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- PDB-5okc: Crystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5okc
タイトルCrystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC
要素
  • (Chromosome transmission fidelity protein ...) x 2
  • Sister chromatid cohesion protein DCC1
キーワードREPLICATION / Clamp loader DNA-binding protein Triple beta-barrel domain Winged-helix domain
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / telomere tethering at nuclear periphery / Ctf18 RFC-like complex / maintenance of DNA trinucleotide repeats / mitotic sister chromatid cohesion / nuclear replication fork / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / double-strand break repair via homologous recombination / DNA replication ...maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / telomere tethering at nuclear periphery / Ctf18 RFC-like complex / maintenance of DNA trinucleotide repeats / mitotic sister chromatid cohesion / nuclear replication fork / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / double-strand break repair via homologous recombination / DNA replication / chromatin / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromosome transmission fidelity protein 8 / Ctf8 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / RFC1-like, AAA+ ATPase lid domain / : / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Sister chromatid cohesion protein DCC1 / Chromosome transmission fidelity protein 8 / Chromosome transmission fidelity protein 18
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Grabarczyk, D.B. / Kisker, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for the Recruitment of Ctf18-RFC to the Replisome.
著者: Grabarczyk, D.B. / Silkenat, S. / Kisker, C.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sister chromatid cohesion protein DCC1
B: Sister chromatid cohesion protein DCC1
F: Chromosome transmission fidelity protein 8
G: Chromosome transmission fidelity protein 18
H: Chromosome transmission fidelity protein 8
I: Chromosome transmission fidelity protein 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,46513
ポリマ－127,0306
非ポリマー4347
水6,792377
1
A: Sister chromatid cohesion protein DCC1
H: Chromosome transmission fidelity protein 8
I: Chromosome transmission fidelity protein 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7637
ポリマ－63,5153
非ポリマー2484
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10120 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area27540 Å2
手法PISA
2
B: Sister chromatid cohesion protein DCC1
F: Chromosome transmission fidelity protein 8
G: Chromosome transmission fidelity protein 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7016
ポリマ－63,5153
非ポリマー1863
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9160 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area28850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.515, 164.184, 59.613
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain F
22chain H
13chain G
23chain I

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERSERSERchain AAA2 - 3792 - 379
21SERSERARGARGchain BBB2 - 3802 - 380
12PROPROMSEMSEchain FFC2 - 1332 - 133
22PROPROMSEMSEchain HHE2 - 1332 - 133
13VALVALGLUGLUchain GGD137 - 1622 - 27
23THRTHRGLUGLUchain IIF136 - 1621 - 27

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sister chromatid cohesion protein DCC1 / Defective in sister chromatid cohesion protein 1


分子量: 44649.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: DCC1, YCL016C, YCL16C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25559

-
Chromosome transmission fidelity protein ... , 2種, 4分子 FHGI

#2: タンパク質 Chromosome transmission fidelity protein 8


分子量: 15564.851 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: CTF8, YHR191C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38877
#3: タンパク質・ペプチド Chromosome transmission fidelity protein 18


分子量: 3300.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: CTF18, CHL12, YMR078C, YM9582.03C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49956

-
非ポリマー , 3種, 384分子

#4: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 16% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.2 M potassium nitrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.24 Å / Num. obs: 49802 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.96 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.243 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 337988 / Scaling rejects: 0
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.386.92.36645700.4811100
9.2-48.246.30.118020.991199.3

