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万見
- PDB-5pwd: PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SP100 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5pwd
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SP100 in complex with N09600b
要素Nuclear autoantigen Sp-100
キーワードTRANSCRIPTION / PanDDA / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / bromodomain / epigenetics / XChemExplorer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Fas signaling pathway / regulation of viral process / maintenance of protein location / chromo shadow domain binding / nuclear lumen / response to type I interferon / negative regulation of protein export from nucleus / negative regulation of viral transcription / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endothelial cell migration ...regulation of Fas signaling pathway / regulation of viral process / maintenance of protein location / chromo shadow domain binding / nuclear lumen / response to type I interferon / negative regulation of protein export from nucleus / negative regulation of viral transcription / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endothelial cell migration / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of angiogenesis / response to retinoic acid / type II interferon-mediated signaling pathway / response to type II interferon / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / retinoic acid receptor signaling pathway / response to cytokine / nuclear periphery / telomere maintenance / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / PML body / kinase binding / Interferon gamma signaling / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromosome, telomeric region / protein dimerization activity / nuclear body / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear body protein Sp140 / HSR domain / Nuclear body protein Sp110/Sp140/Sp140L / HSR domain / HSR domain profile. / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain / SAND-like domain superfamily ...Nuclear body protein Sp140 / HSR domain / Nuclear body protein Sp110/Sp140/Sp140L / HSR domain / HSR domain profile. / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain / SAND-like domain superfamily / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(methylamino)benzoic acid / SP100 nuclear antigen / Nuclear autoantigen Sp-100
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.569 Å
データ登録者Pearce, N.M. / Krojer, T. / Talon, R. / Bradley, A.R. / Fairhead, M. / Sethi, R. / Wright, N. / MacLean, E. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. ...Pearce, N.M. / Krojer, T. / Talon, R. / Bradley, A.R. / Fairhead, M. / Sethi, R. / Wright, N. / MacLean, E. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Renjie, Z. / Dias, A. / Ng, J. / Brennan, P.E. / Cox, O. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / von Delft, F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: A multi-crystal method for extracting obscured crystallographic states from conventionally uninterpretable electron density.
著者: Pearce, N.M. / Krojer, T. / Bradley, A.R. / Collins, P. / Nowak, R.P. / Talon, R. / Marsden, B.D. / Kelm, S. / Shi, J. / Deane, C.M. / von Delft, F.
履歴
登録2017年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_deposit_group
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_deposit_group.group_title / _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.22017年10月4日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_title
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42026年2月18日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear autoantigen Sp-100
B: Nuclear autoantigen Sp-100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,80012
ポリマ－42,9972
非ポリマー80310
水8,683482
1
A: Nuclear autoantigen Sp-100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9226
ポリマ－21,4991
非ポリマー4245
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nuclear autoantigen Sp-100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8786
ポリマ－21,4991
非ポリマー3805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.688, 45.389, 83.411
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.160, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nuclear autoantigen Sp-100 / Nuclear dot-associated Sp100 protein / Speckled 100 kDa


分子量: 21498.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SP100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23497, UniProt: H0Y4R8*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 492分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-81P / 4-(methylamino)benzoic acid


分子量: 151.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9NO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細 yes CNc1ccc(cc1)C(O)=O None -15.9491829649 25.8410509076 25.8410509076 CNc1ccc(cc1)C(O)=O 4 - ... yes CNc1ccc(cc1)C(O)=O -15.9491829649 25.8410509076 25.8410509076 CNc1ccc(cc1)C(O)=O 4 - High Confidence None 0.38 33.38636363636364 1.2609643381430813 0.82199999999999995 0.26700000000000002 0.29999999999999999 4.988237792319775

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 % / Mosaicity: 0.04 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M MES pH 6.1 -- 20% PEG20K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→28.467 Å / Num. obs: 59839 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.75 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 223335 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.57-1.613.70.6721680344940.6810.40.7831.893.2
7.02-28.473.50.03826537590.9970.0240.04535.895.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.9_1682精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4PTB

4ptb


解像度: 1.569→28.467 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2105 2985 4.99 %
Rwork0.1797 56851 -
obs0.1813 59836 91.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.44 Å2 / Biso mean: 27.5339 Å2 / Biso min: 11.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.569→28.467 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2842 0 46 482 3370
Biso mean--34.86 37.73 -
残基数----340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0163071
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4224148
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007542
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9051223
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5691-1.59480.31031330.26162671280492
1.5948-1.62230.24191420.25012788293093
1.6223-1.65180.28761290.23672762289193
1.6518-1.68360.24751740.23352735290993
1.6836-1.71790.27191390.23092715285493
1.7179-1.75530.2321530.21462780293393
1.7553-1.79610.271650.21122679284492
1.7961-1.8410.26341340.20962758289292
1.841-1.89080.2471320.20062732286491
1.8908-1.94640.21151360.1962664280091
1.9464-2.00920.19251520.19262605275789
2.0092-2.0810.23071480.18782547269586
2.081-2.16430.22351120.1872257236976
2.1643-2.26270.22711440.18142711285591
2.2627-2.3820.21871330.17582823295695
2.382-2.53110.21811660.18142827299395
2.5311-2.72640.20711410.17232791293294
2.7264-3.00050.20261320.17842812294493
3.0005-3.43410.21361430.17222746288991
3.4341-4.32410.17681180.14562422254080
4.3241-28.47170.17711590.16543026318597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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