PDB-5on9: Crystal structure of NikA in complex with reduced Fe-L1 (N-(2-hyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5on9

タイトル

Crystal structure of NikA in complex with reduced Fe-L1 (N-(2-hydroxybenzyl)-N'-(2-thiomethylbenzyl)-N,N'-ethylenediamine diacetic acid)

要素

Nickel-binding periplasmic protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Artificial oxygenase / CLEC / dioxygen activation / oxidation of carbon-carbon double bonds

機能・相同性

機能・相同性情報

nickel cation import across plasma membrane / metal cluster binding / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / negative chemotaxis / nickel cation binding / transition metal ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Cavazza, C. / Menage, S.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Cross-Linked Artificial Enzyme Crystals as Heterogeneous Catalysts for Oxidation Reactions.
著者: Lopez, S. / Rondot, L. / Lepretre, C. / Marchi-Delapierre, C. / Menage, S. / Cavazza, C.

履歴

登録	2017年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.3	2020年8月19日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5on9.cif.gz	241.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5on9.ent.gz	190.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5on9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5on9_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5on9_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5on9_validation.xml.gz	48.9 KB	表示
CIF形式データ	5on9_validation.cif.gz	73.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/5on9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/5on9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5on0C 5on1C 5on4C 5on5C 5on8C 3mvwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mvw-1 4i8c-1 3mvx-1 4oet-1 3mzb-1 4ofl-1 3ry3-1 6r4q-1 3mw0-1 4dcy-1 3mvw-2 3qim-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nickel-binding periplasmic protein

B: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
57.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.900, 94.100, 124.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Nickel-binding periplasmic protein 分子量: 56360.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: nikA, b3476, JW3441 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P33590

-
非ポリマー , 7種, 1102分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-9YH / 2-[2-[2-hydroxy-2-oxoethyl-[(3-methoxy-2-oxidanyl-phenyl)methyl]amino]ethyl-[(2-methylsulfanylphenyl)methyl]amino]ethanoic acid 分子量: 448.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₈N₂O₆S
#4: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1081 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.6 1.7 ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979763 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→47.05 Å / Num. obs: 112782 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.36 % / Net I/σ(I): 20.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MVW

3mvw

解像度: 1.7→44.021 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.96

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2107	5638	5 %
R_work	0.1767	-	-
obs	0.1784	112763	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.021 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7828	0	151	1081	9060

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8359
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.957	11417
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.365	3146
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	1249
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1496

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.3171	187	0.2802	3539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7193-1.7395	0.3183	186	0.2711	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7395-1.7608	0.2848	183	0.2653	3483	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7608-1.7831	0.2806	187	0.2575	3559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7831-1.8065	0.3102	187	0.2488	3557	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8313	0.2893	185	0.2428	3511	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8313-1.8574	0.2938	186	0.2328	3531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8574-1.8852	0.2673	187	0.2206	3555	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8852-1.9146	0.2688	186	0.2208	3529	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9146-1.946	0.2455	186	0.205	3537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9796	0.2699	187	0.204	3548	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9796-2.0156	0.2377	187	0.2008	3549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0156-2.0543	0.2402	187	0.1894	3554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0543-2.0962	0.2265	185	0.1887	3524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0962-2.1418	0.2316	187	0.174	3561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1418-2.1916	0.2163	187	0.1732	3541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1916-2.2465	0.2142	187	0.1765	3548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2465-2.3072	0.2047	187	0.1745	3551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3072-2.3751	0.2294	188	0.1799	3583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3751-2.4517	0.2073	187	0.1795	3559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4517-2.5394	0.2166	188	0.1796	3564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5394-2.641	0.2356	189	0.1782	3584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.641-2.7612	0.2188	188	0.1842	3573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7612-2.9067	0.2421	189	0.1787	3589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9067-3.0888	0.2201	188	0.1766	3589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0888-3.3272	0.1793	190	0.1636	3600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3272-3.6619	0.177	191	0.1539	3638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6619-4.1914	0.1618	191	0.1341	3630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1914-5.2794	0.1581	194	0.1391	3684	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2794-44.0356	0.1917	201	0.178	3812	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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