PDB-5onu: Trimeric OmpU structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5onu

タイトル

Trimeric OmpU structure

要素

Outer membrane protein OmpU

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Outer membrane protein / Bacterial outer membrane protein / OmpU / Vibrio cholerae / invasion

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Li, H.Y. / Dong, C.J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the outer membrane protein OmpU from Vibrio cholerae at 2.2 angstrom resolution.
著者: Li, H. / Zhang, W. / Dong, C.

履歴

登録	2017年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年12月19日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
改定 1.3	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5onu.cif.gz	407.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5onu.ent.gz	334 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5onu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5onu_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5onu_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5onu_validation.xml.gz	47.7 KB	表示
CIF形式データ	5onu_validation.cif.gz	65.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/5onu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/5onu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ehb-d 6ehc-1 2fgq-1 2fgr-1 6ehc-2 1e54-1 6ene-d 3pox-1 1a0t-d 21900 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Outer membrane protein OmpU

B: Outer membrane protein OmpU

C: Outer membrane protein OmpU

ヘテロ分子

119 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.880, 153.470, 81.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Outer membrane protein OmpU 分子量: 38519.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) 遺伝子: B2J67_03320, B2J68_03135, B2J70_03210, B2J71_03065, BTY66_11390, CEF09_10965 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpB1_S (その他) Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A0A1V9N7P1, UniProt: P0C6Q6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.79 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M lithium sulfate monohydrate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH4.6, and 1M ammonium phosphate monobasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 146 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9173 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K-W / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→64.95 Å / Num. obs: 80557 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.3 % / Net I/σ(I): 14.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.22→62.731 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2357	4019	4.99 %	RANDOM
R_work	0.2078	-	-	-
obs	0.2092	80484	99.74 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→62.731 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7344	0	259	637	8240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7716
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.002	10355
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.922	2798
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	1053
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1359

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.22-2.2461	0.3045	121	0.3187	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2461-2.2735	0.3313	134	0.316	2537	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2735-2.3023	0.322	140	0.3101	2592	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3023-2.3326	0.3497	122	0.2905	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3326-2.3646	0.3523	130	0.2802	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3646-2.3983	0.2896	139	0.2677	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3983-2.4341	0.3076	140	0.2607	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4341-2.4722	0.2644	148	0.2453	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4722-2.5127	0.2892	145	0.2454	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5127-2.556	0.2825	130	0.2388	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.556-2.6025	0.2673	131	0.2295	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6025-2.6526	0.2552	140	0.2262	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6526-2.7067	0.2652	140	0.2248	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7067-2.7656	0.2408	143	0.2163	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7656-2.8299	0.2712	131	0.2029	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8299-2.9007	0.2272	125	0.2206	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9007-2.9791	0.2247	121	0.2056	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9791-3.0668	0.2487	125	0.212	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0668-3.1657	0.256	149	0.2228	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1657-3.2789	0.2435	153	0.2229	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2789-3.4102	0.2819	136	0.2059	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4102-3.5654	0.2108	155	0.1941	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5654-3.7533	0.2217	149	0.1833	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7533-3.9884	0.2108	134	0.1866	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9884-4.2963	0.2042	143	0.177	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2963-4.7285	0.1818	143	0.1613	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7285-5.4124	0.1766	146	0.1683	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4124-6.8178	0.2288	167	0.1939	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8178-62.7562	0.2458	139	0.2215	2861	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -26.1797 Å / Origin y: 2.0739 Å / Origin z: -3.5018 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2002 Å²	0.0059 Å²	-0.0015 Å²	-	0.2332 Å²	0.0087 Å²	-	-	0.2307 Å²
L	0.1246 °²	-0.0181 °²	0.0552 °²	-	0.3756 °²	0.0301 °²	-	-	0.1643 °²
S	-0.0174 Å °	0.0142 Å °	0.0032 Å °	0.0032 Å °	0.0113 Å °	-0.0216 Å °	0.0113 Å °	0.0298 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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