PDB-5qd5: Crystal structure of BACE complex with BMC009

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qd5

タイトル

Crystal structure of BACE complex with BMC009

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / Hydroloase / D3R / BACE / Ligand Docking

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

Model details

Structures for D3R docking challenge

データ登録者

Rondeau, J.M. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2020
タイトル: D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies.
著者: Parks, C.D. / Gaieb, Z. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Walters, W.P. / Jansen, J.M. / McGaughey, G. / Lewis, R.A. / Bembenek, S.D. / Ameriks, M.K. / Mirzadegan, T. / Burley, S.K. / Amaro, R.E. / Gilson, M.K.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5qd5.ent.gz	389.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5qd5_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5qd5_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5qd5_validation.xml.gz	43 KB	表示
CIF形式データ	5qd5_validation.cif.gz	61.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qd5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qd5	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002044 (26エントリ) 5qco 5qcp 5qcq 5qcr 5qcs 5qct 5qcu 5qcv 5qcw 5qcx
タイトル	Crystal Structures of Beta-Secretase 1 with Bound Ligands
タイプ	undefined
解説	Crystal Structures of Complexes of Beta-Secretase 1 and Ligands

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関連構造データ

類似構造データ	5qcx-1 5qco-1 5qd6-1 5qdb-2 3k5d-3 5qdc-3 5qd2-3 2f3f-2 2p83-1 5qcu-1 3pi5-1 4acx-d 5qd7-1 5qdd-3 5qcx-3 1ym4-2 4k8s-2 5qcz-1 5qd8-2 5qd0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.013, 103.309, 99.795
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	CHAIN B
3	1	1	(CHAIN C AND (RESID -2 THROUGH 157 OR RESID 169 THROUGH 385))

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 44777.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-E6P / (10S,12S)-17-chloro-12-[(1R)-1-hydroxy-2-({[3-(propan-2-yl)phenyl]methyl}amino)ethyl]-10-methyl-7-oxa-2,13,18-triazabicyclo[13.3.1]nonadeca-1(19),15,17-trien-14-one 分子量: 517.103 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₁ClN₄O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.69 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XIV 6.3MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 7-FOLD ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XIV 6.3MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 7-FOLD EXCESS OF BMC009 ADDED FROM A 50MM STOCK SOLUTION IN DMSO (2.0% DMSO IN DROP). CRYO- PROTECTANT WAS 1.2M AMMONIUM SULFATE, 25%(V/V)GLYCEROL, 2.0% DMSO, 1MM BMC009.

結晶

マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.69 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XIV 6.3MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 7-FOLD ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54178
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→24.25 Å / Num. obs: 70565 / % possible obs: 98.4 % / R_merge(I) obs: 0.074

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
CNX		精密化
CNX		位相決定
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		date reduction
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→24.25 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	3598	5.1 %
R_work	0.177	-	-
obs	0.178	70565	98.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8903	0	108	369	9380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9254
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.889	12580
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.298	5409
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1363
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1612

