PDB-5qbm: Crystal structure of Endothiapepsin-NAT17-347151 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qbm

タイトル

Crystal structure of Endothiapepsin-NAT17-347151 complex

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Rigid Body / 解像度: 1.569 Å

データ登録者

Huschmann, F.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Endothiapepsin
著者: Huschmann, F.U. / Weiss, M.S. / Mueller, U. / Haustedt, L.O. / Klebe, G.

履歴

登録	2017年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / pdbx_deposit_group Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description / _pdbx_deposit_group.group_title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5qbm.cif.gz	135.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5qbm.ent.gz	110.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5qbm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5qbm_validation.pdf.gz	699.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5qbm_full_validation.pdf.gz	699.1 KB	表示
XML形式データ	5qbm_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	5qbm_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/5qbm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/5qbm	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002039 (25エントリ) 5qb5 5qb6 5qb7 5qb8 5qb9 5qba 5qbb 5qbc 5qbd 5qbe
タイトル	Crystal structures of Endothiapepsin complexes
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Endothiapepsin complexes

-
関連構造データ

類似構造データ	5qbr-d 5p7l-d 3pgi-d 5p51-d 5r2b-d 5rd2-d 5p16-d 5p1p-d 3pbd-d 3pcw-d 5rdm-d 5re0-d 5r35-d 5rcs-d 5ozx-d 5p62-d 5p00-d 5p4k-d 5p43-d 5p2a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.439, 73.848, 53.425
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.250, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-D9M / (1S,2S,3S,4R,5R)-4-(morpholin-4-yl)-2-[(pyridin-4-ylmethyl)amino]-6,8-dioxabicyclo[3.2.1]octan-3-ol 分子量: 321.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₃N₃O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.57→42.632 Å / Num. obs: 46188 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 13.81 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_rim(I) all: 0.111 / Χ²: 1.024 / Net I/σ(I): 10.29 / Num. measured all: 173422

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.57-1.66	0.637	1.74	27564	7469	7411	0.524	0.743	99.2
1.66-1.78	0.485	2.36	25992	6999	6986	0.703	0.566	99.8
1.78-1.92	0.315	3.84	24365	6527	6501	0.878	0.368	99.6
1.92-2.1	0.194	6.41	22860	6033	6014	0.958	0.226	99.7
2.1-2.35	0.138	9.1	20178	5463	5437	0.977	0.161	99.5
2.35-2.71	0.1	12.32	18455	4838	4819	0.988	0.116	99.6
2.71-3.32	0.056	21.37	15507	4076	4066	0.996	0.065	99.8
3.32-4.68	0.031	35.4	11792	3190	3167	0.998	0.036	99.3
4.68-42.632	0.026	41.67	6709	1802	1787	0.999	0.03	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法: Rigid Body / 解像度: 1.569→42.632 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2054	2101	4.55 %
R_work	0.1769	44085	-
obs	0.1782	46186	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.14 Å² / B_iso mean: 17.8687 Å² / B_iso min: 2.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.569→42.632 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2378	0	33	272	2683
B_iso mean	-	-	30.89	25.43	-
残基数	-	-	-	-	328

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2571
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.048	3543
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	423
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	459
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.756	870

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5687-1.6052	0.3143	137	0.2833	2873	3010	98
1.6052-1.6454	0.3049	139	0.2746	2911	3050	100
1.6454-1.6899	0.2936	141	0.2575	2965	3106	100
1.6899-1.7396	0.2694	140	0.24	2926	3066	100
1.7396-1.7957	0.2539	139	0.2223	2931	3070	100
1.7957-1.8599	0.2318	140	0.2075	2941	3081	100
1.8599-1.9344	0.2658	139	0.2076	2905	3044	100
1.9344-2.0224	0.202	140	0.1747	2946	3086	100
2.0224-2.129	0.197	140	0.1708	2946	3086	100
2.129-2.2624	0.2012	140	0.1711	2924	3064	99
2.2624-2.4371	0.2121	139	0.1737	2932	3071	100
2.4371-2.6823	0.1966	142	0.1742	2967	3109	100
2.6823-3.0704	0.1931	140	0.1695	2949	3089	100
3.0704-3.8679	0.2286	141	0.1554	2957	3098	100
3.8679-42.6476	0.1144	144	0.1296	3012	3156	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1486	-0.1553	-0.0174	0.62	-0.1726	0.32	-0.0264	0.0555	0.0442	0.2	0.0031	0.0201	-0.0403	-0.0275	-0.0074	0.1308	0.0013	0.0188	0.0908	0.0083	0.0817	0.5024	-8.6212	14.2903
2	0.1267	0.1158	-0.069	0.0466	0.0341	0.0706	0.0148	0.0282	-0.0373	-0.1951	0.0053	0.1311	-0.0317	-0.0174	-0.0003	0.3375	0.0629	-0.054	0.1396	-0.0139	0.1198	2.83	-1.6112	24.944
3	0.2852	0.0445	-0.0554	0.5789	-0.24	0.4514	-0.0627	-0.0311	0.0372	0.2848	-0.0004	-0.0639	-0.1461	0.0182	-0.0564	0.2114	0.0173	-0.0461	0.1059	-0.0121	0.099	5.797	-2.4393	18.9506
4	0.1463	0.1362	-0.2665	0.3016	-0.3892	0.2867	-0.055	0.0171	0.0113	-0.0246	-0.0198	-0.0956	-0.0048	0.0564	-0.0005	0.07	0.002	-0.0121	0.0921	0.0043	0.115	14.6843	-4.0181	-0.3553
5	0.1292	-0.1784	0.0454	0.6395	-0.2404	0.0698	-0.017	0.0716	0.1118	0.1939	0.0477	-0.1188	-0.2704	-0.0751	0.0486	0.1044	-0.0086	-0.0127	0.1051	0.0103	0.1428	10.0249	11.8811	-0.2596
6	0.1516	0.0168	-0.0121	0.2362	0.1485	0.0906	-0.0222	0.0087	0.0265	-0.0009	-0.0238	-0.0254	-0.0212	-0.0223	0	0.0952	0.001	0.008	0.1115	0.0155	0.1051	0.8187	12.0805	-7.5289
7	0.0752	0.0497	0.0339	0.0162	0.0082	0.0254	-0.119	-0.0103	0.1088	-0.0649	0.1342	0.1837	-0.0261	0.0428	0.0001	0.0953	-0.0164	0.023	0.1451	-0.0198	0.1171	-13.5528	9.2275	-8.0049
8	0.2689	-0.3592	0.0435	0.4908	-0.2439	0.3226	0.0093	0.0169	-0.004	0.0079	-0.0349	-0.0627	-0.0212	0.0104	-0.0021	0.0648	-0.0068	0.0118	0.0936	0.0026	0.0955	3.0202	4.7021	-4.3362

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:62)	A	1 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 63:81)	A	63 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 82:151)	A	82 - 151
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 152:190)	A	152 - 190
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 191:204)	A	191 - 204
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 205:242)	A	205 - 242
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 243:258)	A	243 - 258
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 259:330)	A	259 - 330

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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