PDB-5oos: Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPin) YTRL-2 selected by direc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oos

タイトル

Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPin) YTRL-2 selected by directed evolution against Lysozyme

要素

DARPin YTRL-2

キーワード

DE NOVO PROTEIN / DARPin / directed evolution / designed protein

機能・相同性

Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Hogan, B.J. / Fischer, G. / Houlihan, G. / Edmond, S. / Huovinen, T.T.K. / Hollfelder, F. / Hyvonen, M.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPin) YTRL-2 selected by directed evolution against Lysozyme
著者: Fischer, G.

履歴

登録	2017年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oos.cif.gz	45.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oos.ent.gz	31.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oos.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5oos_validation.pdf.gz	700.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5oos_full_validation.pdf.gz	701.5 KB	表示
XML形式データ	5oos_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	5oos_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/5oos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/5oos	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4j7w-2 5oou-d 5gik-d 4ydw-1 3zu7-3 2xee-1 4ydw-2 6fpb-d 6hq0-d 4zfh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (2) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DARPin YTRL-2

ヘテロ分子

18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.487, 102.487, 96.714
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-376- HOH
2	1	A-377- HOH

#1: タンパク質	DARPin YTRL-2 分子量: 18161.377 Da / 分子数: 1 / 断片: DARPin / 変異: YTRL-2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 30% PEG3000, 0.1M Tris pH=7, 0.2M NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.259→65.393 Å / Num. obs: 14609 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 52.3 % / B_iso Wilson estimate: 66.59 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 33.4 / Num. measured all: 764056

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
2.259-2.267	53.4	3.146	0.674	0.431	3.176
10.472-65.393	36.1	0.024	1	0.004	0.024

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.23	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.26→65.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU R Cruickshank DPI: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.176 / SU R_free Blow DPI: 0.158 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.153

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	751	5.15 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.198	14591	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 144.34 Å² / B_iso mean: 66.45 Å² / B_iso min: 36.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.6412 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.6412 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.2824 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.26→65.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1205	0	23	78	1306
B_iso mean	-	-	103.27	70.86	-
残基数	-	-	-	-	161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	451	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	40	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	181	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	1253	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	159	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1449	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	1253	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1693	HARMONIC	2	1.08
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.64
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				19.18

LS精密化シェル

解像度: 2.26→2.44 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2476	169	5.74 %
R_work	0.2202	2773	-
all	0.2218	2942	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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