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- PDB-5q0c: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5q0c
タイトルHuman liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-(5-bromo-1,3-thiazol-2-yl)-3-[5-(4-methoxyphenyl)thiophen-2-yl]sulfonylurea and with fructose-2,6-diphosphate
要素Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / D3R docking / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Gluconeogenesis / fructose metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / anchoring junction / gluconeogenesis / Z disc / extracellular exosome ...fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Gluconeogenesis / fructose metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / anchoring junction / gluconeogenesis / Z disc / extracellular exosome / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fructose-1,6-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 ...Fructose-1,6-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-96G / 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
Model detailsFor D3R project
データ登録者Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G. / Yang, H. / Shao, C. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-(5-bromo-1,3-thiazol-2-yl)-3-[5-(4- ...タイトル: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-(5-bromo-1,3-thiazol-2-yl)-3-[5-(4-methoxyphenyl)thiophen-2-yl]sulfonylurea and with f2,6p
著者: Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2017年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.22019年2月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年2月10日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / chem_comp
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
B: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
C: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
D: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
E: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
F: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
G: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
H: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,90124
ポリマ－294,3858
非ポリマー6,51616
水9,818545
1
A: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
B: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
C: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
D: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,45012
ポリマ－147,1924
非ポリマー3,2588
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19130 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area43720 Å2
手法PISA
2
E: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
F: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
G: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
H: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,45012
ポリマ－147,1924
非ポリマー3,2588
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19080 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area43730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)222.475, 240.518, 138.979
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))
21(chain B and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))
31(chain C and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))
41chain D
51(chain E and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))
61(chain F and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))
71(chain G and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))
81(chain H and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRVALVAL(chain A and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))AA9 - 669 - 66
12LYSLYSGLNGLN(chain A and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))AA73 - 33673 - 336
21THRTHRVALVAL(chain B and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))BB9 - 669 - 66
22LYSLYSGLNGLN(chain B and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))BB73 - 33673 - 336
31THRTHRVALVAL(chain C and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))CC9 - 669 - 66
32LYSLYSGLNGLN(chain C and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))CC73 - 33673 - 336
41THRTHRGLNGLNchain DDD9 - 3369 - 336
51THRTHRVALVAL(chain E and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))EE9 - 669 - 66
52LYSLYSGLNGLN(chain E and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))EE73 - 33673 - 336
61THRTHRVALVAL(chain F and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))FF9 - 669 - 66
62LYSLYSGLNGLN(chain F and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))FF73 - 33673 - 336
71THRTHRVALVAL(chain G and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))GG9 - 669 - 66
72LYSLYSGLNGLN(chain G and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))GG73 - 33673 - 336
81THRTHRVALVAL(chain H and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))HH9 - 669 - 66
82LYSLYSGLNGLN(chain H and (resid 9 through 66 or resid 73 through 336))HH73 - 33673 - 336

-
要素

#1: タンパク質
Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2 / FBPase 2 / D-fructose-1 / 6-bisphosphate 1-phosphohydrolase 2 / Muscle FBPase


分子量: 36798.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00757, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-96G / N-[(5-bromo-1,3-thiazol-2-yl)carbamoyl]-5-(4-methoxyphenyl)thiophene-2-sulfonamide


分子量: 474.372 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12BrN3O4S3
#3: 糖
ChemComp-FDP / 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-2,6-DIPHOSPHATE / 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 2,6-di-O-phosphono-D-fructose / 2,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス2,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf2PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.3 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: entry deposited much later from experimental date, thus exact crystallization details not known

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.793 Å / Num. obs: 141184 / % possible obs: 97.51 %

