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万見
- PDB-5q17: Ligand binding to FARNESOID-X-RECEPTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5q17
タイトルLigand binding to FARNESOID-X-RECEPTOR
要素
  • Bile acid receptor
  • Nuclear receptor coactivator peptide SRC2
キーワードTRANSCRIPTION / D3R / FXR / Docking
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of urea metabolic process / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / : / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid ...regulation of urea metabolic process / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / : / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of interleukin-1 production / regulation of bile acid biosynthetic process / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to organonitrogen compound / toll-like receptor 9 signaling pathway / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / bile acid metabolic process / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / bile acid binding / cell-cell junction assembly / bile acid signaling pathway / cellular response to fatty acid / negative regulation of interleukin-2 production / regulation of cholesterol metabolic process / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of interleukin-17 production / intracellular glucose homeostasis / locomotor rhythm / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / aryl hydrocarbon receptor binding / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts / fatty acid homeostasis / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / Notch signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / transcription coregulator binding / response to progesterone / cholesterol homeostasis / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / Circadian Clock / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to lipopolysaccharide / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / cell differentiation / receptor complex / nuclear body / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / defense response to bacterium / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / innate immune response / chromatin binding
類似検索 - 分子機能
Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9MV / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2 / Bile acid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
Model detailsStructures re-refined for D3R docking challenge
データ登録者Rudolph, M.G. / Benz, J. / Burger, D. / Thoma, R. / Ruf, A. / Joseph, C. / Kuhn, B. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: J. Comput. Aided Mol. Des. / 年: 2018
タイトル: D3R Grand Challenge 2: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies.
著者: Gaieb, Z. / Liu, S. / Gathiaka, S. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Feher, V.A. / Walters, W.P. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G. / Burley, S.K. / Gilson, M.K. / Amaro, R.E.
履歴
登録2017年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42018年2月21日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.52021年2月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation.country / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.62021年11月17日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / pdbx_deposit_group
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description
改定 1.72024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bile acid receptor
B: Nuclear receptor coactivator peptide SRC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1263
ポリマ－28,5652
非ポリマー5611
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.940, 93.940, 47.798
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Bile acid receptor / Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H ...Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 4 / Retinoid X receptor-interacting protein 14 / RXR-interacting protein 14


分子量: 27100.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H4, BAR, FXR, HRR1, RIP14 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96RI1
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator peptide SRC2 / SRC2 / STEROID RECEPTOR COACTIVATOR-2 / NCOA-2


分子量: 1464.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0B6XJZ8, UniProt: Q15596*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-9MV / 4-({5-bromo-2-oxo-1'-[(thiophen-2-yl)sulfonyl]spiro[indole-3,4'-piperidin]-1(2H)-yl}methyl)benzoic acid


分子量: 561.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H21BrN2O5S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 13431 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 39293
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.1820.55410100.862171.6
2.18-2.262.20.26911861.674185.3
2.26-2.372.50.49813511.243196.2
2.37-2.4930.20314000.962199.6
2.49-2.653.20.13114000.968199.6
2.65-2.853.30.114190.985199.7
2.85-3.143.30.07513940.987199.7
3.14-3.593.20.06114061.003199.6
3.59-4.523.10.04814041198.2
4.52-403.10.04114610.978199.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.3精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→13.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU R Cruickshank DPI: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.325 / SU Rfree Blow DPI: 0.232 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.235
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 620 4.94 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 12551 88.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 121.55 Å2 / Biso mean: 48.51 Å2 / Biso min: 19.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.109 Å20 Å20 Å2
2---0.109 Å20 Å2
3---0.2179 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→13.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1923 0 34 85 2042
Biso mean--95.56 46.63 -
残基数----236
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d729SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes57HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes277HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2004HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion258SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2336SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2004HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2710HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.64
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4789 103 5.49 %
Rwork0.4135 1774 -
all0.4174 1877 -
obs--55.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5449-0.58340.54031.7439-0.29271.2448-0.036-0.0764-0.0857-0.03750.0673-0.02050.12740.0177-0.0313-0.0409-0.03040.0301-0.0561-0.0043-0.0637-21.600458.5499-1.5523
20.7382-0.24190.7950.13570.26440.5788-0.0105-0.01430.03970.0417-0.0156-0.0112-0.01250.01030.0261-0.03530.0717-0.04850.1009-0.0573-0.0355-15.0270.815512.3257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A246 - 474
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B745 - 756

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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