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- PDB-5oow: Crystal structure of lobe II from the nucleotide binding domain o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oow
タイトルCrystal structure of lobe II from the nucleotide binding domain of DnaK in complex with AMPPCP
要素Chaperone protein DnaK
キーワードCHAPERONE / Hsp70 / nucleotide binding domain / NBD / sugar kinase family
機能・相同性
機能・相同性情報


stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / : / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / inclusion body / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding ...stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / : / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / inclusion body / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / protein-containing complex assembly / DNA replication / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chaperone DnaK / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Chaperone protein DnaK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Bauer, D. / Meinhold, S. / Stigler, J. / Merkel, U. / Maier, T. / Rief, M. / Zoldak, G.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: A folding nucleus and minimal ATP binding domain of Hsp70 identified by single-molecule force spectroscopy.
著者: Bauer, D. / Meinhold, S. / Jakob, R.P. / Stigler, J. / Merkel, U. / Maier, T. / Rief, M. / Zoldak, G.
履歴
登録2017年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein DnaK
B: Chaperone protein DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9274
ポリマ－44,9172
非ポリマー1,0102
水2,648147
1
A: Chaperone protein DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9642
ポリマ－22,4581
非ポリマー5051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chaperone protein DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9642
ポリマ－22,4581
非ポリマー5051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.857, 64.203, 74.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chaperone protein DnaK / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70


分子量: 22458.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: dnaK, groP, grpF, seg, b0014, JW0013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Y8
#2: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 25% PEG1500, 0.1 M MIB buffer pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→54.74 Å / Num. obs: 11517 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 69.16 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.255 / Rpim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.966 / Num. unique obs: 1846 / CC1/2: 0.73 / Rpim(I) all: 0.597 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JN4

4jn4


解像度: 2.9→54.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.374
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 550 4.78 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 11517 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.2044 Å20 Å27.4303 Å2
2--20.3304 Å20 Å2
3----2.126 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→54.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2820 0 62 147 3029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0075903HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.910713HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1389SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes97HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes887HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5903HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.53
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.03
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion403SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6342SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.18 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2903 122 4.47 %
Rwork0.2334 2608 -
all0.2359 2730 -
obs--99.31 %
精密化 TLS

T22: -0.304 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6437-0.1443-0.43411.76611.94245.2971-0.07690.00980.0947-0.04670.02440.1317-0.033-0.11890.0525-0.00390.0069-0.03130.032-0.2685-16.0532-10.4538-10.6943
23.1651.32181.83232.13371.32821.8759-0.04970.04940.08240.09690.03220.06640.11650.03760.01750.09550.01530.02010.0467-0.3608-17.9464-41.8999-15.2216
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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