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万見
- PDB-5ooo: Structure of the Rift Valley fever virus NSs protein core domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ooo
タイトルStructure of the Rift Valley fever virus NSs protein core domain
要素Non-structural protein NS-S
キーワードVIRAL PROTEIN / Non-structural protein / interferon antagonist / virulence factor
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cytoskeleton / symbiont-mediated perturbation of host cell-cell junction / symbiont-mediated suppression of host transcription initiation from RNA polymerase II promoter / symbiont-mediated suppression of host transcription / : / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / negative stranded viral RNA replication / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response ...symbiont-mediated perturbation of host cytoskeleton / symbiont-mediated perturbation of host cell-cell junction / symbiont-mediated suppression of host transcription initiation from RNA polymerase II promoter / symbiont-mediated suppression of host transcription / : / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / negative stranded viral RNA replication / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus, non structural protein / Rift valley fever virus non structural protein-like / Rift valley fever virus non structural protein (NSs) like
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein S / Non-structural protein S
類似検索 - 構成要素
生物種Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Barski, M.S. / Potter, J.A. / Schwarz-Linek, U.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MDTG10 - G1000407/1 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Rift Valley fever phlebovirus NSs protein core domain structure suggests molecular basis for nuclear filaments.
著者: Barski, M. / Brennan, B. / Miller, O.K. / Potter, J.A. / Vijayakrishnan, S. / Bhella, D. / Naismith, J.H. / Elliott, R.M. / Schwarz-Linek, U.
履歴
登録2017年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein NS-S
B: Non-structural protein NS-S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0992
ポリマ－38,0992
非ポリマー00
水1,856103
1
A: Non-structural protein NS-S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0491
ポリマ－19,0491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Non-structural protein NS-S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0491
ポリマ－19,0491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.500, 124.500, 174.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A2 - 164
2010B2 - 164

-
要素

#1: タンパク質 Non-structural protein NS-S


分子量: 19049.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
遺伝子: NSs / プラスミド: pMAL-C2x / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2SZX2, UniProt: P21698*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 10000, NaCl, HEPES, DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 2 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→107.83 Å / Num. obs: 41684 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 45 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 32.3
反射 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→107.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 7.451 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.125
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2166 2065 5 %RANDOM
Rwork0.2012 ---
obs0.2019 39005 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 162.73 Å2 / Biso mean: 63.474 Å2 / Biso min: 31.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20.06 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→107.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2494 0 0 103 2597
Biso mean---52.18 -
残基数----318
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192546
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7671.9763447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.34435815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9595317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.13122.991107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.57315460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0451524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02565
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 18558 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 156 -
Rwork0.395 2817 -
all-2973 -
obs--99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.41440.3511-0.26471.6415-0.44562.7625-0.0906-0.121-0.06710.07760.1029-0.12850.10060.2719-0.01230.03960.0727-0.01340.3619-0.02750.014116.176-0.949102.106
24.0289-0.7553-0.63244.69031.05732.1664-0.08190.19180.667-0.55930.5615-0.5131-0.37250.5823-0.47960.1503-0.19640.08510.7547-0.11510.525845.28814.00884.134
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A79 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2B80 - 164

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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