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- PDB-5oyn: Crystal structure of D-xylonate dehydratase in holo-form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oyn
タイトルCrystal structure of D-xylonate dehydratase in holo-form
要素Dehydratase, IlvD/Edd family
キーワードLYASE / D-xylonate dehydratase / IlvD/EDD enzyme / [2Fe-2S] cluster / pentonate dehydratase / hydrolyase
機能・相同性
機能・相同性情報


xylonate dehydratase / xylonate dehydratase activity / D-xylose catabolic process / gluconate dehydratase / gluconate dehydratase activity / carboxylic acid metabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase, conserved site / Dihydroxy-acid and 6-phosphogluconate dehydratases signature 1. / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase / IlvD/EDD, N-terminal domain / Dihydroxy-acid dehydratase, C-terminal / Dehydratase family
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / D-xylonate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter crescentus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rahman, M.M. / Rouvinen, J. / Hakulinen, N.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of FinlandDecisions 256937 and 263931 フィンランド
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: The crystal structure of D-xylonate dehydratase reveals functional features of enzymes from the Ilv/ED dehydratase family.
著者: Rahman, M.M. / Andberg, M. / Koivula, A. / Rouvinen, J. / Hakulinen, N.
履歴
登録2017年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehydratase, IlvD/Edd family
B: Dehydratase, IlvD/Edd family
C: Dehydratase, IlvD/Edd family
D: Dehydratase, IlvD/Edd family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,69712
ポリマ－261,8964
非ポリマー8018
水5,837324
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26040 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area65850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)270.420, 236.130, 65.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Dehydratase, IlvD/Edd family


分子量: 65474.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (strain ATCC 19089 / CB15) (バクテリア)
株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_0819 / プラスミド: pBAT-4 / 詳細 (発現宿主): expression vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A9Z2
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: 3D plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.8 M sodium formate pH 7.0, 0.1 M TES pH 7.0, 5 mM magnesium formate, 4% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→59.69 Å / Num. obs: 114638 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 63 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.66→2.73 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 17945 / CC1/2: 0.751 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.7→29.935 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2175 5510 5 %
Rwork0.1769 --
obs0.179 110181 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17992 0 20 324 18336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00718429
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94224990
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.3511070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522766
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063320
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6999-2.73050.38651820.34973452X-RAY DIFFRACTION100
2.7305-2.76260.39271830.34083496X-RAY DIFFRACTION100
2.7626-2.79630.36371810.30253442X-RAY DIFFRACTION100
2.7963-2.83170.32721860.27623542X-RAY DIFFRACTION100
2.8317-2.86890.2991820.25783450X-RAY DIFFRACTION100
2.8689-2.90820.31641840.24743477X-RAY DIFFRACTION100
2.9082-2.94970.29511860.24683539X-RAY DIFFRACTION100
2.9497-2.99370.28441820.25283468X-RAY DIFFRACTION100
2.9937-3.04040.33571830.2413478X-RAY DIFFRACTION100
3.0404-3.09020.30321860.24673520X-RAY DIFFRACTION100
3.0902-3.14340.31791820.24793457X-RAY DIFFRACTION100
3.1434-3.20050.32521830.24283486X-RAY DIFFRACTION100
3.2005-3.2620.26541860.22723533X-RAY DIFFRACTION100
3.262-3.32850.31291820.22493447X-RAY DIFFRACTION100
3.3285-3.40080.26561840.22433505X-RAY DIFFRACTION100
3.4008-3.47980.26041820.20493446X-RAY DIFFRACTION100
3.4798-3.56670.24031850.18963517X-RAY DIFFRACTION100
3.5667-3.66290.22741840.17953500X-RAY DIFFRACTION100
3.6629-3.77050.22871820.17973463X-RAY DIFFRACTION99
3.7705-3.8920.2081820.16193453X-RAY DIFFRACTION99
3.892-4.03080.19881860.15593532X-RAY DIFFRACTION100
4.0308-4.19170.17721820.14883467X-RAY DIFFRACTION99
4.1917-4.3820.17851850.14893509X-RAY DIFFRACTION100
4.382-4.61220.1741840.13283487X-RAY DIFFRACTION100
4.6122-4.90.16111830.13813476X-RAY DIFFRACTION99
4.9-5.27640.16891840.1443514X-RAY DIFFRACTION100
5.2764-5.80390.19621840.15143493X-RAY DIFFRACTION99
5.8039-6.63580.20031840.15533498X-RAY DIFFRACTION99
6.6358-8.33050.17111850.14443499X-RAY DIFFRACTION99
8.3305-29.9370.16851860.14733525X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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