PDB-5qbi: Crystal structure of Endothiapepsin-FRG274 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qbi

タイトル

Crystal structure of Endothiapepsin-FRG274 complex

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.624 Å

データ登録者

Huschmann, F.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Endothiapepsin
著者: Huschmann, F.U. / Weiss, M.S. / Mueller, U. / Haustedt, L.O. / Klebe, G.

履歴

登録	2017年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Advisory / Database references / Structure summary カテゴリ: database_2 / pdbx_deposit_group / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description / _pdbx_deposit_group.group_title
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5qbi.cif.gz	139.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5qbi.ent.gz	108.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5qbi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5qbi_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5qbi_full_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示
XML形式データ	5qbi_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	5qbi_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/5qbi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/5qbi	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002039 (25エントリ) 5qb5 5qb6 5qb7 5qb8 5qb9 5qba 5qbb 5qbc 5qbd 5qbe
タイトル	Crystal structures of Endothiapepsin complexes
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Endothiapepsin complexes

-
関連構造データ

類似構造データ	5p4w-d 5p10-d 5p4o-d 5p3x-d 5r3e-d 4yck-d 5r3w-d 5p7h-d 5p3h-d 5oz2-d 5p5v-d 5mb0-d 5r1t-d 5p64-d 5r2x-d 5p89-d 5p4t-d 5p2f-d 5p56-d 4y38-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.239, 72.943, 52.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.140, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-D8P / [(2S)-1,9-dimethyl-1,2,3,4,5,6-hexahydropyrido[2,3-b][1,5]diazocin-2-yl]methanol 分子量: 221.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₃O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.62→42.738 Å / Num. obs: 39747 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 13.98 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_rim(I) all: 0.134 / Χ²: 0.785 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 149854

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.62-1.72	0.732	1.84	23103	6582	6107	0.748	0.852	92.8
1.72-1.84	0.499	2.74	22085	6183	6000	0.878	0.583	97
1.84-1.99	0.31	4.31	20593	5745	5564	0.948	0.361	96.8
1.99-2.18	0.198	6.98	19960	5305	5161	0.974	0.229	97.3
2.18-2.43	0.154	8.78	17519	4819	4743	0.976	0.18	98.4
2.43-2.81	0.108	11.9	16718	4265	4230	0.988	0.125	99.2
2.81-3.44	0.07	16.31	13441	3600	3572	0.992	0.081	99.2
3.44-4.84	0.051	22.71	10827	2807	2795	0.996	0.059	99.6
4.84-42.738	0.054	23.1	5608	1595	1575	0.994	0.064	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.624→42.739 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1999	1002	2.52 %
R_work	0.1738	38715	-
obs	0.1745	39717	97.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 47.35 Å² / B_iso mean: 17.0069 Å² / B_iso min: 7.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.624→42.739 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2385	0	54	234	2673
B_iso mean	-	-	29.54	26.52	-
残基数	-	-	-	-	330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2594
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.043	3570
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	420
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	470
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.731	891

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6241-1.7098	0.3296	136	0.2807	5231	5367	92
1.7098-1.8169	0.2865	142	0.2403	5493	5635	97
1.8169-1.9572	0.2638	142	0.2117	5507	5649	97
1.9572-2.1541	0.2109	142	0.173	5488	5630	97
2.1541-2.4658	0.1974	144	0.16	5585	5729	99
2.4658-3.1065	0.1966	147	0.1609	5667	5814	99
3.1065-42.7535	0.1505	149	0.1487	5744	5893	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6398	0.0917	0.1501	0.8299	0.066	1.7438	0.022	-0.031	0.0286	0.0516	-0.0077	0.0644	0.0542	-0.1458	-0.0114	0.1129	-0.0042	-0.0095	0.1144	0.0037	0.1277	0.5225	-9.1702	14.6343
2	2.0632	-0.819	0.9072	5.3827	-0.6334	3.8214	-0.1099	-0.0936	0.0609	0.0952	0.1015	0.1489	-0.1631	-0.153	0.0166	0.0555	-0.0203	0.0139	0.1402	-0.0104	0.1142	3.6382	-3.0031	25.5803
3	1.4169	-0.0526	0.5403	1.2134	0.1342	1.5017	-0.0487	-0.1195	0.0604	0.0715	0.011	-0.0044	-0.0914	-0.0329	0.0348	0.1301	0.0057	-0.0241	0.0956	-0.001	0.0954	6.1178	-3.0675	18.9542
4	0.9721	0.4555	-0.1483	2.2765	-0.7132	1.3699	-0.0238	0.0309	0.0332	-0.0631	-0.0464	-0.1582	0.0489	0.0599	0.0767	0.0926	0.0181	-0.0046	0.1042	-0.0009	0.1185	14.7359	-4.9448	-0.1552
5	2.0824	-0.4387	1.8907	1.283	-2.4978	6.1337	-0.0663	0.0292	0.0496	0.2747	0.1123	-0.0417	-0.5851	-0.0774	0.0013	0.1223	0.0186	0.0039	0.0726	-0.0042	0.1295	10.0794	10.9817	-0.4709
6	1.6059	0.0411	0.7192	1.4767	-0.6568	1.3986	-0.0077	0.0556	0.0739	-0.0391	-0.017	-0.0811	0.0026	0.0184	0.0297	0.1267	0.016	0.0133	0.0986	-0.0054	0.1139	0.7691	11.1155	-7.5812
7	3.0997	1.9771	1.115	7.2389	1.7892	7.3654	0.0865	-0.1749	0.2153	0.1749	-0.0513	0.2119	-0.007	-0.2824	-0.0251	0.0642	-0.0112	0.0108	0.1412	-0.0121	0.1117	-13.6528	8.2331	-8.083
8	2.803	-0.6045	0.3119	0.7772	-0.1225	0.7305	0.008	-0.0028	-0.0393	0.0192	-0.0115	-0.112	-0.0009	0.0247	0.0034	0.0938	-0.0052	0.0023	0.0663	0.0075	0.0766	2.9409	4.032	-4.1695

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:62)	A	1 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 63:81)	A	63 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 82:151)	A	82 - 151
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 152:190)	A	152 - 190
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 191:204)	A	191 - 204
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 205:242)	A	205 - 242
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 243:258)	A	243 - 258
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 259:330)	A	259 - 330

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