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- PDB-5req: Methylmalonyl-COA MUTASE, Y89F Mutant, substrate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5req
タイトルMethylmalonyl-COA MUTASE, Y89F Mutant, substrate complex
要素(PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE ...) x 2
キーワードISOMERASE / MUTASE / INTRAMOLECULAR TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


lactate fermentation to propionate and acetate / propionate metabolic process, methylmalonyl pathway / methylmalonyl-CoA mutase / methylmalonyl-CoA mutase activity / cobalamin binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #20 / Methylmalonyl-CoA mutase small subunit, N-terminal / Methylmalonyl-CoA mutase, beta chain / Methylmalonyl-CoA mutase signature. / Methylmalonyl-CoA mutase / Methylmalonyl-CoA mutase, alpha chain, catalytic / Methylmalonyl-CoA mutase, alpha/beta chain, catalytic / Methylmalonyl-CoA mutase / Methylmalonyl-CoA mutase, C-terminal / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 ...Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #20 / Methylmalonyl-CoA mutase small subunit, N-terminal / Methylmalonyl-CoA mutase, beta chain / Methylmalonyl-CoA mutase signature. / Methylmalonyl-CoA mutase / Methylmalonyl-CoA mutase, alpha chain, catalytic / Methylmalonyl-CoA mutase, alpha/beta chain, catalytic / Methylmalonyl-CoA mutase / Methylmalonyl-CoA mutase, C-terminal / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / Cobalamin-binding domain / Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / METHYLMALONYL(CARBADETHIA)-COENZYME A / SUCCINYL(CARBADETHIA)-COENZYME A / Methylmalonyl-CoA mutase small subunit / Methylmalonyl-CoA mutase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Evans, P.R. / Thomae, N.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Stabilization of radical intermediates by an active-site tyrosine residue in methylmalonyl-CoA mutase.
著者: Thoma, N.H. / Meier, T.W. / Evans, P.R. / Leadlay, P.F.
履歴
登録1998年8月3日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE ALPHA-SUBUNIT)
B: PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE BETA-SUBUNIT)
C: PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE ALPHA-SUBUNIT)
D: PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE BETA-SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,53114
ポリマ－299,1044
非ポリマー6,42710
水19,7081094
1
A: PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE ALPHA-SUBUNIT)
B: PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE BETA-SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,7667
ポリマ－149,5522
非ポリマー3,2145
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13830 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area45900 Å2
手法PISA
2
C: PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE ALPHA-SUBUNIT)
D: PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE BETA-SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,7667
ポリマ－149,5522
非ポリマー3,2145
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13880 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area45790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.200, 161.890, 88.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.466239, 0.004153, -0.884649), (0.005659, -0.999983, -0.001713), (-0.884641, -0.004207, -0.466255)
ベクター: 48.099, 121.602, 42.923)
詳細THE ASYMMETRIC UNIT OF THE CRYSTAL CONTAINS TWO HETERODIMERIC MOLECULES, EACH WITH AN ALPHA CHAIN (CHAINS A AND C, CORRESPONDING TO GENE MUTB) AND A BETA CHAIN (CHAINS B AND D, CORRESPONDING TO GENE MUTA). MOLECULE 1 CONSISTS OF CHAINS A (ALPHA), B (BETA), WITH GLYCEROL AND WATERS. MOLECULE 2 CONSISTS OF CHAINS C (ALPHA), D (BETA), WITH GLYCEROL AND WATERS. CHAINS A AND C INCLUDE COENZYME B12 (RESIDUE 1800 AND 2800), A 1:1 MIXTURE OF NON-PHYSIOLOGICAL SUBSTRATE AND PRODUCT, SUCCINYL(CARBADETHIA)-COA (RESIDUE 1801 AND 2801) AND METHYLMALONYL(CARBADETHIA)-COA (RESIDUE 1802 AND 2802)

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要素

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PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE ALPHA-SUBUNIT)


分子量: 80121.852 Da / 分子数: 2 / 変異: Y89F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア)
生物種: Propionibacterium freudenreichii / 株: NCIB 9885 / 遺伝子: MUTB / プラスミド: PMEX1-Y89F / Culture collection (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K38 / 参照: UniProt: P11653, methylmalonyl-CoA mutase
#2: タンパク質 PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE BETA-SUBUNIT)


分子量: 69430.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア)
生物種: Propionibacterium freudenreichii / 株: NCIB 9885 / 遺伝子: MUTA / プラスミド: PMEX1-Y89F / Culture collection (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K38 / 参照: UniProt: P11652, methylmalonyl-CoA mutase

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非ポリマー , 5種, 1104分子

#3: 化合物 ChemComp-SCD / SUCCINYL(CARBADETHIA)-COENZYME A


分子量: 849.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H42N7O19P3
#4: 化合物 ChemComp-MCD / METHYLMALONYL(CARBADETHIA)-COENZYME A


分子量: 849.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H42N7O19P3
#5: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1094 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細THE COBALAMIN HAS BEEN MODELLED AS THE 5-COORDINATES REDUCED COB(II)ALAMIN (B12R), SINCE THERE IS ...THE COBALAMIN HAS BEEN MODELLED AS THE 5-COORDINATES REDUCED COB(II)ALAMIN (B12R), SINCE THERE IS NO ELECTRON DENSITY FOR AN ADENOSYL GROUP LINKED TO THE COBALT ATOM. RESIDUES 1801 AND 1802 (& 2801, 2802) REPRESENT AN EQUIMOLAR MIXTURE OF SUBSTRATE AND PRODUCT, SUCCINYL (CARBADETHIA)- AND METHYLMALONYL(CARBADETHIA)-COENZYME A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
20.100 mMAdoCbl1drop
34 mMsuccinylcarbadethia-CoA1drop
414 %(w/v)PEG40001drop
520 %(v/v)glycerol1drop
6100 mMTris-HCl1drop
714 %(w/v)PEG40001reservoir
820 %(v/v)glycerol1reservoir
9100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.24
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→99 Å / Num. obs: 170993 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.16→2.27 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Rsym value: 0.261 / % possible all: 87.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.16 Å / 最低解像度: 99 Å / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2
反射 シェル
*PLUS
冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1REQ

1req


解像度: 2.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: NCS RESTRAINTS BETWEEN TWO MOLECULES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 7634 4.6 %SAME AS 1REQ
Rwork0.246 ---
obs0.256 165507 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å21.27 Å2
2--0.72 Å20 Å2
3---2.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20592 0 426 1094 22112
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0380.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.63
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.45
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.44
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.46
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1160.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1240.15
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1640.15
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.15
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.110.15
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.37
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor34.320
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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