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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5r5r | ||||||
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タイトル | PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of human NUDT22 in complex with N14078a | ||||||
![]() | Uridine diphosphate glucose pyrophosphatase NUDT22 | ||||||
![]() | HYDROLASE / PanDDA / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / NUDIX domain / XChemExplorer / NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE-LINKED MOIETY X MOTIF 22 | ||||||
機能・相同性 | GDP-mannose hydrolase activity / UDP-sugar diphosphatase / UDP-sugar diphosphatase activity / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / nucleoplasm / metal ion binding / 2-cyano-~{N}-(pyridin-4-ylmethyl)ethanamide / Uridine diphosphate glucose pyrophosphatase NUDT22![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Diaz-Saez, L. / Talon, R. / Krojer, T. / Burgess-Brown, N.A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Huber, K.V.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: PanDDA analysis group deposition 著者: Diaz-Saez, L. / Talon, R. / Krojer, T. / Burgess-Brown, N.A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Huber, K.V.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002128 (29エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | human NUDT22 screened against the DSPL fragment library by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5lf9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32706.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DMS / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.02 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.3M sodium/potassium phosphate, 15% PEG Smear High, 20% ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月3日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.92819 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.65→23.26 Å / Num. obs: 32574 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 205287 / Scaling rejects: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5LF9 解像度: 1.65→23.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.485 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 206.88 Å2 / Biso mean: 24.618 Å2 / Biso min: 15.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→23.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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