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
CRANK2位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→48.235 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.25
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2597 2460 4.95 %Random selection
Rwork0.2002 ---
obs0.2031 49746 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.8 Å2 / Biso mean: 55.2498 Å2 / Biso min: 20.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→48.235 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8605 0 28 377 9010
Biso mean--73.08 47.98 -
残基数----1059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62911893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0251320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9543355
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3382X-RAY DIFFRACTION8.682TORSIONAL
12B3382X-RAY DIFFRACTION8.682TORSIONAL
21F1144X-RAY DIFFRACTION8.682TORSIONAL
22H1144X-RAY DIFFRACTION8.682TORSIONAL
31G240X-RAY DIFFRACTION8.682TORSIONAL
32I240X-RAY DIFFRACTION8.682TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3-2.34430.36581310.31826132744
2.3443-2.39210.34341220.308226442766
2.3921-2.44410.36581570.305126082765
2.4441-2.5010.33451350.287625912726
2.501-2.56350.3451070.280826732780
2.5635-2.63280.3641310.271326052736
2.6328-2.71030.29361040.260526742778
2.7103-2.79780.32471390.261526012740
2.7978-2.89780.31571390.253326242763
2.8978-3.01380.30531760.240325802756
3.0138-3.15090.30521180.215926382756
3.1509-3.3170.26551850.209625902775
3.317-3.52480.25211080.19326452753
3.5248-3.79680.25661480.176326172765
3.7968-4.17870.19991390.155826462785
4.1787-4.78290.19131510.143925992750
4.7829-6.02410.19081530.166226562809
6.0241-48.24580.25171170.159426822799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1898-1.58390.2624.5331-0.94781.9276-00.15960.0985-0.1678-0.1323-0.0538-0.3320.05240.08370.4164-0.0517-0.01130.2319-0.01120.216269.3064-38.903263.9139
22.4535-0.09850.47692.51180.08322.5524-0.148-0.14560.31620.3416-0.0781-0.202-0.67160.4290.19990.663-0.1034-0.02860.38230.0050.259163.24161.182443.1931
33.5304-0.1148-2.13450.08950.18343.2515-0.090.0943-0.61830.1217-0.10150.17270.3906-0.49740.10060.583-0.11720.0160.3145-0.00370.416337.7408-7.65641.8415
40.556-0.9991-0.47244.98371.81331.4804-0.0120.1471-0.0599-0.0776-0.10810.0620.285-0.02540.11890.47340.0082-0.01030.29560.01590.261116.897744.385493.1346
52.4752-0.43950.43080.2591-0.16261.9938-0.05560.13120.18880.1451-0.0104-0.0256-0.20280.18450.04860.5286-0.02350.00080.1780.02370.26240.424518.469671.7273
63.28070.52930.79578.8857-1.61486.1301-0.15340.48910.4096-2.12360.2521.1488-0.2497-0.207-0.03740.5296-0.00910.02540.3854-0.01610.289610.96755.934184.2396
75.57381.4410.86581.2409-0.11712.1380.4098-0.5168-0.05020.2704-0.1119-0.2539-0.0916-0.0883-0.25170.5070.0233-0.03640.17880.00990.307611.660264.7344109.846
87.4129-0.14-2.29712.32131.52753.70570.37940.17810.55630.47240.0522-0.20670.01430.1435-0.40910.46670.0915-0.05760.17560.02690.355713.688969.5878104.6394
91.66561.53810.74096.94782.11353.108-0.20010.16650.304-0.0410.1932-0.4817-0.19810.0933-0.00560.30610.1015-0.01080.18750.01220.313920.094658.950197.4017
102.0226-1.29212.12356.0639-0.29964.13060.0544-0.80280.74630.57630.3764-0.31170.5066-0.7915-0.38180.40970.0347-0.08720.504-0.06440.462716.935267.0196116.5676
112.09752.51852.20563.53293.09652.7176-0.26510.10640.377-0.36560.15540.1036-0.21460.0484-0.0560.58050.1067-0.04420.2749-0.02980.480228.838650.0146106.1595
123.5025-1.24733.71862.4035-1.57153.97830.00130.6508-0.07621.12410.16621.2356-0.1061-0.7526-0.03870.44050.04720.09520.74920.02030.428213.20838.401799.1617
133.58810.0640.25628.03371.52524.2366-0.07260.3889-0.3121-1.4363-0.1548-1.29251.15510.17850.31930.916-0.01260.18950.37310.08740.31676.8482-36.064153.113
147.98672.141.72841.3223-1.86657.6495-0.52190.4438-1.0512-1.58280.1809-0.63561.89010.41940.36560.8531-0.03230.15690.38360.01410.46173.8559-50.766157.4042
156.3782-2.56540.06563.1913-1.48191.0711-0.3052-0.20920.82290.18470.02020.1705-0.36350.08210.21760.3312-0.04710.08980.20890.02540.368367.8217-48.390777.3749
165.57690.10060.361.4977-1.49484.22640.4505-0.5191-0.48590.6374-0.1802-0.29030.15740.3592-0.2190.5868-0.0372-0.0580.240.01530.245379.7324-56.084378.8254
174.9151-1.74051.34357.2018-5.01073.5313-0.07960.0506-0.13360.06080.19450.47140.1848-0.4973-0.18080.3483-0.01270.01030.20410.00320.272161.9848-58.628872.3066
189.49516.95017.33785.42315.99476.85630.4319-0.3922-0.08920.045-0.2046-0.2627-0.3876-0.3166-0.22070.5782-0.0083-0.0170.23330.03590.293466.9118-38.684561.2716
193.52722.8735-0.575.6144-1.02141.6063-0.12110.114-0.03610.09130.04670.04440.01320.06340.15630.44770.101-0.02390.21160.01340.197967.7125-46.21567.7559
203.9775-1.1635-1.70594.89243.88483.60680.0955-1.811-0.04480.38840.08650.4698-0.27220.2087-0.15210.5801-0.06070.06790.41330.16010.385164.8154-52.528384.9031
218.23835.6542-6.94474.6433-6.22248.7050.2816-0.1656-0.659-0.1086-0.3959-0.3021-0.07230.4955-0.02660.43590.031-0.00880.2732-0.02840.275263.9654-29.455670.4577
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 122 )A2 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 123 through 227 )A123 - 227
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 228 through 379 )A228 - 379
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 146 )B2 - 146
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 147 through 380 )B147 - 380
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 2 through 27 )F2 - 27
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 28 through 58 )F28 - 58
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 59 through 87 )F59 - 87
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid 88 through 133 )F88 - 133
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'G' and (resid 137 through 141 )G137 - 141
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'G' and (resid 142 through 156 )G142 - 156
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'G' and (resid 157 through 162 )G157 - 162
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 2 through 16 )H2 - 16
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 17 through 30 )H17 - 30
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 31 through 44 )H31 - 44
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 45 through 76 )H45 - 76
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 77 through 96 )H77 - 96
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 97 through 106 )H97 - 106
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 107 through 133 )H107 - 133
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'I' and (resid 136 through 145 )I136 - 145
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'I' and (resid 146 through 162 )I146 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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