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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5okc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC | ||||||
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![]() | REPLICATION / Clamp loader DNA-binding protein Triple beta-barrel domain Winged-helix domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / Ctf18 RFC-like complex / maintenance of DNA trinucleotide repeats / DNA clamp loader activity / single-stranded DNA helicase activity / mitotic sister chromatid cohesion / nuclear replication fork / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / double-strand break repair via homologous recombination ...maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / Ctf18 RFC-like complex / maintenance of DNA trinucleotide repeats / DNA clamp loader activity / single-stranded DNA helicase activity / mitotic sister chromatid cohesion / nuclear replication fork / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / double-strand break repair via homologous recombination / DNA replication / chromatin / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grabarczyk, D.B. / Kisker, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for the Recruitment of Ctf18-RFC to the Replisome. 著者: Grabarczyk, D.B. / Silkenat, S. / Kisker, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 447.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 385.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 484.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 44649.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DCC1, YCL016C, YCL16C / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-Chromosome transmission fidelity protein ... , 2種, 4分子 FHGI
#2: タンパク質 | 分子量: 15564.851 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CTF8, YHR191C / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3300.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CTF18, CHL12, YMR078C, YM9582.03C / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 384分子 ![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-NO3 / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.74 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 16% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.2 M potassium nitrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月30日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→48.24 Å / Num. obs: 49802 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.96 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.243 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 337988 / Scaling rejects: 0 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 147.8 Å2 / Biso mean: 55.2498 Å2 / Biso min: 20.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→48.235 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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