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万見
- PDB-5rdk: PanDDA analysis group deposition -- Endothiapepsin ground state m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5rdk
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Endothiapepsin ground state model 44
要素Endothiapepsin
キーワードHYDROLASE / FragMAX / FragMAXapp / fragment screening / inhibition / F2X-Entry
機能・相同性
機能・相同性情報


endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Endothiapepsin
類似検索 - 構成要素
生物種Cryphonectria parasitica (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.03 Å
データ登録者Weiss, M.S. / Wollenhaupt, J. / Metz, A. / Barthel, T. / Lima, G.M.A. / Heine, A. / Mueller, U. / Klebe, G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: F2X-Universal and F2X-Entry: Structurally Diverse Compound Libraries for Crystallographic Fragment Screening.
著者: Wollenhaupt, J. / Metz, A. / Barthel, T. / Lima, G.M.A. / Heine, A. / Mueller, U. / Klebe, G. / Weiss, M.S.
履歴
登録2020年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothiapepsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,14710
ポリマ－43,2791
非ポリマー8689
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.146, 73.068, 52.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Endothiapepsin / Aspartate protease


分子量: 43278.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

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非ポリマー , 7種, 343分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.66 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.827 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月30日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.03→42.67 Å / Num. obs: 150315 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.647 % / Biso Wilson estimate: 15.891 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 1.221 / Net I/σ(I): 11.34 / Num. measured all: 1052731
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allRejects% possible all
1.03-1.095.971.7490.8215384725785246640.431.9045550.957
1.09-1.166.690.8151.9516202124218241640.7760.883410.998
1.16-1.266.770.4813.4615245522517224910.8990.521170.999
1.26-1.386.830.2885.7714215220820207990.9610.312170.999
1.38-1.546.740.15610.5612657418782187640.9880.16900.999
1.54-1.786.620.09518.0610990416596165730.9940.10320.999
1.78-2.176.630.06228.919328914064140340.9970.06810.998
2.17-3.076.60.04835.547205110924108930.9980.05200.997
3.07-506.640.03939.940438608960180.9980.042250.988

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0238位相決定
PHENIX1.16.3549精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.03→42.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 0.416 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15697 8084 5.1 %RANDOM
Rwork0.15668 ---
obs0.157 150315 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.12 Å2 / Biso mean: 13.154 Å2 / Biso min: 8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å2-0.25 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.03→42.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2369 0 63 341 2773
Biso mean--38.11 27.89 -
残基数----330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0132590
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.021.6363557
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6511.5595277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8985365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.14424.88184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.66615339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.773151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022986
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1131.2141381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1111.2111378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5751.831738
LS精密化 シェル解像度: 1.026→1.053 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.15697 8084 -
Rwork0.15668 10152 -
all-18236 -
obs--90.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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