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- PDB-5olj: Crystal structure of Porphyromonas gingivalis dipeptidyl peptidase 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5olj
タイトルCrystal structure of Porphyromonas gingivalis dipeptidyl peptidase 4
要素Dipeptidyl peptidase IV
キーワードHYDROLASE / dipeptidyl peptidase 4 / peptidase inhibitor / Porphyromonas gingivalis / biofilm / dipeptidyl peptidase 9
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
: / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dipeptidyl peptidase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fulop, V.
資金援助 ベルギー, 4件
組織認可番号国
Fund for Scientific Research (FWO-Flanders)G.0173.09N ベルギー
Agency for Innovation by Science and Technology in Flanders (IWT, Belgium)SBO 50164 ベルギー
Industrial Research Fund of the University of LeuvenIOF/KP/09/003 ベルギー
European Union223077 (NEUROPRO) ベルギー
引用
ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of Porphyromonas gingivalis dipeptidyl peptidase 4 and structure-activity relationships based on inhibitor profiling.
著者: Rea, D. / Van Elzen, R. / De Winter, H. / Van Goethem, S. / Landuyt, B. / Luyten, W. / Schoofs, L. / Van Der Veken, P. / Augustyns, K. / De Meester, I. / Fulop, V. / Lambeir, A.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2004
タイトル: Expression, purification and preliminary crystallographic analysis of dipeptidyl peptidase IV from Porphyromonas gingivalis.
著者: Rea, D. / Lambeir, A.M. / Kumagai, Y. / De Meester, I. / Scharpe, S. / Fulop, V.
履歴
登録2017年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1802
ポリマ－82,0881
非ポリマー921
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area28330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.100, 109.100, 157.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1101-

HOH

21A-1170-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Dipeptidyl peptidase IV


分子量: 82087.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
遺伝子: dppIV, PGN_1469 / 発現宿主: Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RKU3
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.02 M sodium L-glutamate, 0.02 M DL-alanine, 0.02 M glycine, 0.02 M DL-lysine, 0.02 M DLserine, and 0.1 M BICINE/TRIS pH 8.5
PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: Xenocs GeniX 3D Cu HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→38 Å / Num. obs: 48811 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.3 % / Net I/σ(I): 10.8

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KBY

5kby


解像度: 2.2→37.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.839 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.81 / SU B: 9.784 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25451 1974 4 %RANDOM
Rwork0.22379 ---
obs0.22502 46837 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 4.429 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å20 Å2-0 Å2
2---0.75 Å20 Å2
3---1.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→37.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5631 0 6 398 6035
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195774
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025334
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6341.9427826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.812312236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1545702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.53623.38284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.06115948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1021542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021422
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.531 137 -
Rwork0.529 3288 -
obs--96.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.111-3.56232.89723.0108-1.86133.7690.14370.6439-0.0122-0.0539-0.08320.0101-0.30740.2134-0.06040.0749-0.03420.0210.1115-0.0210.00949.696237.199216.0372
21.40821.9872-0.84394.47390.00651.36770.0798-0.0116-0.0667-0.0004-0.0781-0.1508-0.1127-0.0493-0.00170.0539-0.0309-0.01630.04570.00640.017525.193343.37972.3556
30.26530.10420.00760.2512-0.04490.3427-0.033-0.00230.0395-0.0361-0.00180.0503-0.0395-0.06240.03480.05320.0094-0.01350.0368-0.01250.028219.292458.113422.9238
40.28740.11780.10270.23560.08510.28980.01010.0131-0.01570.03220.0085-0.00340.04130.0066-0.01860.0625-0.0004-0.01730.0304-0.00980.009536.368335.093832.7516
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3A81 - 321
4X-RAY DIFFRACTION4A322 - 723

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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