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- PDB-5ouz: Metal free structure of Y40F SynFtn -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ouz
タイトルMetal free structure of Y40F SynFtn
要素Ferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Ferritin
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial non-heme ferritin / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Synechococcus sp. CC9311 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.081 Å
データ登録者Hemmings, A.M. / Bradley, J.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/IO21884/1 英国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Reaction of O2with a diiron protein generates a mixed-valent Fe2+/Fe3+center and peroxide.
著者: Bradley, J.M. / Svistunenko, D.A. / Pullin, J. / Hill, N. / Stuart, R.K. / Palenik, B. / Wilson, M.T. / Hemmings, A.M. / Moore, G.R. / Le Brun, N.E.
履歴
登録2017年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年2月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2161
ポリマ－20,2161
非ポリマー00
水2,504139
1
A: Ferritin
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)485,19324
ポリマ－485,19324
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_655-x+1,z,y1
crystal symmetry operation19_655-x+1,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation57_554y+1/2,z,x-1/21
crystal symmetry operation58_555-y+1/2,z,-x+1/21
crystal symmetry operation59_555y+1/2,-z,-x+1/21
crystal symmetry operation60_554-y+1/2,-z,x-1/21
crystal symmetry operation69_555z+1/2,y,-x+1/21
crystal symmetry operation70_554z+1/2,-y,x-1/21
crystal symmetry operation71_554-z+1/2,y,x-1/21
crystal symmetry operation72_555-z+1/2,-y,-x+1/21
crystal symmetry operation77_545z+1/2,x-1/2,y1
crystal symmetry operation78_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation79_555-z+1/2,-x+1/2,y1
crystal symmetry operation80_545-z+1/2,x-1/2,-y1
crystal symmetry operation85_545y+1/2,x-1/2,-z1
crystal symmetry operation86_555-y+1/2,-x+1/2,-z1
crystal symmetry operation87_555y+1/2,-x+1/2,z1
crystal symmetry operation88_545-y+1/2,x-1/2,z1
Buried area90640 Å2
ΔGint-348 kcal/mol
Surface area134120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.920, 176.920, 176.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-298-

HOH

21A-336-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ferritin


分子量: 20216.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus sp. CC9311 (バクテリア)
株: CC9311 / 遺伝子: sync_1539 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0I9X8, bacterial non-heme ferritin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium acetate 2.0 M sodium chloride pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→53.34 Å / Num. obs: 14805 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 56.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 46.9
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.658 / CC1/2: 0.985 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.664

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EUM

1eum


解像度: 2.081→53.34 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2045 752 5.08 %
Rwork0.1538 --
obs0.1563 14801 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.081→53.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1392 0 0 139 1531
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051417
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6611923
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.75852
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004257
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0811-2.24180.24191340.13342731X-RAY DIFFRACTION100
2.2418-2.46740.19151470.13072754X-RAY DIFFRACTION100
2.4674-2.82440.21631480.14672760X-RAY DIFFRACTION100
2.8244-3.55840.21161560.15752815X-RAY DIFFRACTION100
3.5584-53.36090.19481670.16192989X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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