDE HYDROGENS WHICH EXCHANGED LESS THAN 50 PER CENT ARE ENTERED AS H, OTHERS ARE ENTERED AS D.
結晶化
*PLUS
pH: 5.3 / 手法: unknown / 詳細: Wlodawer, A., (1982) J.Biol.Chem., 257, 1325.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mg/mlprotein11
20.3 M11NaOH
343 %t-butylalcohol11

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解析

精密化
解像度 (Å)Refine-IDRfactor obsNum. reflection obs% reflection obs (%)Diffraction-ID最高解像度 (Å)
2-10X-RAY DIFFRACTION0.159770895.61
NEUTRON DIFFRACTION0.18341325122
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数951 0 5 128 1084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 7708 / Rfactor obs: 0.159 / σ(I): 3
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d0.062
X-RAY DIFFRACTIONo_chiral_restr0.019

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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