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- PDB-5r2t: PanDDA analysis group deposition -- Auto-refined data of Endothia... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5r2t | ||||||
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Title | PanDDA analysis group deposition -- Auto-refined data of Endothiapepsin for ground state model 17, DMSO-Free | ||||||
![]() | Endothiapepsin![]() | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wollenhaupt, J. / Metz, A. / Barthel, T. / Lima, G.M.A. / Heine, A. / Mueller, U. / Klebe, G. / Weiss, M.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: F2X-Universal and F2X-Entry: Structurally Diverse Compound Libraries for Crystallographic Fragment Screening. Authors: Wollenhaupt, J. / Metz, A. / Barthel, T. / Lima, G.M.A. / Heine, A. / Mueller, U. / Klebe, G. / Weiss, M.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 193.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 163.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Group deposition
ID | G_1002120 (81 entries) |
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Title | PanDDA analysis of F2X-Entry Screen vs. Endothiapepsin, DMSO-free soaking |
Type | undefined |
Description | PanDDA analysis of F2X-Entry Screen vs. Endothiapepsin, DMSO-free soaking, including auto-refined models with ligands placed according to PanDDA-map and automatically refined models necessary to reproduce ground state model |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 43278.664 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: cell Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: P11838, ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 35.16 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 30, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.01→42.645 Å / Num. obs: 162426 / % possible obs: 96 % / Net I/σ(I): 9.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 61.8 Å2 / Biso mean: 17.4482 Å2 / Biso min: 10.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.009→42.645 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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