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- PDB-5om0: CH2 chimera of human 14-3-3 sigma with the Gli1 phosphopeptide ar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5om0
タイトルCH2 chimera of human 14-3-3 sigma with the Gli1 phosphopeptide around Ser640
要素14-3-3 protein sigma,Zinc finger protein GLI1
キーワードSIGNALING PROTEIN / 14-3-3 proteins / Protein chimera / phosphopeptide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


notochord regression / regulation of hepatocyte proliferation / GLI proteins bind promoters of Hh responsive genes to promote transcription / GLI-SUFU complex / ventral midline development / pituitary gland development / epidermal cell differentiation / proximal/distal pattern formation / prostate gland development / ciliary tip ...notochord regression / regulation of hepatocyte proliferation / GLI proteins bind promoters of Hh responsive genes to promote transcription / GLI-SUFU complex / ventral midline development / pituitary gland development / epidermal cell differentiation / proximal/distal pattern formation / prostate gland development / ciliary tip / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / cerebellar cortex morphogenesis / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of smoothened signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / digestive tract morphogenesis / smoothened signaling pathway / regulation of osteoblast differentiation / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / ciliary base / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / spermatid development / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / axoneme / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Hedgehog 'off' state / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / liver regeneration / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of protein kinase activity / stem cell proliferation / positive regulation of DNA replication / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / lung development / Degradation of GLI1 by the proteasome / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Hedgehog 'on' state / response to wounding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / osteoblast differentiation / intracellular protein localization / regulation of protein localization / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of cell growth / microtubule binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / ciliary basal body / positive regulation of cell migration / cadherin binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
C2H2-type zinc-finger protein GLI-like / : / C2H2 zinc finger / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein ...C2H2-type zinc-finger protein GLI-like / : / C2H2 zinc finger / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein GLI1 / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Sluchanko, N.N. / Tugaeva, K.V. / Greive, S.J. / Antson, A.A.
資金援助 ロシア, 英国, 3件
組織認可番号国
Russian Science Foundation17-74-10053 ロシア
Wellcome Trust101528 英国
Wellcome Trust098230 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Chimeric 14-3-3 proteins for unraveling interactions with intrinsically disordered partners.
著者: Sluchanko, N.N. / Tugaeva, K.V. / Greive, S.J. / Antson, A.A.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma,Zinc finger protein GLI1
B: 14-3-3 protein sigma,Zinc finger protein GLI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2498
ポリマ－55,6202
非ポリマー6296
水1267
1
A: 14-3-3 protein sigma,Zinc finger protein GLI1
ヘテロ分子

B: 14-3-3 protein sigma,Zinc finger protein GLI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2498
ポリマ－55,6202
非ポリマー6296
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
手法PISA
2
B: 14-3-3 protein sigma,Zinc finger protein GLI1
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma,Zinc finger protein GLI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2498
ポリマ－55,6202
非ポリマー6296
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.426, 110.426, 174.114
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma,Zinc finger protein GLI1 / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin / Glioma-associated oncogene / Oncogene GLI


分子量: 27810.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 75-77 were mutated to Alanines to reduce surface entropy and improve crystallization.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1, GLI1, GLI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947, UniProt: P08151
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M bis-Tris (pH 6.5), 2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→47 Å / Num. obs: 10910 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 23 % / Biso Wilson estimate: 92.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 3.19→3.38 Å / 冗長度: 22.3 % / Rmerge(I) obs: 4.3 / Mean I/σ(I) obs: 0.91 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LU1

5lu1


解像度: 3.2→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.497
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 977 8.96 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.22 10910 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 240.94 Å2 / Biso mean: 141.58 Å2 / Biso min: 80.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.2391 Å20 Å20 Å2
2---14.2391 Å20 Å2
3---28.4783 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.51 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3612 0 60 7 3679
Biso mean--169.4 90.73 -
残基数----457
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1655SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes109HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1029HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7250HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion472SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7917SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7250HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13070HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.29
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.08
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.5 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2853 226 8.94 %
Rwork0.2519 2303 -
all0.2549 2529 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.392-0.6503-0.48221.45880.03114.1596-0.07570.0704-0.1670.07230.38560.11210.3101-0.4494-0.3099-0.0863-0.16630.0275-0.1180.1752-0.194938.4437-29.37097.7685
25.93893.3765-2.30943.2379-1.77661.8628-0.22480.0956-0.67620.30720.33190.0827-0.1762-0.5936-0.1071-0.25630.11190.1006-0.03450.1297-0.248819.64759.126117.3333
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* B|234 - B|244 }A1 - 233
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* B|234 - B|244 }B234 - 244
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|231 }B2 - 231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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