PDB-5q09: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5q09

タイトル

Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-[4-bromo-6-(carbamoylamino)pyridin-2-yl]-3-[5-(2-methoxyethyl)-4-methylthiophen-2-yl]sulfonylurea

要素

Fructose-1,6-bisphosphatase 1

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / D3R docking / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to raffinose / sucrose biosynthetic process / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process / Gluconeogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

Model details

For D3R project

データ登録者

Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G. / Yang, H. / Shao, C. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-[4-bromo-6-(carbamoylamino)pyridin-2-yl]-3-[5- ...
著者: Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2017年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.2	2019年2月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5q09.ent.gz	827.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	5q09_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5q09_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	5q09_validation.xml.gz	105.8 KB	表示
CIF形式データ	5q09_validation.cif.gz	149.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/5q09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/5q09	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002030 (23エントリ) 5pzq 5pzr 5pzs 5pzt 5pzu 5pzv 5pzw 5pzx 5pzy 5pzz
タイトル	Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with allosteric inhibitors
タイプ	undefined
解説	Fructose-1,6-bisphosphatase 1 with inhibitors

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関連構造データ

類似構造データ	2y5k-d 5pzq-d 2jjk-d 3kc1-d 5q05-1 2wbd-1 3a29-d 5pzy-1 2vt5-1 5q06-d 5q01-2 1fpl-1 5q05-2 2fhy-d 5pzz-2 5q08-2 5q0a-d 5zwk-d 1fj9-1 5q07-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

E: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

F: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

G: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

H: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

ヘテロ分子

299 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

F: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

G: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

H: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.579, 286.577, 83.616
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.440, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 9 through 37 or resid 39...
2	1	(chain B and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))
3	1	(chain C and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))
4	1	(chain D and (resid 9 through 37 or resid 39...
5	1	(chain E and (resid 9 through 37 or resid 39...
6	1	(chain F and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))
7	1	(chain G and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))
8	1	(chain H and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	LEU	LEU	(chain A and (resid 9 through 37 or resid 39...	A	A	9 - 37	10 - 38
1	2	THR	THR	GLY	GLY	(chain A and (resid 9 through 37 or resid 39...	A	A	39 - 61	40 - 62
1	3	LYS	LYS	TYR	TYR	(chain A and (resid 9 through 37 or resid 39...	A	A	72 - 139	73 - 140
1	4	LYS	LYS	SER	SER	(chain A and (resid 9 through 37 or resid 39...	A	A	141 - 335	142 - 336
2	1	ASP	ASP	LEU	LEU	(chain B and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))	B	B	9 - 37	10 - 38
2	2	THR	THR	TYR	TYR	(chain B and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))	B	B	39 - 139	40 - 140
2	3	LYS	LYS	SER	SER	(chain B and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))	B	B	141 - 335	142 - 336
3	1	ASP	ASP	LEU	LEU	(chain C and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))	C	C	9 - 37	10 - 38
3	2	THR	THR	TYR	TYR	(chain C and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))	C	C	39 - 139	40 - 140
3	3	LYS	LYS	SER	SER	(chain C and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))	C	C	141 - 335	142 - 336
4	1	ASP	ASP	LEU	LEU	(chain D and (resid 9 through 37 or resid 39...	D	D	9 - 37	10 - 38
4	2	THR	THR	GLY	GLY	(chain D and (resid 9 through 37 or resid 39...	D	D	39 - 61	40 - 62
4	3	LYS	LYS	TYR	TYR	(chain D and (resid 9 through 37 or resid 39...	D	D	72 - 139	73 - 140
4	4	LYS	LYS	SER	SER	(chain D and (resid 9 through 37 or resid 39...	D	D	141 - 335	142 - 336
5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	(chain E and (resid 9 through 37 or resid 39...	E	E	9 - 37	10 - 38
5	2	THR	THR	GLY	GLY	(chain E and (resid 9 through 37 or resid 39...	E	E	39 - 61	40 - 62
5	3	LYS	LYS	TYR	TYR	(chain E and (resid 9 through 37 or resid 39...	E	E	72 - 139	73 - 140
5	4	LYS	LYS	SER	SER	(chain E and (resid 9 through 37 or resid 39...	E	E	141 - 335	142 - 336
6	1	ASP	ASP	LEU	LEU	(chain F and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))	F	F	9 - 37	10 - 38
6	2	THR	THR	TYR	TYR	(chain F and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))	F	F	39 - 139	40 - 140
6	3	LYS	LYS	SER	SER	(chain F and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))	F	F	141 - 335	142 - 336
7	1	ASP	ASP	LEU	LEU	(chain G and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))	G	G	9 - 37	10 - 38
7	2	THR	THR	TYR	TYR	(chain G and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))	G	G	39 - 139	40 - 140
7	3	LYS	LYS	SER	SER	(chain G and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))	G	G	141 - 335	142 - 336
8	1	ASP	ASP	LEU	LEU	(chain H and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))	H	H	9 - 37	10 - 38
8	2	THR	THR	TYR	TYR	(chain H and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))	H	H	39 - 139	40 - 140
8	3	LYS	LYS	SER	SER	(chain H and (resid 9 through 37 or resid 39 through 139 or resid 141 through 335))	H	H	141 - 335	142 - 336

