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万見
- PDB-5ow4: Crystal structure of a protease-resistant fragment of the Trypano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ow4
タイトルCrystal structure of a protease-resistant fragment of the Trypanosoma cruzi gamete fusion protein HAP2 ectodomain
要素Uncharacterized protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Gamete fusion protein / class II fold / HAP2 / Membrane fusion
機能・相同性Generative cell specific-1/HAP2 domain / Male gamete fusion factor / HAP2/GCS1 / single fertilization / lipid binding / plasma membrane / Generative cell specific-1/HAP2 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fedry, J. / Rey, F.A. / Krey, T.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research Council340371 (CelCelFus) フランス
引用ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2018
タイトル: Evolutionary diversification of the HAP2 membrane insertion motifs to drive gamete fusion across eukaryotes.
著者: Fedry, J. / Forcina, J. / Legrand, P. / Pehau-Arnaudet, G. / Haouz, A. / Johnson, M. / Rey, F.A. / Krey, T.
履歴
登録2017年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5541
ポリマ－64,5541
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.090, 150.090, 123.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 64553.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ)
遺伝子: Tc00.1047053509105.4 / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q4DKJ2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 100mM CHES pH9.0 200mM NaCl 10%w/v PEG 8K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 15453 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 116.25 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.201 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2389 / CC1/2: 0.41 / Rrim(I) all: 2.493 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MF1

5mf1


解像度: 3.1→49.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8853 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8521 / SU R Cruickshank DPI: 0.346 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.349 / SU Rfree Blow DPI: 0.277 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.278
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 780 5.06 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.2344 15430 99.95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 84.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6134 Å20 Å20 Å2
2---2.6134 Å20 Å2
3---5.2269 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.659 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→49.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1855 0 0 2 1857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081903HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.992569HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d650SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes37HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes283HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1903HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion229SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2051SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3092 144 5.3 %
Rwork0.2749 2574 -
all0.2767 2718 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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