PDB-5ovt: Thiobacillus denitrificans BPH in complex with Epoxomicin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ovt

タイトル

Thiobacillus denitrificans BPH in complex with Epoxomicin

要素

BPH
Epoxomicin

キーワード

HYDROLASE / Protein Degradation / beta-proteobacteria proteasome homologue / covalent proteasome inhibitor

機能・相同性

Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / PHOSPHATE ION / BPH

機能・相同性情報

生物種

Thiobacillus denitrificans (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Fuchs, A.C.D. / Albrecht, R. / Martin, J. / Hartmann, M.D.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural characterization of the bacterial proteasome homolog BPH reveals a tetradecameric double-ring complex with unique inner cavity properties.
著者: Fuchs, A.C.D. / Maldoner, L. / Hipp, K. / Hartmann, M.D. / Martin, J.

履歴

登録	2017年8月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 3.0	2024年3月6日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ovt.cif.gz	501.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ovt.ent.gz	418 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ovt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ovt_validation.pdf.gz	518.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ovt_full_validation.pdf.gz	540.6 KB	表示
XML形式データ	5ovt_validation.xml.gz	47.9 KB	表示
CIF形式データ	5ovt_validation.cif.gz	65.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/5ovt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/5ovt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ovsC 5ovuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ovs-d 5y9n-1 5y9n-2 3wsh-4 3wse-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BPH

B: BPH

C: BPH

D: BPH

E: BPH

F: BPH

G: BPH

a: Epoxomicin

b: Epoxomicin

c: Epoxomicin

d: Epoxomicin

e: Epoxomicin

f: Epoxomicin

g: Epoxomicin

ヘテロ分子

159 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BPH

B: BPH

C: BPH

D: BPH

E: BPH

F: BPH

G: BPH

a: Epoxomicin

b: Epoxomicin

c: Epoxomicin

d: Epoxomicin

e: Epoxomicin

f: Epoxomicin

g: Epoxomicin

ヘテロ分子

A: BPH

B: BPH

C: BPH

D: BPH

E: BPH

F: BPH

G: BPH

a: Epoxomicin

b: Epoxomicin

c: Epoxomicin

d: Epoxomicin

e: Epoxomicin

f: Epoxomicin

g: Epoxomicin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
318 kDa, 28 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	196.820, 196.820, 296.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 190 / Label seq-ID: 1 - 190

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	BPH 分子量: 22065.072 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thiobacillus denitrificans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R2JFN0*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド	Epoxomicin 分子量: 542.752 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: covalent proteasome inhibitor / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	NCBI Reference Sequence: WP_018076511.1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.9 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.8, 1.2 M sodium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→39.2 Å / Num. obs: 71632 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 57.1 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.439 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.95→3.12 Å / 冗長度: 57.6 % / R_merge(I) obs: 1.98 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Num. unique obs: 10916 / CC_1/2: 0.878 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.95→39.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 17.559 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.22 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1886	3609	5 %	RANDOM
R_work	0.17242	-	-	-
obs	0.17323	68023	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.589 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	-0.17 Å²	0 Å²
2-	-	-0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.95→39.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10073	0	35	79	10187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	10416
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	9877
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.111	1.972	14084
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.173	3	22589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.595	5	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.89	22.903	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.661	15	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.403	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	11620
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.738	2.663	5236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.738	2.662	5235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.871	3.918	6482
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.871	3.919	6483
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.214	3.158	5179
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.073	3.132	5152
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.414	4.56	7561
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.538	21.919	11180
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.539	21.923	11181
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11125	0.01
1	2	B	11125	0.01
2	1	A	11084	0.03
2	2	C	11084	0.03
3	1	A	11123	0.01
3	2	D	11123	0.01
4	1	A	11080	0.02
4	2	E	11080	0.02
5	1	A	11123	0.01
5	2	F	11123	0.01
6	1	A	11075	0.03
6	2	G	11075	0.03
7	1	B	11094	0.03
7	2	C	11094	0.03
8	1	B	11127	0.01
8	2	D	11127	0.01
9	1	B	11091	0.02
9	2	E	11091	0.02
10	1	B	11129	0.01
10	2	F	11129	0.01
11	1	B	11082	0.03
11	2	G	11082	0.03
12	1	C	11088	0.03
12	2	D	11088	0.03
13	1	C	11073	0.03
13	2	E	11073	0.03
14	1	C	11084	0.03
14	2	F	11084	0.03
15	1	C	11098	0.02
15	2	G	11098	0.02
16	1	D	11090	0.02
16	2	E	11090	0.02
17	1	D	11123	0.01
17	2	F	11123	0.01
18	1	D	11078	0.03
18	2	G	11078	0.03
19	1	E	11081	0.02
19	2	F	11081	0.02
20	1	E	11051	0.03
20	2	G	11051	0.03
21	1	F	11072	0.03
21	2	G	11072	0.03

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	258	-
R_work	0.316	4945	-
obs	-	-	99.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6813	0.2808	0.1611	0.6461	-0.1833	0.4802	-0.0217	0.1496	-0.2128	0.0125	0.0216	-0.074	0.0158	0.0394	0.0001	0.0462	-0.0272	0.0667	0.1744	-0.1482	0.1874	-16.8615	69.2212	-1.4342
2	0.7809	0.0469	-0.1765	0.2634	-0.1013	0.6348	-0.0265	0.0877	-0.1561	0.0308	-0.0584	0.0298	0.074	-0.0066	0.0849	0.0927	-0.0695	0.0387	0.0855	-0.0962	0.217	-43.0232	61.8936	14.0591
3	0.5729	-0.1032	0.0758	0.3753	-0.0449	0.7269	0.0465	-0.0058	-0.0886	0.1027	-0.0934	0.0496	0.0475	0.008	0.047	0.1405	-0.1057	0.0671	0.1038	-0.0078	0.1619	-51.9556	71.1336	42.6291
4	0.8073	0.0017	0.2333	0.631	0.2756	0.2657	0.0853	-0.1341	-0.0841	0.1622	-0.0987	0.05	0.0517	0.0277	0.0134	0.1875	-0.1327	0.0478	0.197	0.015	0.0427	-37.2367	89.8187	62.9272
5	0.7092	0.0343	-0.1001	0.7589	0.0305	0.1917	0.0888	-0.147	-0.0393	0.106	-0.07	-0.0134	0.0003	0.1142	-0.0188	0.1529	-0.1101	-0.0303	0.2349	-0.0215	0.0224	-9.627	103.9977	59.3807
6	0.2802	-0.0606	-0.34	0.6705	0.0188	0.757	0.0418	-0.0248	-0.0703	0.0888	-0.0407	-0.0702	-0.0415	0.1586	-0.0011	0.0345	-0.0477	-0.0382	0.2411	-0.0434	0.1282	9.9759	103.0262	35.0279
7	0.3841	0.1479	-0.0274	0.7356	-0.0219	0.5409	-0.0299	0.0692	-0.128	0.0294	0.0169	-0.094	-0.0118	0.0519	0.013	0.0192	-0.0141	0.0464	0.2361	-0.0875	0.1647	6.6491	87.6119	8.0158

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 190
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 190
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 190
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 190
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 190
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 190
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 190

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)