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- PDB-5owp: Crystal structure of glycopeptide "GVTSAfPDT*RPAP" in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5owp
タイトルCrystal structure of glycopeptide "GVTSAfPDT*RPAP" in complex with scFv-SM3
要素
  • 5,6-DIHYDRO-BENZO[H]CINNOLIN-3-YLAMINE
  • Ig heavy chain V-III region J606,Ig lambda-1 chain V region H2020
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / adaptive immune response / immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Ig lambda-1 chain V region H2020 / Ig heavy chain V-III region J606
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Bermejo, I.A. / Albuquerque, I.S. / Somovilla, V.J. / Martinez-Saez, N. / Castro-Lopez, J. / Garcia-Martin, F. / Hinou, H. / Nishimura, S. / Jimenez-Barbero, J. / Asensio, J.L. ...Bermejo, I.A. / Albuquerque, I.S. / Somovilla, V.J. / Martinez-Saez, N. / Castro-Lopez, J. / Garcia-Martin, F. / Hinou, H. / Nishimura, S. / Jimenez-Barbero, J. / Asensio, J.L. / Avenoza, A. / Busto, J.H. / Hurtado-Guerrero, R. / Peregrina, J.M. / Bernardes, G.J. / Corzana, F.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: The Use of Fluoroproline in MUC1 Antigen Enables Efficient Detection of Antibodies in Patients with Prostate Cancer.
著者: Somovilla, V.J. / Bermejo, I.A. / Albuquerque, I.S. / Martinez-Saez, N. / Castro-Lopez, J. / Garcia-Martin, F. / Companon, I. / Hinou, H. / Nishimura, S.I. / Jimenez-Barbero, J. / Asensio, J. ...著者: Somovilla, V.J. / Bermejo, I.A. / Albuquerque, I.S. / Martinez-Saez, N. / Castro-Lopez, J. / Garcia-Martin, F. / Companon, I. / Hinou, H. / Nishimura, S.I. / Jimenez-Barbero, J. / Asensio, J.L. / Avenoza, A. / Busto, J.H. / Hurtado-Guerrero, R. / Peregrina, J.M. / Bernardes, G.J.L. / Corzana, F.
履歴
登録2017年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Ig heavy chain V-III region J606,Ig lambda-1 chain V region H2020
D: 5,6-DIHYDRO-BENZO[H]CINNOLIN-3-YLAMINE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9996
ポリマ－26,5912
非ポリマー4074
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area10470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.399, 68.151, 90.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Ig heavy chain V-III region J606,Ig lambda-1 chain V region H2020


分子量: 25758.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P01801, UniProt: P01726
#2: タンパク質・ペプチド 5,6-DIHYDRO-BENZO[H]CINNOLIN-3-YLAMINE


分子量: 832.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, disodium hydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→90.36 Å / Num. obs: 19335 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.685 / Rpim(I) all: 0.394 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A2K

5a2k


解像度: 1.85→90.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 9.488 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25614 561 2.9 %RANDOM
Rwork0.19428 ---
obs0.19599 18727 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.899 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.58 Å20 Å20 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3----2.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→90.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1777 0 26 143 1946
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.021842
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8541.9632499
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2293.0123844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4585223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.81224.13375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.22815268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.794158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212082
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5072.204904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5022.204904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4173.2831123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4183.2891124
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7912.687938
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.792.688938
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8083.9111377
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.0628.5582050
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.05928.5992051
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 41 -
Rwork0.316 1344 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.1062 Å / Origin y: 1.5354 Å / Origin z: 12.8662 Å
111213212223313233
T0.2534 Å20.0015 Å2-0.0021 Å2-0.04 Å2-0.0112 Å2--0.0124 Å2
L0.1868 °2-0.1454 °20.0098 °2-0.6402 °20.5192 °2--0.5909 °2
S0.0342 Å °-0.0204 Å °-0.0053 Å °-0.0167 Å °0.0207 Å °-0.0643 Å °-0.0523 Å °-0.0411 Å °-0.0549 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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