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万見
- PDB-5qa9: OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5qa9
タイトルOXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 5
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Oxacillinase / Inhibitor / Complex / OXA / Antibiotic resistance / beta-lactamase / fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-[3-(hydroxymethyl)phenyl]benzoic acid / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lund, B.A. / Leiros, H.K.S.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: A focused fragment library targeting the antibiotic resistance enzyme - Oxacillinase-48: Synthesis, structural evaluation and inhibitor design.
著者: Akhter, S. / Lund, B.A. / Ismael, A. / Langer, M. / Isaksson, J. / Christopeit, T. / Leiros, H.S. / Bayer, A.
履歴
登録2017年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group
Item: _pdbx_deposit_group.group_title / _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.22018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 2.02018年4月11日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 3.02021年11月17日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / pdbx_deposit_group / pdbx_entity_nonpoly
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_deposit_group.group_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 3.12023年11月15日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,09816
ポリマ－112,9084
非ポリマー1,19012
水20,4831137
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5534
ポリマ－28,2271
非ポリマー3263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7397
ポリマ－28,2271
非ポリマー5126
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5173
ポリマ－28,2271
非ポリマー2902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2892
ポリマ－28,2271
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.981, 108.447, 124.139
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 24 through 117 or resid 119 through 265))
21(chain B and (resid 24 through 117 or resid 119 through 265))
31(chain C and (resid 24 through 117 or resid 119 through 265))
41(chain D and (resid 24 through 117 or resid 119 through 265))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUTYRTYR(chain A and (resid 24 through 117 or resid 119 through 265))AA24 - 1172 - 95
12VALVALPROPRO(chain A and (resid 24 through 117 or resid 119 through 265))AA119 - 26597 - 243
21GLUGLUTYRTYR(chain B and (resid 24 through 117 or resid 119 through 265))BB24 - 1172 - 95
22VALVALPROPRO(chain B and (resid 24 through 117 or resid 119 through 265))BB119 - 26597 - 243
31GLUGLUTYRTYR(chain C and (resid 24 through 117 or resid 119 through 265))CC24 - 1172 - 95
32VALVALPROPRO(chain C and (resid 24 through 117 or resid 119 through 265))CC119 - 26597 - 243
41GLUGLUTYRTYR(chain D and (resid 24 through 117 or resid 119 through 265))DD24 - 1172 - 95
42VALVALPROPRO(chain D and (resid 24 through 117 or resid 119 through 265))DD119 - 26597 - 243

-
要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 28226.951 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-QKU / 3-[3-(hydroxymethyl)phenyl]benzoic acid


分子量: 228.243 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 8-11% PEG 8000 and 4-8% 1-butanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.38 Å / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1337 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 8.63
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible obs: 98.63 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.7616 / Num. unique obs: 41687 / Rrim(I) all: 0.86 / Net I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY: 5dtk

5dtk


解像度: 1.9→43.38 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 1929 -
Rwork0.1898 --
obs-94091 98.9 %
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→43.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7932 0 156 1137 9225
Biso mean--62.92 36.09 -
残基数----968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038217
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60111108
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031471
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0574842
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6190X-RAY DIFFRACTION5.249TORSIONAL
12B6190X-RAY DIFFRACTION5.249TORSIONAL
13C6190X-RAY DIFFRACTION5.249TORSIONAL
14D6190X-RAY DIFFRACTION5.249TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.94750.32911360.31316486662298
1.9475-2.00020.31791360.26376528666499
2.0002-2.0590.24661370.24056538667599
2.059-2.12550.27261360.23026502663899
2.1255-2.20150.25521360.21176490662699
2.2015-2.28960.23831370.21166518665598
2.2896-2.39380.2421370.19536560669799
2.3938-2.520.2341380.1786545668399
2.52-2.67790.23521370.17556560669799
2.6779-2.88460.21781380.17416607674599
2.8846-3.17480.19521390.17396608674799
3.1748-3.63410.22011380.16336599673799
3.6341-4.57790.18621400.14396688682899
4.5779-46.31720.22551440.17426932707699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44280.0802-0.27390.9911-0.03111.0586-0.01450.02470.0334-0.1070.01890.01690.00790.0513-0.00580.25370.0045-0.04510.17420.00480.165389.2387261.09942.5962
20.54570.08830.3021.21160.19741.44120.0286-0.0385-0.01710.03440.0116-0.04850.0726-0.0231-0.03830.1035-0.008-0.01470.12330.00720.120689.212221.6965-2.6055
30.80610.13880.19831.3888-0.24361.23740.0126-0.00440.04310.08180.04240.0439-0.0267-0.1342-0.03990.14510.0006-0.00190.16540.01810.13185.1409223.826831.9259
40.630.16070.17341.1223-0.31891.2756-0.00880.05170.0678-0.07950.04220.03-0.2402-0.0651-0.02730.21040.00690.0320.12840.010.1359129.6098228.945431.7596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 24 through 265)A24 - 265
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 24 through 265)B24 - 265
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 24 through 265)C24 - 265
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 24 through 265)D24 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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