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5426	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5426	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	5426	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3302	0.2856	129	0.2109	2570	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3302-2.3621	0.279	140	0.2081	2581	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3621-2.3959	0.2644	162	0.2141	2506	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3959-2.4316	0.2594	136	0.2104	2562	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4316-2.4695	0.264	145	0.2063	2507	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4695-2.51	0.2404	122	0.205	2551	X-RAY DIFFRACTION	98
2.51-2.5532	0.2607	133	0.2007	2609	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5532-2.5996	0.2543	128	0.198	2497	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5996-2.6495	0.2908	128	0.2091	2590	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6495-2.7036	0.2621	155	0.2159	2535	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7036-2.7623	0.2255	138	0.2168	2579	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7623-2.8264	0.282	116	0.2116	2559	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8264-2.897	0.2629	149	0.2024	2526	X-RAY DIFFRACTION	98
2.897-2.9752	0.2476	155	0.2001	2529	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9752-3.0626	0.2293	126	0.1897	2626	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0626-3.1612	0.2243	123	0.1951	2573	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1612-3.274	0.2423	148	0.1923	2595	X-RAY DIFFRACTION	99
3.274-3.4047	0.2079	136	0.1847	2594	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4047-3.5592	0.205	145	0.1736	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5592-3.7462	0.2046	124	0.1704	2609	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7462-3.98	0.1816	148	0.1502	2593	X-RAY DIFFRACTION	99
3.98-4.2857	0.1607	137	0.1474	2575	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2857-4.7141	0.1447	139	0.127	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7141-5.3898	0.1749	145	0.1489	2609	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3898-6.766	0.1779	163	0.1822	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
6.766-24.2517	0.1845	128	0.1837	2648	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0141	0.0162	-0.0192	0.1047	-0.0841	0.0788	-0.2123	-0.2484	0.3462	0.4402	0.0286	-0.25	-0.3019	0.0837	-0.0132	0.4489	-0.0184	-0.0764	0.3526	0.0211	0.3869	44.3647	9.4093	26.4926
2	0.6918	-0.1973	0.2226	1.2279	0.0349	0.6601	-0.0608	0.1778	0.2062	-0.0578	-0.0489	-0.1505	-0.2453	0.1493	-0.0002	0.3956	-0.0387	-0.0116	0.3245	0.0531	0.2442	43.1198	10.2633	15.0188
3	0.4351	-0.1102	-0.3376	1.0859	-0.2229	0.6399	-0.0061	0.1864	-0.0673	-0.0635	0.1225	0.3212	-0.0561	-0.0685	0.0061	0.2657	0.0302	-0.0132	0.2893	0.0292	0.2947	23.3337	-8.4366	19.874
4	0.3436	-0.0144	0.2719	0.4089	-0.3591	0.5922	0.0106	-0.0167	0.1046	0.1822	0.1662	0.0262	-0.2618	0.0089	0.0045	0.4171	0.0706	0.1065	0.265	-0.0059	0.3476	23.0975	-5.2766	30.9238
5	1.8761	0.4146	1.2263	0.0975	0.2675	0.814	-0.0454	0.2992	0.1998	0.1166	0.0887	0.3074	-0.3362	0.0832	0.043	0.4149	0.0779	0.0667	0.1884	0.0398	0.372	23.4665	-0.2638	24.049
6	0.2371	-0.2783	0.1986	0.5775	-0.3951	0.2824	-0.0369	0.0168	-0.1127	-0.0272	0.0303	0.1015	-0.0783	-0.0619	-0	0.3428	0.0323	0.0488	0.3302	-0.0207	0.2719	34.2172	-13.0454	24.472
7	1.6819	0.5143	0.3664	0.9899	0.0897	1.4088	0.0336	-0.1712	-0.2273	0.0258	-0.043	0.0604	-0.0101	-0.2908	-0.0005	0.2585	-0.0033	-0.0114	0.3188	0.0475	0.2804	16.9139	14.0168	-12.4067
8	0.6505	-0.1371	0.3622	0.2589	-0.1375	0.864	0.0804	0.228	-0.6003	-0.2025	-0.0128	-0.4165	0.2824	0.1381	0.0811	0.4059	0.0381	-0.0145	0.2157	-0.0848	0.6462	34.6367	-1.4886	-22.6772
9	1.0045	0.4837	-0.0089	0.3102	0.1447	0.5189	0.052	0.1309	-0.324	0.0026	-0.0047	-0.1767	0.025	0.0135	0.0048	0.3081	0.0014	-0.0359	0.2252	0.0283	0.3733	33.3867	11.1173	-19.5598
10	0.7732	0.207	-0.3248	0.759	-0.0196	1.2603	-0.0022	-0.0167	-0.1561	0.0003	0.0089	0.062	0.2521	-0.2859	-0.0001	0.2807	-0.0258	-0.0305	0.2981	0.0359	0.3524	3.7678	-52.6518	42.0633
11	0.7374	-0.0763	-0.3171	1.0162	-0.2507	0.622	0.1692	-0.1775	-0.0688	0.2252	0.0219	-0.045	-0.1163	-0.0281	0.1181	0.2755	0.0122	0.0463	0.3119	0.0121	0.2856	17.0302	-28.3506	41.8607
12	0.3536	0.1574	0.2871	0.5998	-0.2874	0.5582	0.1064	-0.0634	0.1118	0.039	0.083	0.0666	-0.0252	-0.156	0.0024	0.2495	0.0333	0.04	0.354	0.0447	0.3263	11.0471	-27.5426	38.7524
13	0.3043	0.2064	-0.2111	0.2215	-0.0127	0.3285	0.0035	0.0064	-0.0626	-0.072	-0.0226	0.0124	0.0019	0.0894	-0.0001	0.2591	0.0393	-0.0014	0.2964	0.0358	0.3581	18.3497	-34.8422	30.3968

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -2 THROUGH 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 25 THROUGH 183 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 184 THROUGH 267 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 268 THROUGH 316 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 317 THROUGH 340 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 341 THROUGH 385 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID -2 THROUGH 233 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 234 THROUGH 316 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 317 THROUGH 385 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'C' AND (RESID -2 THROUGH 183 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'C' AND (RESID 184 THROUGH 276 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'C' AND (RESID 277 THROUGH 340 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'C' AND (RESID 341 THROUGH 385 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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