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- PDB-5oug: Humanized alpha-AChBP (acetylcholine binding protein) in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oug
タイトルHumanized alpha-AChBP (acetylcholine binding protein) in complex with lobeline and allosteric binder fragment 4.
要素Humanized alpha-AChBP
キーワードCHOLINE-BINDING PROTEIN / acetylcholine binding protein / nicotinic acetylcholine receptor
機能・相同性Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta / Chem-9Z0 / Alpha-Lobeline
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Delbart, F. / Gruss, F. / Ulens, C.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
KU LeuvenC32/16/035 ベルギー
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: An allosteric binding site of the alpha 7 nicotinic acetylcholine receptor revealed in a humanized acetylcholine-binding protein.
著者: Delbart, F. / Brams, M. / Gruss, F. / Noppen, S. / Peigneur, S. / Boland, S. / Chaltin, P. / Brandao-Neto, J. / von Delft, F. / Touw, W.G. / Joosten, R.P. / Liekens, S. / Tytgat, J. / Ulens, C.
履歴
登録2017年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Humanized alpha-AChBP
B: Humanized alpha-AChBP
C: Humanized alpha-AChBP
D: Humanized alpha-AChBP
E: Humanized alpha-AChBP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,19826
ポリマ－119,2405
非ポリマー7,95821
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16880 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area46820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.673, 119.806, 84.543
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A0 - 204
2010B0 - 204
1020A0 - 204
2020C0 - 204
1030A0 - 204
2030D0 - 204
1040A0 - 204
2040E0 - 204
1050B0 - 204
2050C0 - 204
1060B0 - 204
2060D0 - 204
1070B0 - 204
2070E0 - 204
1080C0 - 204
2080D0 - 204
1090C0 - 204
2090E0 - 204
10100D0 - 204
20100E0 - 204

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

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要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Humanized alpha-AChBP / Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7


分子量: 23848.084 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRNA7, NACHRA7
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
Variant (発現宿主): RZ-2014

-
糖 , 3種, 5分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 106分子

#5: 化合物
ChemComp-L0B / Alpha-Lobeline / ロベリン / ロベリン


分子量: 337.455 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C22H27NO2 / コメント: alkaloid*YM
#6: 化合物
ChemComp-9Z0 / 4,5-dibromo-N-(3-hydroxypropyl)-1H-pyrrole-2-carboxamide


分子量: 325.985 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H10Br2N2O2
#7: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 8% ethylene glycol and 10% PEG8000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.91983 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91983 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→81.61 Å / Num. obs: 41656 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rpim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.57→2.67 Å / Rpim(I) all: 1.35

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
SCALAデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.57→80.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 28.163 / SU ML: 0.269 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.87 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 2109 5.1 %RANDOM
Rwork0.2145 ---
obs0.2158 39521 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 246.67 Å2 / Biso mean: 75.542 Å2 / Biso min: 39.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å2-0 Å20.31 Å2
2---1.79 Å20 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.57→80.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8396 0 464 90 8950
Biso mean--99.87 58.63 -
残基数----1025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0199114
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5951.97212408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9742.9619153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.41151020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.44223.632424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.571151483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9491555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021880
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A129680.05
12B129680.05
21A130140.05
22C130140.05
31A129180.06
32D129180.06
41A129320.06
42E129320.06
51B129820.05
52C129820.05
61B128980.06
62D128980.06
71B130400.05
72E130400.05
81C129140.06
82D129140.06
91C129100.07
92E129100.07
101D129780.06
102E129780.06
LS精密化 シェル解像度: 2.567→2.634 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 142 -
Rwork0.358 2845 -
all-2987 -
obs--97.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9992-0.54511.24222.22930.12142.60440.08750.58690.1139-0.5353-0.0237-0.0205-0.15530.1286-0.06380.27850.03240.11070.07650.0360.078826.4757.348-2.801
25.25490.01052.15332.52140.43712.85080.17660.3337-0.2566-0.1932-0.08880.03180.29940.0523-0.08770.27220.03810.07050.0539-0.03280.071825.561-18.3065.507
35.07461.59351.70422.280.60383.20640.1295-0.234-0.59710.3815-0.13390.10550.4387-0.15150.00440.3382-0.05010.10950.01720.00840.140717.643-18.41931.253
44.19040.0601-0.28443.36380.37462.05520.0439-0.38990.03920.6767-0.00130.3257-0.06-0.2313-0.04270.3588-0.04580.15560.1017-0.02380.071413.6327.02139.079
54.95070.01240.41272.2189-0.16452.8210.0328-0.1640.65620.0860.01450.1334-0.4976-0.2704-0.04720.30320.03850.15410.0293-0.01630.175518.99822.99617.98
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 204
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 204
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 204
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 204
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 204

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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