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万見
- PDB-5olu: The crystal structure of a highly thermostable carboxyl esterase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5olu
タイトルThe crystal structure of a highly thermostable carboxyl esterase from Bacillus coagulans in complex with glycerol
要素Alpha/beta hydrolase family protein
キーワードHYDROLASE / carboxyl esterase / lipase / alpha/beta hydrolase
機能・相同性Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lysophospholipase, alpha-beta hydrolase superfamily
機能・相同性情報
生物種Bacillus coagulans DSM 1 = ATCC 7050 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gourlay, L.J. / Nakhnoukh, C. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: A stereospecific carboxyl esterase from Bacillus coagulans hosting nonlipase activity within a lipase-like fold.
著者: De Vitis, V. / Nakhnoukh, C. / Pinto, A. / Contente, M.L. / Barbiroli, A. / Milani, M. / Bolognesi, M. / Molinari, F. / Gourlay, L.J. / Romano, D.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta hydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,89714
ポリマ－39,1721
非ポリマー72513
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area12800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.644, 137.644, 83.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

HOH

21A-532-

HOH

31A-622-

HOH

41A-651-

HOH

51A-666-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha/beta hydrolase family protein


分子量: 39171.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus coagulans DSM 1 = ATCC 7050 (バクテリア)
遺伝子: BF29_2874 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0A0B5WSQ6

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非ポリマー , 5種, 205分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Hampton Crystal Screen 2 condition 42. 1.5 M ammonium sulfate, 12% glycerol and 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 43646 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 39.1 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 34.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 37.6 % / Rmerge(I) obs: 0.589 / Num. unique obs: 2545 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PE6

3pe6


解像度: 1.8→39.734 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 13.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1692 2000 4.58 %
Rwork0.1476 --
obs0.1486 43626 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.734 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2461 0 36 192 2689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8563472
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0011489
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006453
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8450.21781400.19382918X-RAY DIFFRACTION100
1.845-1.89490.18791410.1622918X-RAY DIFFRACTION100
1.8949-1.95070.18171380.14852902X-RAY DIFFRACTION100
1.9507-2.01360.17891420.14872939X-RAY DIFFRACTION100
2.0136-2.08560.19411410.15042943X-RAY DIFFRACTION100
2.0856-2.16910.1751410.14652926X-RAY DIFFRACTION100
2.1691-2.26780.16121410.1382938X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.38740.16521410.1392947X-RAY DIFFRACTION100
2.3874-2.53690.16811430.14312956X-RAY DIFFRACTION100
2.5369-2.73270.19161420.15242970X-RAY DIFFRACTION100
2.7327-3.00770.15781450.15152993X-RAY DIFFRACTION100
3.0077-3.44270.17871430.15693007X-RAY DIFFRACTION100
3.4427-4.33650.13781480.13123048X-RAY DIFFRACTION100
4.3365-39.74410.1671540.14883221X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6167-1.73330.41732.681-0.35720.5658-0.1172-0.09170.32430.1630.092-0.2578-0.19380.3346-0.02530.1027-0.0319-0.03280.18120.00990.1319-26.6872-23.3248-12.8802
22.8251-0.7728-1.13581.13360.49562.0416-0.00650.06560.0498-0.0074-0.0034-0.0359-0.12950.08080.01120.0643-0.004-0.01510.08220.03290.0858-35.7988-29.2647-16.0696
33.385-0.7472-1.43751.49450.04141.2983-0.1387-0.0269-0.0120.08940.0799-0.21130.03720.3640.02760.0724-0.0127-0.03110.2180.01280.1315-22.0843-31.976-12.1826
41.89-0.3415-0.02531.75830.21931.5731-0.01090.0167-0.0880.08870.0213-0.06930.0880.2231-0.03880.05980.0174-0.01080.12170.02370.0831-30.9337-41.4962-11.6883
55.79740.9795-0.72161.5524-0.21070.7652-0.15070.4669-0.2102-0.03070.1015-0.13250.09550.51250.01740.14090.05170.04120.5653-0.04660.2545-11.7683-44.6815-28.1413
62.0989-0.6046-0.91856.8855-4.32065.60050.16830.34670.146-0.771-0.0404-0.23860.43730.4299-0.11080.22490.05490.05480.2356-0.02130.1634-32.2154-47.4326-37.7546
70.1676-0.11220.18720.49730.16760.42550.00270.0349-0.032-0.0471-0.0211-0.13930.060.23660.02630.06880.0310.00850.17190.01690.1211-29.5313-45.0981-21.2524
82.0379-1.21762.02881.7671-1.6022.3832-0.0589-0.0393-0.05710.02120.11230.0753-0.0669-0.1786-0.09030.05110.01920.01880.07640.0010.0885-41.9875-45.3354-21.4963
93.811-0.11981.23543.7407-1.57746.8415-0.0094-0.1353-0.09420.19510.10980.1413-0.0925-0.3554-0.10080.03750.03350.0170.07580.02790.1014-46.8302-39.5869-12.1188
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 22 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 74 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 75 through 102 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 103 through 146 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 147 through 174 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 175 through 188 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 189 through 270 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 271 through 292 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 293 through 309 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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