PDB-5rpr: PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5rpr

タイトル

PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo15

要素

Proteinase K

キーワード

HYDROLASE / FragMAX / FragMAXapp / fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Parengyodontium album (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.16 Å

データ登録者

Lima, G.M.A. / Talibov, V. / Benz, L.S. / Jagudin, E. / Mueller, U.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: FragMAXapp: crystallographic fragment-screening data-analysis and project-management system.
著者: Lima, G.M.A. / Jagudin, E. / Talibov, V.O. / Benz, L.S. / Marullo, C. / Barthel, T. / Wollenhaupt, J. / Weiss, M.S. / Mueller, U.

履歴

登録	2020年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月23日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5rpr.cif.gz	81.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5rpr.ent.gz	52.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5rpr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5rpr_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5rpr_full_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示
XML形式データ	5rpr_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	5rpr_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/5rpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/5rpr	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002169 (60エントリ) 5roc 5rod 5roe 5rof 5rog 5roh 5roi 5roj 5rok 5rol
タイトル	PanDDA analysis of Frag Xtal Screen vs. PrtK
タイプ	undefined
解説	PanDDA analysis of Frag Xtal Screen vs. PrtK, including auto-refined models with ligands placed according to PanDDA-map and automatically refined models necessary to reproduce ground state model

-
関連構造データ

類似構造データ	2g4v-d 5amx-d 5rpz-d 6pu5-d 6clb-d 5rp0-d 5rog-d 3de0-d 3de6-d 5rps-d 5rpb-d 5rpx-d 6pkp-d 3i34-d 5ros-d 5rp9-d 5rpm-d 5rpq-d 6pu4-d 4woc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (14)

登録構造単位

A: Proteinase K

ヘテロ分子

29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.870, 67.870, 102.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1187- HOH

#1: タンパク質	Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase 分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Parengyodontium album (菌類) / 遺伝子: PROK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.48 % / Mosaicity: 0 °
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

MAX IV

/ ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月22日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.16→47.99 Å / Num. obs: 83651 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.977 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.12 / R_rim(I) all: 0.169 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 159120

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.16-1.18	1.9	0.51	7800	4030	0.27	0.51	0.722	1.2	99
6.34-47.99	1.6	0.023	967	612	0.998	0.023	0.032	30.5	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.25 Å	47.99 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.19.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.16→40.83 Å / SU ML: 0.1473 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.67 / 位相誤差: 22.188
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2138	4043	4.85 %
R_work	0.2053	79342	-
obs	0.2057	83385	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.16→40.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2023	0	5	319	2347

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0047	2066
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8086	2810
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0786	312
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	370
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.682	307

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.16-1.17	0.3761	109	0.3712	2450	X-RAY DIFFRACTION	89.85
1.17-1.18	0.2989	127	0.3273	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.18-1.2	0.3314	127	0.3113	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2-1.22	0.3018	150	0.2932	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.22-1.23	0.2971	146	0.2729	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.23-1.25	0.271	134	0.2634	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
1.25-1.27	0.2536	130	0.2574	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.27-1.29	0.254	140	0.2477	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.29-1.31	0.2525	150	0.2475	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.31-1.33	0.2837	147	0.251	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.33-1.36	0.2364	162	0.2407	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.36-1.38	0.224	143	0.2431	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.38-1.41	0.2778	136	0.2349	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.41-1.44	0.2242	150	0.2286	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.44-1.47	0.243	138	0.2228	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.51	0.2438	140	0.2251	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.51-1.55	0.2243	145	0.2307	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.55-1.6	0.2857	130	0.2622	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.6-1.65	0.2252	128	0.2773	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.65-1.71	0.2853	128	0.2767	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.78	0.2724	150	0.2694	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.78-1.86	0.2724	136	0.2523	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.86-1.96	0.2354	157	0.2243	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.08	0.1878	137	0.1836	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.24	0.1897	138	0.1548	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.46	0.1424	134	0.1534	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.82	0.1776	144	0.1642	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.55	0.1461	146	0.1591	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-40.83	0.1958	141	0.167	3033	X-RAY DIFFRACTION	99.97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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