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万見
- PDB-5owu: Kap95:Nup1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5owu
タイトルKap95:Nup1 complex
要素
  • Importin subunit beta-1
  • Nucleoporin NUP1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / nuclear transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / regulation of protein desumoylation / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / import into nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response ...Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / regulation of protein desumoylation / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / import into nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding / NLS-dependent protein nuclear import complex / SUMOylation of RNA binding proteins / structural constituent of nuclear pore / protein targeting to membrane / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / nuclear import signal receptor activity / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / nuclear pore / Neutrophil degranulation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small GTPase binding / protein import into nucleus / disordered domain specific binding / nuclear envelope / nuclear membrane / protein-containing complex binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore complex protein / Importin beta family / HEAT repeat / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 ...Nuclear pore complex protein / Importin beta family / HEAT repeat / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP1 / Importin subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stewart, M.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for the high-affinity binding of nucleoporin Nup1p to the Saccharomyces cerevisiae importin-beta homologue, Kap95p.
著者: Liu, S.M. / Stewart, M.
履歴
登録2017年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2017年10月25日ID: 2BPT
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit beta-1
B: Nucleoporin NUP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,5572
ポリマ－208,5572
非ポリマー00
水12,502694
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SDS-PAGE showed equimolar quantities of both proteins after gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area39660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.372, 126.534, 69.649
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit beta-1 / Importin-95 / Karyopherin subunit beta-1 / Karyopherin-95


分子量: 94843.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: KAP95, YLR347C, L8300.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06142
#2: タンパク質 Nucleoporin NUP1 / Nuclear pore protein NUP1


分子量: 113713.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUP1, YOR098C, YOR3182C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20676
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 5 mg/ml protein in 5 mM Tris-HCl, pH 7.4 equilibrated against 90 mM (NH4)2SO4, 50 mM Na Cacodylate, pH 6.5, 13% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.723 Å / Num. all: 600763 / Num. obs: 66945 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 81491 / Num. unique obs: 9691 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→28.723 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2193 3354 5.07 %
Rwork0.1733 --
obs0.1756 66164 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.723 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6860 0 0 694 7554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057081
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6439651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6224353
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041266
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02860.31461550.26142603X-RAY DIFFRACTION99
2.0286-2.05890.25681440.23952632X-RAY DIFFRACTION100
2.0589-2.0910.25941390.21592650X-RAY DIFFRACTION100
2.091-2.12530.28911370.21172651X-RAY DIFFRACTION100
2.1253-2.16190.22011430.20312640X-RAY DIFFRACTION100
2.1619-2.20120.24741260.19512615X-RAY DIFFRACTION100
2.2012-2.24350.26291490.19082681X-RAY DIFFRACTION100
2.2435-2.28930.25881500.18312620X-RAY DIFFRACTION100
2.2893-2.33910.22741210.17972671X-RAY DIFFRACTION100
2.3391-2.39350.2451430.17472640X-RAY DIFFRACTION100
2.3935-2.45330.21841300.17122619X-RAY DIFFRACTION100
2.4533-2.51960.2091440.17412659X-RAY DIFFRACTION100
2.5196-2.59370.26521410.1682626X-RAY DIFFRACTION100
2.5937-2.67730.22821500.172663X-RAY DIFFRACTION100
2.6773-2.7730.22241600.17572631X-RAY DIFFRACTION100
2.773-2.88390.19031240.16812648X-RAY DIFFRACTION100
2.8839-3.0150.21161320.17752655X-RAY DIFFRACTION100
3.015-3.17380.25441340.17922645X-RAY DIFFRACTION100
3.1738-3.37230.19891460.17682613X-RAY DIFFRACTION99
3.3723-3.63220.23931630.17272604X-RAY DIFFRACTION98
3.6322-3.99690.19411440.15862572X-RAY DIFFRACTION97
3.9969-4.57320.17161280.14572526X-RAY DIFFRACTION94
4.5732-5.75420.19071320.15482600X-RAY DIFFRACTION97
5.7542-28.7260.21881190.17782346X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.79410.1566-0.44251.0453-0.36520.9968-0.15160.0429-0.03610.0150.0095-0.01920.12020.0527-00.163-0.0136-0.01650.22260.01760.193162.5907-41.595235.4756
20.4422-0.07020.12420.4345-0.9481.2051-0.01590.0403-0.06140.1598-0.03950.0848-0.23770.0594-0.00020.36070.0078-0.03940.2505-0.01240.244454.5994-12.735119.4464
30.1979-0.0608-0.02720.81770.04570.2476-0.0303-0.0161-0.0453-0.04020.0139-0.031-0.0254-0.034700.17450.00290.01450.2050.00410.202648.1707-26.7087-14.1744
40.71310.0355-0.85141.12440.03721.15890.05330.00110.05810.0561-0.0622-0.0444-0.1993-0.0132-00.2338-0.0437-0.03760.26350.01370.258827.1406-46.20566.7847
50.0115-0.0025-0.00410.0898-0.0008-0.01090.4606-0.23490.05720.5549-0.2160.21730.0235-0.2719-00.5133-0.0164-0.02850.30870.01580.300651.2521.527422.9854
60.0963-0.02040.00820.1037-0.03980.01770.25640.02620.4334-0.1517-0.0724-0.2792-0.0723-0.0115-0.00151.1366-0.08250.02010.4477-0.06860.433362.4975-7.205140.4658
70.00660.0018-0.00270.00010.00280.0018-0.01520.11450.07330.07430.14960.1625-0.0596-0.0026-00.66230.0658-0.00790.43240.00850.40352.8302-11.215942.353
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 173 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 174 through 346 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 347 through 614 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 615 through 861 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 974 through 988 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 999 through 1006 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1007 through 1012 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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