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- PDB-5okl: Human afamin monoclinic crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5okl
タイトルHuman afamin monoclinic crystal form
要素Afamin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / human plasma / wnt binding / lipid binding
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport within extracellular region / vitamin E binding / vitamin transport / blood microparticle / protein stabilization / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITOLEIC ACID / Afamin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Rupp, B. / Naschberger, A. / Bowler, M.W.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP28395-B26 オーストリア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Evidence for a Role of the Multi-functional Human Glycoprotein Afamin in Wnt Transport.
著者: Naschberger, A. / Orry, A. / Lechner, S. / Bowler, M.W. / Nurizzo, D. / Novokmet, M. / Keller, M.A. / Oemer, G. / Seppi, D. / Haslbeck, M. / Pansi, K. / Dieplinger, H. / Rupp, B.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation
Item: _audit_author.name / _citation.journal_volume ..._audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Afamin
B: Afamin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,46710
ポリマ－135,2882
非ポリマー2,1798
水4,522251
1
A: Afamin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7265
ポリマ－67,6441
非ポリマー1,0824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Afamin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7425
ポリマ－67,6441
非ポリマー1,0984
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.915, 112.872, 109.228
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 11 - 586 / Label seq-ID: 11 - 586

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Afamin / Alpha-albumin / Alpha-Alb


分子量: 67644.008 Da / 分子数: 2 / 変異: TEV tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AFM, ALB2, ALBA / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43652

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 255分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C16H30O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: blocky 0.1 x 0.1 x 0.1
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.5 uL PEG 1k 30%, CH3COONH4 180mM, 3% 6-aminohexanoic acid plus 1.5 uL 5 mg/ml protein stock 20mM HEPES ph7.5 150 mM NaCl, microseeding

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96598 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月8日 / 詳細: Focussing Monochromator
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96598 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→109.04 Å / Num. obs: 66261 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 50.3 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 13.59
反射 シェル解像度: 2.08→2.21 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / CC1/2: 0.702 / % possible all: 78.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VUE

2vue


解像度: 2.09→109.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 15.25 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 3296 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 62919 90.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.97 Å20 Å2-0.06 Å2
2---2.09 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→109.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8994 0 141 251 9386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0199485
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3321.94912839
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9722.98620136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1385.0521144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.34425.032465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.74415.0291713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8651545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021862
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7618.364531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.768.3594530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.57815.6335671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.57915.6345672
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7849.5514954
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7849.5524955
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.52217.3777165
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.69356.44310618
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.68856.39510585
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 35750 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 194 -
Rwork0.355 4361 -
obs--84.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1771-0.22390.39321.6630.62220.70470.27560.5321-0.071-0.1796-0.0631-0.49070.1726-0.2933-0.21250.3801-0.0690.02560.40740.00260.151612.885641.765333.7167
20.6426-0.2991-0.29741.1910.35410.29850.08860.10010.11120.1921-0.0431-0.1822-0.0402-0.0032-0.04550.2627-0.0019-0.06950.05520.06320.10399.566861.349756.8054
30.58060.268-0.44021.0108-0.62810.5547-0.0010.013-0.0910.0557-0.0883-0.0355-0.05450.02510.08930.2805-0.034-0.09450.06070.01330.06662.001935.169267.2537
42.9449-1.44343.7732.9089-3.77496.6091-0.0945-0.072-0.2019-0.08240.0059-0.05080.0613-0.04050.08850.25040.09090.18190.04180.04230.4953-0.656711.628772.3502
52.1347-0.6905-0.10351.80570.65281.2072-0.1678-0.36080.17370.13630.2778-0.2787-0.1728-0.1057-0.11010.25490.0586-0.06550.1154-0.04460.055714.05997.900422.9365
61.30210.42070.45610.79460.27730.66790.06920.0364-0.0417-0.19870.0297-0.05960.0820.0987-0.09890.28630.0196-0.04020.05390.02150.061812.2105-12.6423-0.4212
70.5210.04790.35161.2873-0.46230.609-0.0479-0.04750.0489-0.0603-0.07970.04110.06170.06560.12760.26280.0165-0.02410.05140.03780.08686.682314.4577-11.8702
86.53792.3725-2.63041.7948-0.22745.2407-0.31830.32760.5073-0.32210.09660.4372-0.1483-0.13610.22170.23930.0298-0.11910.02670.01280.1285.311438.1116-17.4098
914.4159-11.6792-3.83989.46763.11141.0230.51390.480.548-0.3955-0.3728-0.4599-0.1337-0.1287-0.14110.2253-0.0677-0.09720.1946-0.00390.234916.7926-7.86661.6351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 154
2X-RAY DIFFRACTION2A155 - 390
3X-RAY DIFFRACTION2A641 - 643
4X-RAY DIFFRACTION3A391 - 562
5X-RAY DIFFRACTION3A651 - 652
6X-RAY DIFFRACTION4A563 - 586
7X-RAY DIFFRACTION5B11 - 154
8X-RAY DIFFRACTION6B155 - 390
9X-RAY DIFFRACTION6B741
10X-RAY DIFFRACTION7B391 - 562
11X-RAY DIFFRACTION7B751 - 753
12X-RAY DIFFRACTION8B563 - 586
13X-RAY DIFFRACTION9B800

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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