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→29.793 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2103 6943 4.92 %
Rwork0.1682 134241 -
obs0.1703 141184 97.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 185.73 Å2 / Biso mean: 57.1469 Å2 / Biso min: 17.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→29.793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19932 0 368 545 20845
Biso mean--66.91 48.99 -
残基数----2618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00820627
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9627954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0573225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063519
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.22312388
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A12348X-RAY DIFFRACTION5.692TORSIONAL
12B12348X-RAY DIFFRACTION5.692TORSIONAL
13C12348X-RAY DIFFRACTION5.692TORSIONAL
14D12348X-RAY DIFFRACTION5.692TORSIONAL
15E12348X-RAY DIFFRACTION5.692TORSIONAL
16F12348X-RAY DIFFRACTION5.692TORSIONAL
17G12348X-RAY DIFFRACTION5.692TORSIONAL
18H12348X-RAY DIFFRACTION5.692TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.42730.30071860.25283598378479
2.4273-2.45580.31472010.2383776397783
2.4558-2.48570.27712010.23263918411986
2.4857-2.51720.30142280.22754136436491
2.5172-2.55030.30692060.2294326453295
2.5503-2.58520.2742040.21664558476299
2.5852-2.62210.26142470.20584535478299
2.6221-2.66120.2722430.21184471471499
2.6612-2.70280.25872490.20844522477199
2.7028-2.74710.26962120.203345624774100
2.7471-2.79440.29122400.196145434783100
2.7944-2.84520.23212590.192845184777100
2.8452-2.89990.26762530.202245514804100
2.8999-2.9590.27092300.212845724802100
2.959-3.02330.26012320.218845884820100
3.0233-3.09360.25932270.206845644791100
3.0936-3.17080.30112190.208745854804100
3.1708-3.25650.2352320.204345614793100
3.2565-3.35220.25952200.205245764796100
3.3522-3.46020.23812340.204345724806100
3.4602-3.58370.23752230.187746224845100
3.5837-3.72690.21312300.164145694799100
3.7269-3.89620.19782470.154646004847100
3.8962-4.10110.18112510.143845794830100
4.1011-4.35730.17122330.129346044837100
4.3573-4.69260.14732240.11646414865100
4.6926-5.16260.14942370.11646334870100
5.1626-5.90460.16062550.130346294884100
5.9046-7.42010.19372480.154947014949100
7.4201-29.79490.16432720.14434631490396
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17630.0571-0.14840.029-0.05750.08070.1527-0.20640.06960.0768-0.168-0.01810.02940.0412-00.3562-0.01760.01140.3753-0.09590.375553.94685.5753-23.6298
20.0153-0.0003-0.01860.0223-0.03580.05960.0483-0.3837-0.0872-0.1044-0.0363-0.23330.09920.0217-00.3736-0.0282-0.04380.5065-0.06620.315147.4792.3112-10.4508
30.5645-0.2037-0.2250.1693-0.01240.42850.0643-0.11690.0964-0.03380.00350.0478-0.0677-0.03310.00180.23190.00620.01190.2675-0.0770.194731.36049.8582-23.7315
40.1994-0.03060.13270.01930.01810.02340.10550.1454-0.0073-0.1336-0.0576-0.0774-0.07320.059900.32030.00950.00430.3364-0.10410.337853.5315-7.7661-45.7173
5-0.00180.00530.020.00880.02130.0407-0.07150.2336-0.0291-0.1609-0.0097-0.2075-0.12010.109400.4160.0380.00480.4177-0.10010.294847.3425-4.149-58.9784
60.1903-0.00470.04920.22630.12220.36850.04280.1131-0.0993-0.0293-0.04060.10590.035-0.1037-00.3342-0.0087-0.05630.3569-0.09260.340830.6861-10.5385-45.7219
70.20920.1416-0.10480.0806-0.04740.03760.0745-0.0310.1622-0.016-0.03620.0566-0.01120.0954-00.3285-0.0051-0.01030.371-0.12630.386965.218410.2867-29.514
80.0044-0.00490.02850.0438-0.02680.04660.08040.17030.5533-0.0937-0.0881-0.0968-0.1538-0.10230.00010.41110.02120.0230.4396-0.03060.62572.113722.7072-34.5162
90.38370.0417-0.03250.1789-0.07220.33550.1006-0.04380.1280.082-0.1188-0.1183-0.0103-0.0025-00.3116-0.0263-0.05240.3031-0.03050.375387.92759.7744-25.8999
100.05090.0093-0.00320.0226-0.00110.00370.09520.1315-0.22010.0038-0.08550.00990.09470.0766-00.33320.0217-0.0340.4065-0.11010.345664.2748-16.6111-49.0986
