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- PDB-5ol7: Crystal structure of an inactivated Npu SICLOPPS intein with CFAH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ol7
タイトルCrystal structure of an inactivated Npu SICLOPPS intein with CFAHPQ extein
要素DNA-directed DNA polymerase,DNA-directed DNA polymerase
キーワードSPLICING / intein / extein / SICLOPPS / cyclic peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


intein-mediated protein splicing / 3'-5' exonuclease activity / helicase activity / DNA-directed DNA polymerase / nucleic acid binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain / PHP domain ...Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA polymerase III, alpha subunit / Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc punctiforme (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kick, L.M. / Schneider, S.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
Center for Integrated Protein Science ドイツ
German Research FoundationSCHN1273 ドイツ
German Research FoundationSFB749 ドイツ
Fonds der chemischen Industrie ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: Mechanistic Insights into Cyclic Peptide Generation by DnaE Split-Inteins through Quantitative and Structural Investigation.
著者: Kick, L.M. / Harteis, S. / Koch, M.F. / Schneider, S.
履歴
登録2017年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed DNA polymerase,DNA-directed DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5063
ポリマ－17,4071
非ポリマー992
水2,558142
1
A: DNA-directed DNA polymerase,DNA-directed DNA polymerase
ヘテロ分子

A: DNA-directed DNA polymerase,DNA-directed DNA polymerase
ヘテロ分子


  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 35 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0116
ポリマ－34,8132
非ポリマー1984
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_875-x+3,-y+2,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area13180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.920, 68.417, 95.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

CO

21A-317-

HOH

31A-340-

HOH

41A-400-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed DNA polymerase,DNA-directed DNA polymerase


分子量: 17406.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (strain ATCC 29133 / PCC 73102) (バクテリア)
遺伝子: Npun_F4872 / プラスミド: pBAD / 株: ATCC 29133 / PCC 73102 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B2J821, UniProt: B2J066, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200mM calcium acetate, 100mM MES pH 6.5, 10% (w/v) PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→32.7 Å / Num. obs: 24628 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2517 / CC1/2: 0.842 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.6→32.679 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.78 / 位相誤差: 20.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1898 2325 5.01 %
Rwork0.1565 --
obs0.1581 46410 93.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.679 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1155 0 2 142 1299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9671630
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.9641006
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005214
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.63270.37811420.38572668X-RAY DIFFRACTION97
1.6327-1.66820.46471420.33342672X-RAY DIFFRACTION97
1.6682-1.7070.26681390.28462683X-RAY DIFFRACTION97
1.707-1.74970.26281400.24462662X-RAY DIFFRACTION97
1.7497-1.7970.26461400.1992673X-RAY DIFFRACTION96
1.797-1.84980.20121330.16972594X-RAY DIFFRACTION94
1.8498-1.90950.18781360.15622658X-RAY DIFFRACTION96
1.9095-1.97780.20141370.16052639X-RAY DIFFRACTION96
1.9778-2.0570.15711440.13922656X-RAY DIFFRACTION95
2.057-2.15060.18841390.12932555X-RAY DIFFRACTION94
2.1506-2.26390.17571440.12642628X-RAY DIFFRACTION94
2.2639-2.40570.18211330.13572543X-RAY DIFFRACTION93
2.4057-2.59140.15061340.14512527X-RAY DIFFRACTION92
2.5914-2.8520.17071330.14932555X-RAY DIFFRACTION92
2.852-3.26440.21751260.14812517X-RAY DIFFRACTION91
3.2644-4.11150.18081340.14082483X-RAY DIFFRACTION90
4.1115-32.68580.16171290.15412372X-RAY DIFFRACTION86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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