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- PDB-5amf: Crystal structure of the bromodomain of human surface epitope eng... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5amf
タイトルCrystal structure of the bromodomain of human surface epitope engineered BRD1A in complex with 3D Consortium fragment Ethyl 4,5,6,7- tetrahydro-1H-indazole-5-carboxylate (SGC - Diamond I04-1 fragment screening)
要素BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
キーワードHISTONE-BINDING PROTEIN / BROMODOMAIN / EPIGENETIC / FRAGMENTSCREENING / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / DIAMOND I04-1
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3-K14 acetyltransferase complex / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / erythrocyte maturation / response to immobilization stress / response to electrical stimulus / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / positive regulation of erythrocyte differentiation / histone reader activity ...histone H3-K14 acetyltransferase complex / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / erythrocyte maturation / response to immobilization stress / response to electrical stimulus / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / positive regulation of erythrocyte differentiation / histone reader activity / HATs acetylate histones / perikaryon / histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
BRPF2, ePHD domain / BRPF2, PHD domain / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / domain with conserved PWWP motif ...BRPF2, ePHD domain / BRPF2, PHD domain / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TWL / Bromodomain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Pearce, N.M. / Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Talon, R. / Wright, N. / Ng, J.T. / Bradley, A. / Cox, O. / Bowkett, D. / Collins, P. ...Pearce, N.M. / Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Talon, R. / Wright, N. / Ng, J.T. / Bradley, A. / Cox, O. / Bowkett, D. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Krojer, T. / Burgess-Brown, N. / Brennan, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, E. / Bountra, C. / von Delft, F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Bromodomain of Human Surface Epitope Engineered Brd1A in Complex with 3D Consortium Fragment Ethyl 4,5,6,7-Tetrahydro-1H-Indazole-5-Carboxylate
著者: Pearce, N.M. / Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Talon, R. / Wright, N. / Ng, J.T. / Bradley, A. / Cox, O. / Bowkett, D. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Krojer, T. / ...著者: Pearce, N.M. / Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Talon, R. / Wright, N. / Ng, J.T. / Bradley, A. / Cox, O. / Bowkett, D. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Krojer, T. / Burgess-Brown, N. / Brennan, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, E. / Bountra, C. / von Delft, F.
履歴
登録2015年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
B: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7234
ポリマ－31,5062
非ポリマー2172
水4,306239
1
A: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9472
ポリマ－15,7531
非ポリマー1941
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7762
ポリマ－15,7531
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.550, 56.330, 101.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / BR140-LIKE PROTEIN / BROMODOMAIN AND PHD FINGER-CONTAINING PROTEIN 2 / BRD1A / BR140-LIKE PROTEIN


分子量: 15753.008 Da / 分子数: 2 / 断片: BROMODOMAIN AND PHD FINGER, RESIDUES 556-688 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SURFACE EPITOPE ENGINEERED P566E, V569R / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: O95696
#2: 化合物 ChemComp-TWL / ETHYL (5R)-4,5,6,7-TETRAHYDRO-1H-INDAZOLE-5-CARBOXYLATE


分子量: 194.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細ETHYL 4,5,6,7-TETRAHYDRO-1H-INDAZOLE-5-CARBOXYLATE (LIG): 3D CONSORTIUM FRAGMENT, SGC NAMES ...ETHYL 4,5,6,7-TETRAHYDRO-1H-INDAZOLE-5-CARBOXYLATE (LIG): 3D CONSORTIUM FRAGMENT, SGC NAMES N11075A, FMO3D000387A
配列の詳細EPITOPE ENGINEERED MUTATIONS P566E,V569R

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 6.2 / 詳細: 0.1M BIS-TRIS PH 7.0 , 30% PEG3350, 293 K, 12 HOURS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→49.28 Å / Num. obs: 32740 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 24.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN-HOUSE MODEL

解像度: 1.75→49.275 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2126 1616 4.9 %
Rwork0.1755 --
obs0.1774 32684 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→49.275 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1953 0 15 239 2207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192095
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6552843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.275828
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008383
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.80150.27331320.24742559X-RAY DIFFRACTION100
1.8015-1.85970.32281400.23062550X-RAY DIFFRACTION99
1.8597-1.92610.24021400.22392557X-RAY DIFFRACTION100
1.9261-2.00320.27181380.20272565X-RAY DIFFRACTION100
2.0032-2.09440.22461320.18762578X-RAY DIFFRACTION100
2.0944-2.20480.18221230.1752583X-RAY DIFFRACTION100
2.2048-2.3430.2047970.1712546X-RAY DIFFRACTION97
2.343-2.52390.19821390.17652576X-RAY DIFFRACTION100
2.5239-2.77780.24011720.1842570X-RAY DIFFRACTION100
2.7778-3.17970.20791250.17432606X-RAY DIFFRACTION99
3.1797-4.00590.2361350.16282658X-RAY DIFFRACTION100
4.0059-49.29460.16341430.15742720X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92330.4870.03761.35940.34350.16250.20080.1439-0.0798-0.0166-0.1552-0.7364-0.04340.43970.07880.17210.0542-0.05050.32630.0040.37497.3338-2.49957.6836
21.23-0.0352-0.17980.43410.02140.48370.1352-0.0471-0.06590.1359-0.0715-0.1178-0.05250.09730.00190.2176-0.0053-0.00350.21240.01360.175-3.20574.42079.5952
30.11540.1155-0.17110.0632-0.15270.3019-0.07550.2117-0.1705-0.09410.05690.28370.05910.043900.24010.00920.01290.2027-0.0190.2086-12.13132.4875-2.0721
40.04330.08350.07010.0463-0.0450.03650.0647-0.069-0.10410.1176-0.269-1.06920.7834-0.1895-0.00150.41750.0704-0.07220.29530.00870.54922.0403-15.19616.9317
50.3238-0.1216-0.46350.23350.12050.77270.0018-0.1101-0.02290.03280.11530.0453-0.0954-0.2353-00.1591-0.0296-0.0150.1907-0.01220.2071-26.992-3.578328.1
6-0.08690.7145-0.23850.7637-0.50940.96870.05040.0534-0.02-0.13730.0094-0.04340.25930.11280.00010.20780.0201-0.01360.18810.00350.1952-23.6882-4.293914.6191
70.10250.172-0.15140.3524-0.23410.13090.05470.00570.0617-0.07750.0002-0.0378-0.0526-0.03960.00010.16880.0186-0.01020.17510.00950.1871-22.9239.905610.0539
80.0798-0.01420.10130.1254-0.00120.0734-0.06840.07910.11550.2063-0.0946-0.3381-0.07070.2965-0.00050.2284-0.0327-0.03670.22960.01890.2348-16.41292.284632.0131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 22:60)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 61:107)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 108:127)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 128:144)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 22:60)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 61:107)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 108:127)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 128:144)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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