+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oou | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPin) YTRL-1 selected by directed evolution against Lysozyme | ||||||
![]() | DARPin YTRL-1 | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / DARPin / directed evolution / designed protein | ||||||
機能・相同性 | Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fischer, G. / Hogan, B.J. / Houlihan, G. / Edmond, S. / Huovinen, T.T.K. / Hollfelder, F. / Hyvonen, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPin) YTRL-1 selected by directed evolution against Lysozyme 著者: Fischer, G. / Hyvonen, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 31.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 412.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 413.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5oosS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18108.312 Da / 分子数: 1 / 断片: DARPin / 変異: YTRL-1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.96 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.5M AmSO4, 0.1M Tris pH=8.5, 12% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.104→65.557 Å / Num. obs: 18216 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.9 % / Biso Wilson estimate: 52.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 16.5 / Num. measured all: 343934 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5OOS 解像度: 2.104→44.817 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.8 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 163.71 Å2 / Biso mean: 63.404 Å2 / Biso min: 37.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.104→44.817 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %
|