#1: タンパク質	Fructose-1,6-bisphosphatase 1 / Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6- ...Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6-bisphosphatase 1 (FBP1) / mRNA 分子量: 36859.418 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBP1, hCG_1640493 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q2TU34, UniProt: P09467*PLUS, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-96A / N-{[4-bromo-6-(carbamoylamino)pyridin-2-yl]carbamoyl}-5-(2-methoxyethyl)-4-methylthiophene-2-sulfonamide 分子量: 492.368 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₈BrN₅O₅S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1737 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 12%-25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→29.388 Å / Num. obs: 237235 / % possible obs: 97.79 %

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.23	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→29.388 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.64 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE INHIBITOR PYRIDINE GROUPS ARE NOT WELL ORDERED AND HAVE WEAK ELECTRON DENSITY AND HIGH B-FACTORS. THE ELECTRON DENSITY OF THE TERMINAL UREA LOOKS NOT COPLANAR WITH THE PYRIDINE.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2061	11952	5.04 %
R_work	0.1678	225283	-
obs	0.1697	237235	97.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 149.81 Å² / B_iso mean: 34.1321 Å² / B_iso min: 9.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→29.388 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19449	0	224	1737	21410
B_iso mean	-	-	46.39	42.33	-
残基数	-	-	-	-	2541

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	20065
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.899	27111
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	3056
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3461
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.611	12181

