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- PDB-5ovz: High resolution structure of the PBP NocT in complex with nopaline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ovz
タイトルHigh resolution structure of the PBP NocT in complex with nopaline
要素Nopaline-binding periplasmic protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated monoatomic ion channel activity / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Specific amino acids and opine-binding periplasmic protein, ABC transporter / Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 ...Specific amino acids and opine-binding periplasmic protein, ABC transporter / Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2W2 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Nopaline-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Vigouroux, A. / Morera, S.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Agrobacterium uses a unique ligand-binding mode for trapping opines and acquiring a competitive advantage in the niche construction on plant host.
著者: Lang, J. / Vigouroux, A. / Planamente, S. / El Sahili, A. / Blin, P. / Aumont-Nicaise, M. / Dessaux, Y. / Morera, S. / Faure, D.
履歴
登録2017年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2018年10月10日ID: 4POX
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nopaline-binding periplasmic protein
B: Nopaline-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,87319
ポリマ－58,5192
非ポリマー1,35417
水5,188288
1
A: Nopaline-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,11612
ポリマ－29,2601
非ポリマー85711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nopaline-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7577
ポリマ－29,2601
非ポリマー4976
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.260, 114.260, 37.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nopaline-binding periplasmic protein / PBP NocT


分子量: 29259.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Agrobacterium (バクテリア) / 遺伝子: nocT, Atu6027, AGR_pTi_67 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold pLysS AG / 参照: UniProt: P35120

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非ポリマー , 5種, 305分子

#2: 化合物 ChemComp-2W2 / N-[(1S)-4-carbamimidamido-1-carboxybutyl]-D-glutamic acid / Nopaline / ノパリン


分子量: 304.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H20N4O6
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% P4000/ 0.1 M Tris pH 8/ 0.1 M LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 55776 / Num. obs: 224742 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 33.71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 14.18
反射 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. measured obs: 35655 / Num. unique all: 8999 / CC1/2: 0.57 / Rsym value: 0.837 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4POX

4pox
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.75→37.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / Rfactor Rfree error: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Blow DPI: 0.091 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.092
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 2789 5 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.173 55773 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.702 Å20 Å20 Å2
2---0.702 Å20 Å2
3---1.404 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→37.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3962 0 87 288 4337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014110HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg15525HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1441SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes101HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes585HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4110HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.29
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.34
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion547SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5066SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 207 5 %
Rwork0.234 3932 -
all0.235 4139 -
obs--99.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0261-0.2246-0.52281.23060.44521.1865-0.02790.02580.0533-0.01280.0977-0.19750.00930.1328-0.0698-0.0812-0.0367-0.017-0.0672-0.0045-0.0726-40.9557-18.768410.0767
21.90560.2047-0.20261.9758-0.28091.42380.06390.1404-0.0526-0.0509-0.0985-0.1741-0.1358-0.20590.0345-0.0276-0.10760.009-0.13440.0585-0.177-29.249814.4562-1.3112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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