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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5qpn
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000576a
要素Farnesyl diphosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer
機能・相同性
機能・相同性情報


farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 3-[(4-methylpiperidin-1-yl)methyl]-1H-indole / Farnesyl diphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Petrick, J.K. / Nelson, E.R. / Muenzker, L. / Krojer, T. / Douangamath, A. / Brandao-Neto, J. / von Delft, F. / Dekker, C. / Jahnke, W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis group deposition - FPPS screened against the DSI Fragment Library
著者: Petrick, J.K. / Muenzker, L. / von Delft, F. / Jahnke, W.
履歴
登録2019年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0668
ポリマ－41,3601
非ポリマー7067
水5,693316
1
A: Farnesyl diphosphate synthase
ヘテロ分子

A: Farnesyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,13216
ポリマ－82,7192
非ポリマー1,41314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/61
Buried area8070 Å2
ΔGint-291 kcal/mol
Surface area28460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.133, 58.133, 395.329
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Farnesyl diphosphate synthase


分子量: 41359.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WS26

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非ポリマー , 5種, 323分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-LDV / 3-[(4-methylpiperidin-1-yl)methyl]-1H-indole / 3-(4-メチルピペリジノメチル)-1H-インド-ル


分子量: 228.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 80 mM MES, 4 mM ZnSO4, 12.36% w/v PEG MME 550, 11.57% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→197.65 Å / Num. obs: 72358 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.2 % / Biso Wilson estimate: 12.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 1169762 / Scaling rejects: 688
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.45-1.4910.92.195679952040.5230.6952.32
6.48-197.6514.30.0531519310630.9980.0140.05531.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1YHK

1yhk


解像度: 1.45→50.345 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2289 3703 5.18 %
Rwork0.2086 67839 -
obs0.2096 71542 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.65 Å2 / Biso mean: 19.0177 Å2 / Biso min: 5.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→50.345 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2871 0 38 316 3225
Biso mean--22.33 28.94 -
残基数----360
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4502-1.46930.30071450.30982507265299
1.4693-1.48940.3281310.29852597272899
1.4894-1.51070.32591200.294125312651100
1.5107-1.53330.30181370.2782611274899
1.5333-1.55720.27671490.260625042653100
1.5572-1.58280.28681650.256425382703100
1.5828-1.610.26471410.24182562270399
1.61-1.63930.30051470.23625392686100
1.6393-1.67090.25151510.228725572708100
1.6709-1.7050.24251360.22722603273999
1.705-1.7420.25151480.22232531267999
1.742-1.78260.23051290.21692581271099
1.7826-1.82710.24421390.21542601274099
1.8271-1.87660.25941350.21832595273099
1.8766-1.93180.2711250.22322561268699
1.9318-1.99410.22891330.20872575270898
1.9941-2.06540.2211410.2022585272699
2.0654-2.14810.22631380.19572616275499
2.1481-2.24590.22491270.19852620274799
2.2459-2.36430.20031650.19542568273399
2.3643-2.51240.25541550.19032640279599
2.5124-2.70640.23831520.19772618277099
2.7064-2.97870.21631340.20042698283299
2.9787-3.40960.18841510.19782718286999
3.4096-4.29540.19371450.18242768291399
4.2954-50.37490.20291640.19743015317999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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