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万見
- PDB-5pon: PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of BRD1 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5pon
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of BRD1 in complex with N10980a
要素Bromodomain-containing protein 1
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / PanDDA / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / bromodomain (ブロモドメイン) / epigenetics (エピジェネティクス) / XChemExplorer
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3-K14 acetyltransferase complex / regulation of developmental process / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of hemopoiesis / erythrocyte maturation / response to immobilization stress / response to electrical stimulus / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / histone reader activity / positive regulation of erythrocyte differentiation ...histone H3-K14 acetyltransferase complex / regulation of developmental process / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of hemopoiesis / erythrocyte maturation / response to immobilization stress / response to electrical stimulus / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / histone reader activity / positive regulation of erythrocyte differentiation / HATs acetylate histones / histone binding / perikaryon / nuclear speck / クロマチンリモデリング / 樹状突起 / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
BRPF2, ePHD domain / BRPF2, PHD domain / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain ...BRPF2, ePHD domain / BRPF2, PHD domain / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1-[4-(pyridin-2-yl)piperazin-1-yl]ethan-1-one / Bromodomain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.519 Å
データ登録者Pearce, N.M. / Krojer, T. / Talon, R. / Bradley, A.R. / Fairhead, M. / Sethi, R. / Wright, N. / MacLean, E. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. ...Pearce, N.M. / Krojer, T. / Talon, R. / Bradley, A.R. / Fairhead, M. / Sethi, R. / Wright, N. / MacLean, E. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Renjie, Z. / Dias, A. / Ng, J. / Brennan, P.E. / Cox, O. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / von Delft, F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: A multi-crystal method for extracting obscured crystallographic states from conventionally uninterpretable electron density.
著者: Pearce, N.M. / Krojer, T. / Bradley, A.R. / Collins, P. / Nowak, R.P. / Talon, R. / Marsden, B.D. / Kelm, S. / Shi, J. / Deane, C.M. / von Delft, F.
履歴
登録2017年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_deposit_group
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_deposit_group.group_title / _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.22017年10月4日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_title
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 1
B: Bromodomain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9456
ポリマ－36,4492
非ポリマー4964
水4,864270
1
A: Bromodomain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4302
ポリマ－18,2251
非ポリマー2051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5154
ポリマ－18,2251
非ポリマー2903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.505, 56.188, 101.733
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 1 / BR140-like protein / Bromodomain and PHD finger-containing protein 2


分子量: 18224.680 Da / 分子数: 2 / 変異: V23M,P34E,V37R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD1, BRL, BRPF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95696
#2: 化合物 ChemComp-8RA / 1-[4-(pyridin-2-yl)piperazin-1-yl]ethan-1-one / 1-[4-(2-ピリジニル)ピペラジノ]エタノン


分子量: 205.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N3O
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細 yes CC(N1CCN(CC1)c1ccccn1)=O None -12.93 15.27 15.27 CC(N1CCN(CC1)c1ccccn1)=O 4 - High Confidence ... yes CC(N1CCN(CC1)c1ccccn1)=O -12.93 15.27 15.27 CC(N1CCN(CC1)c1ccccn1)=O 4 - High Confidence None 0.99 21.414666666666662 1.2081390100797351 0.94799999999999995 0.074999999999999997 0.5 1.2280783905489636 -33.44 3.58 3.58 CC(N1CCN(CC1)c1ccccn1)=O 4 - High Confidence None 1.0 20.792000000000005 0.9535549129266091 0.95899999999999996 0.066000000000000003 0.29999999999999999 0.11380392494695996

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.48 % / Mosaicity: 0.1 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M bis-tris pH 7.0 -- 30% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→29.077 Å / Num. obs: 50330 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 17.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 18.8 / Num. measured all: 332604 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.52-1.566.60.8662371536190.780.3620.942.398.1
6.79-29.086.30.02241566550.9990.0090.02475.398.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.9_1682精密化
Aimless0.3.6データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5AMF

5amf


解像度: 1.519→29.077 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2179 2464 4.9 %
Rwork0.1932 47806 -
obs0.1944 50270 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.58 Å2 / Biso mean: 22.4714 Å2 / Biso min: 8.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.519→29.077 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1957 0 35 270 2262
Biso mean--20.96 29.6 -
残基数----244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062129
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9292888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004392
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.532884
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5191-1.54840.27381150.2782563267898
1.5484-1.580.29321370.27222629276699
1.58-1.61430.30591330.24926792812100
1.6143-1.65190.29841330.24982581271498
1.6519-1.69320.2711820.23342559274199
1.6932-1.73890.23421480.213126142762100
1.7389-1.79010.21391490.201726392788100
1.7901-1.84790.23981400.20182639277999
1.8479-1.91390.24741330.20482619275299
1.9139-1.99050.23851360.20712663279999
1.9905-2.08110.24641300.19742668279899
2.0811-2.19080.23331100.18972658276899
2.1908-2.3280.22831190.18942646276598
2.328-2.50760.23291430.18922646278999
2.5076-2.75980.22841160.195727302846100
2.7598-3.15870.2111500.19427212871100
3.1587-3.97810.17721390.17722720285999
3.9781-29.08190.18571510.16722832298399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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