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	12157	X-RAY DIFFRACTION	7.632	TORSIONAL
1	2	B	12157	X-RAY DIFFRACTION	7.632	TORSIONAL
1	3	C	12157	X-RAY DIFFRACTION	7.632	TORSIONAL
1	4	D	12157	X-RAY DIFFRACTION	7.632	TORSIONAL
1	5	E	12157	X-RAY DIFFRACTION	7.632	TORSIONAL
1	6	F	12157	X-RAY DIFFRACTION	7.632	TORSIONAL
1	7	G	12157	X-RAY DIFFRACTION	7.632	TORSIONAL
1	8	H	12157	X-RAY DIFFRACTION	7.632	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.3255	315	0.2848	6365	6680	83
1.9216-1.9442	0.3122	379	0.2745	6672	7051	87
1.9442-1.9679	0.3081	374	0.2679	7046	7420	92
1.9679-1.9928	0.2915	385	0.2452	7596	7981	98
1.9928-2.019	0.2747	406	0.2309	7675	8081	100
2.019-2.0467	0.2485	413	0.2245	7619	8032	100
2.0467-2.0759	0.2548	432	0.2238	7701	8133	100
2.0759-2.1069	0.2628	394	0.2157	7601	7995	100
2.1069-2.1398	0.2437	423	0.2083	7711	8134	100
2.1398-2.1749	0.2416	399	0.1957	7614	8013	100
2.1749-2.2124	0.2562	396	0.2003	7715	8111	100
2.2124-2.2526	0.2391	398	0.1929	7596	7994	100
2.2526-2.2959	0.2477	426	0.19	7672	8098	100
2.2959-2.3427	0.2346	429	0.1776	7561	7990	100
2.3427-2.3936	0.2141	391	0.1714	7704	8095	99
2.3936-2.4493	0.222	400	0.1704	7631	8031	100
2.4493-2.5105	0.2326	408	0.1746	7647	8055	99
2.5105-2.5784	0.2316	437	0.1765	7581	8018	99
2.5784-2.6542	0.2189	400	0.1705	7620	8020	99
2.6542-2.7398	0.2105	388	0.1605	7601	7989	99
2.7398-2.8376	0.2146	372	0.1656	7631	8003	99
2.8376-2.9512	0.2106	441	0.1606	7563	8004	99
2.9512-3.0853	0.2175	393	0.1613	7604	7997	99
3.0853-3.2478	0.1983	369	0.1526	7593	7962	98
3.2478-3.451	0.1871	399	0.1527	7594	7993	98
3.451-3.717	0.1695	389	0.1389	7525	7914	98
3.717-4.0901	0.1699	415	0.138	7478	7893	98
4.0901-4.6799	0.1474	415	0.1297	7489	7904	97
4.6799-5.8884	0.1566	357	0.1375	7539	7896	97
5.8884-29.3913	0.192	409	0.1632	7339	7748	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3391	0.1321	0.0748	0.2986	-0.2634	0.1873	-0.0452	-0.0211	0.0755	-0.1754	-0.0247	-0.0827	-0.0389	0.0278	-0.0117	0.2494	0.0254	0.0197	0.1487	0.0187	0.1853	38.1113	16.0757	-5.4571
2	0.5368	-0.0475	-0.1237	0.4179	-0.0139	0.1349	-0.0154	0.0461	0.0725	-0.1952	0.0164	0.0733	-0.0643	0.0224	0.024	0.2781	0.0414	-0.0563	0.1317	0.0243	0.1522	20.4476	22.9597	-7.7857
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
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3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 248 through 335 )	A	248 - 335
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 122 )	B	9 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 123 through 247 )	B	123 - 247
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7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 9 through 131 )	C	9 - 131
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 132 through 335 )	C	132 - 335
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 9 through 28 )	D	9 - 28
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 29 through 106 )	D	29 - 106
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 107 through 155 )	D	107 - 155
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 156 through 247 )	D	156 - 247
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 248 through 335 )	D	248 - 335
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 9 through 106 )	E	9 - 106
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 107 through 155 )	E	107 - 155
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 156 through 247 )	E	156 - 247
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 248 through 335 )	E	248 - 335
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 9 through 122 )	F	9 - 122
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 123 through 247 )	F	123 - 247
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 248 through 335 )	F	248 - 335
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'G' and (resid 9 through 28 )	G	9 - 28
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'G' and (resid 29 through 88 )	G	29 - 88
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'G' and (resid 89 through 106 )	G	89 - 106
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resid 107 through 131 )	G	107 - 131
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resid 132 through 148 )	G	132 - 148
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 149 through 212 )	G	149 - 212
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 213 through 247 )	G	213 - 247
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 248 through 290 )	G	248 - 290
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 291 through 335 )	G	291 - 335
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'H' and (resid 9 through 28 )	H	9 - 28
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'H' and (resid 29 through 88 )	H	29 - 88
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'H' and (resid 89 through 122 )	H	89 - 122
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'H' and (resid 123 through 155 )	H	123 - 155
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resid 156 through 212 )	H	156 - 212
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 213 through 231 )	H	213 - 231
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 232 through 274 )	H	232 - 274
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 275 through 335 )	H	275 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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