110.05380.011-0.01440.0676-0.08390.0888-0.0001-0.0262-0.24350.1287-0.1620.08740.0922-0.14180.00010.3734-0.0320.00350.312-0.02050.404568.1892-21.5489-31.3993
120.21290.07540.09570.35430.27450.3384-0.00080.0532-0.12950.0762-0.0136-0.13510.07310.034400.29030.0497-0.01640.3052-0.04180.366787.0389-14.5522-43.2537
130.1633-0.0936-0.1520.4937-0.02050.1132-0.1222-0.18060.24540.02690.10460.8178-0.3018-0.0565-0.05730.3434-0.0414-0.23790.36740.14470.718394.667853.5036-1.9141
140.5262-0.0059-0.43290.55890.3060.6128-0.4902-0.0751-0.0569-0.14910.30930.72870.33050.2053-0.21930.3469-0.2601-0.33240.22940.05960.41499.745833.9017-8.4156
150.0484-0.09570.02130.23090.03050.0301-0.10910.03550.1687-0.12080.0562-0.2369-0.0625-0.045200.4631-0.0255-0.12140.380.00990.3997124.762856.87412.9868
160.0308-0.0298-0.01930.01480.01690.0377-0.10190.0830.038-0.28630.0655-0.4062-0.27820.098300.4712-0.04320.00660.44130.05560.4987136.829250.9761-3.6256
170.2742-0.0941-0.00730.3725-0.00430.1462-0.09120.0124-0.0314-0.02370.0304-0.12040.0768-0.001500.38630.0178-0.04880.32560.03560.3305125.981634.18825.9424
180.118-0.0047-0.06610.37710.25680.2959-0.1017-0.0052-0.0471-0.58050.18350.09450.13720.11160.16970.5117-0.0619-0.2810.36090.1010.4685104.703467.8393-11.0772
190.1086-0.06890.0710.0375-0.04790.0410.05470.1727-0.254-0.7995-0.02350.30280.0288-0.18010.07781.0568-0.0505-0.60680.4660.09390.1953106.858174.3508-24.37
200.2012-0.22630.09260.493-0.29320.41780.0099-0.109-0.008-0.27950.1340.465-0.0292-0.05790.4520.40080.0019-0.22470.37740.11940.4199100.862490.5397-10.3169
210.0334-0.01030.03940.23380.02130.0287-0.0442-0.0809-0.05540.10110.14870.07430.16820.04760.00010.33530.0104-0.11150.34710.02870.3828120.031567.78659.6452
220.0082-0.0078-0.00680.02790.02280.0334-0.0642-0.1781-0.16610.36260.02260.02460.07640.037-00.51290.0187-0.09940.48210.04970.3267117.794273.644123.2512
230.1735-0.0810.13120.41140.07180.4121-0.0505-0.02280.04660.10020.0898-0.0975-0.04970.0192-00.3268-0.0041-0.08040.3715-0.00810.3061123.056690.54639.8381
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 69 )A9 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 70 through 119 )A70 - 119
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 120 through 336 )A120 - 336
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 9 through 69 )B9 - 69
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 70 through 119 )B70 - 119
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 120 through 336 )B120 - 336
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 9 through 69 )C9 - 69
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 70 through 119 )C70 - 119
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 120 through 336 )C120 - 336
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 9 through 49 )D9 - 49
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 50 through 119 )D50 - 119
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 120 through 336 )D120 - 336
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 9 through 119 )E9 - 119
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 120 through 336 )E120 - 336
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 9 through 69 )F9 - 69
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 70 through 119 )F70 - 119
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 120 through 336 )F120 - 336
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 9 through 69 )G9 - 69
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resid 70 through 119 )G70 - 119
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 120 through 336 )G120 - 336
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 9 through 69 )H9 - 69
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 70 through 119 )H70 - 119
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 120 through 336 )H120 - 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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