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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5qsx | ||||||
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タイトル | PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of human STAG1 in complex with Z2856434812 | ||||||
![]() | Cohesin subunit SA-1 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer | ||||||
機能・相同性 | ![]() Cohesin Loading onto Chromatin / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / mitotic cohesin complex / cohesin complex / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / sister chromatid cohesion / mitotic spindle pole / chromosome, centromeric region / mitotic spindle assembly / localization ...Cohesin Loading onto Chromatin / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / mitotic cohesin complex / cohesin complex / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / sister chromatid cohesion / mitotic spindle pole / chromosome, centromeric region / mitotic spindle assembly / localization / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Meiotic synapsis / nuclear matrix / Separation of Sister Chromatids / chromosome / Estrogen-dependent gene expression / nuclear body / cell division / chromatin binding / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Newman, J.A. / Katis, V.L. / Gavard, A.E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: PanDDA analysis group deposition 著者: Newman, J.A. / Katis, V.L. / Gavard, A.E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 260.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 211.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-グループ登録
ID | G_1002084 (5エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | Human STAG1 site I screened against the DSI-poised Fragment Library by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6qb5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39629.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.3 % / Mosaicity: 0.19 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Bis Tris Propane pH 7.0, 0.2 M Sodium Malonate, 20 % PEG 3350, 10 % Ethylene Glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91587 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.34→115.57 Å / Num. obs: 79588 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 142462 / Scaling rejects: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6qb5 解像度: 2.34→115.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 13.293 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 208.37 Å2 / Biso mean: 77.767 Å2 / Biso min: 30.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.34→115.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.338→2.399 Å / Total num. of bins used: 20
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