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- PDB-5ome: The cryofrozen atomic resolution X-ray crystal structure of the r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ome
タイトルThe cryofrozen atomic resolution X-ray crystal structure of the reduced form (Fe2+) perdeuterated Pyrococcus furiosus Rubredoxin in D2O (100K, 0.75 Angstrom resolution)
要素Rubredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / Perdeuterated rubredoxin / pyrococcus furiosus / atomic resolution / cryofrozen / reduced / iron
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Rubredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.747 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Mason, S.A. / Mossou, E. / Haertlein, M. / Mitchell, E.P. / Forsyth, V.T.
資金援助 英国, フランス, 4件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/C015452/1 英国
European UnionRII3-CT-2003-505925 フランス
ESRF フランス
Institut Laue-Langevin フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The cryofrozen atomic resolution X-ray crystal structure of the reduced form (Fe2+) perdeuterated Pyrococcus furiosus Rubredoxin in D2O (100K, 0.75 Angstrom resolution)
著者: Cuypers, M.G. / Mason, S.A. / Mossou, E. / Haertlein, M. / Mitchell, E.P. / Forsyth, V.T.
履歴
登録2017年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22023年2月22日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3015
ポリマ－6,0321
非ポリマー2694
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area450 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area3490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.993, 34.803, 43.233
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Rubredoxin / Rd


分子量: 6031.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: perdeuterated form
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
遺伝子: rub, PF1282 / プラスミド: PET28
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P24297
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
解説: bipyramid bright red (Fe3+), Subsequently reduced with Na2S2O3 to get transparent (Fe2+) crystal. X-ray data collection performed with helicoidal strategy over 180 degrees rotation.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: SEEDED 3.4M EQUIMOLAR NA/K PHOSPHATE BUFFER / Temp details: controlled room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: Cryostream frozen (never flash frozen in liquid N2)
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.77 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.77 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.747→34.8 Å / Num. obs: 57618 / % possible obs: 85.7 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 4.1 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 0.75→0.79 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 2727 / CC1/2: 0.786 / Rpim(I) all: 0.17 / Rrim(I) all: 0.266 / % possible all: 28.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
ACORN位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.747→18.363 Å / SU ML: 0.02 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 10.12
詳細: Deuterium atoms are isotropic, protein atoms, Fe atom and solvent O atoms are anisotropic
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1214 2892 5.03 %random
Rwork0.111 ---
obs0.1115 57545 85.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.747→18.363 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数421 0 12 209 642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008498
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.92191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00996
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.747-0.75930.2897150.1935261X-RAY DIFFRACTION9
0.7593-0.77230.14500.1481865X-RAY DIFFRACTION29
0.7723-0.78640.143590.13611360X-RAY DIFFRACTION45
0.7864-0.80150.1257830.1251848X-RAY DIFFRACTION61
0.8015-0.81790.12521420.11242226X-RAY DIFFRACTION75
0.8179-0.83570.10461300.1112640X-RAY DIFFRACTION87
0.8357-0.85510.11091660.10582831X-RAY DIFFRACTION95
0.8551-0.87650.10751350.10083003X-RAY DIFFRACTION100
0.8765-0.90020.11361530.09363025X-RAY DIFFRACTION100
0.9002-0.92670.1021620.09142991X-RAY DIFFRACTION100
0.9267-0.95660.1021530.08993027X-RAY DIFFRACTION100
0.9566-0.99080.11121710.08563013X-RAY DIFFRACTION100
0.9908-1.03040.09691510.0873034X-RAY DIFFRACTION100
1.0304-1.07730.09421760.08532994X-RAY DIFFRACTION100
1.0773-1.13410.09261490.08753048X-RAY DIFFRACTION100
1.1341-1.20520.10191760.09363017X-RAY DIFFRACTION100
1.2052-1.29820.10481840.10413022X-RAY DIFFRACTION100
1.2982-1.42880.11481610.11643053X-RAY DIFFRACTION100
1.4288-1.63540.13241460.12083097X-RAY DIFFRACTION100
1.6354-2.060.12911680.133096X-RAY DIFFRACTION99
2.06-18.36830.15431620.1263202X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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