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- PDB-5ok6: Ubiquitin specific protease 11 USP11 - peptide F complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ok6
タイトルUbiquitin specific protease 11 USP11 - peptide F complex
要素
  • ALA-GLU-GLY-GLU-PHE-TYR-LYS-LEU-LYS-ILE-ARG-THR-PRO-AAR
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 11
キーワードPROTEIN BINDING / peptide ligand complex / ubiquitin / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / protein deubiquitination / transcription corepressor binding / chromosome / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Ub-specific processing proteases / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / nucleoplasm ...Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / protein deubiquitination / transcription corepressor binding / chromosome / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Ub-specific processing proteases / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DUSP-like / DUSP-like / Ubiquitin-like domain, USP-type / Ubiquitin-like domain / Peptidase C19, ubiquitin-specific peptidase, DUSP domain / DUSP-like superfamily / DUSP domain / DUSP domain profile. / Domain in ubiquitin-specific proteases. / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, C-terminal ...DUSP-like / DUSP-like / Ubiquitin-like domain, USP-type / Ubiquitin-like domain / Peptidase C19, ubiquitin-specific peptidase, DUSP domain / DUSP-like superfamily / DUSP domain / DUSP domain profile. / Domain in ubiquitin-specific proteases. / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, C-terminal / Ubiquitin-specific protease C-terminal / : / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Spiliotopoulos, A. / Dreveny, I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/H012656/1 英国
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of peptide ligands targeting a specific ubiquitin-like domain-binding site in the deubiquitinase USP11.
著者: Spiliotopoulos, A. / Blokpoel Ferreras, L. / Densham, R.M. / Caulton, S.G. / Maddison, B.C. / Morris, J.R. / Dixon, J.E. / Gough, K.C. / Dreveny, I.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structure and catalytic regulatory function of ubiquitin specific protease 11 N-terminal and ubiquitin-like domains.
著者: Harper, S. / Gratton, H.E. / Cornaciu, I. / Oberer, M. / Scott, D.J. / Emsley, J. / Dreveny, I.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 11
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 11
C: ALA-GLU-GLY-GLU-PHE-TYR-LYS-LEU-LYS-ILE-ARG-THR-PRO-AAR
D: ALA-GLU-GLY-GLU-PHE-TYR-LYS-LEU-LYS-ILE-ARG-THR-PRO-AAR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2487
ポリマ－57,0324
非ポリマー2163
水11,692649
1
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 11
D: ALA-GLU-GLY-GLU-PHE-TYR-LYS-LEU-LYS-ILE-ARG-THR-PRO-AAR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6083
ポリマ－28,5162
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13430 Å2
手法PISA
2
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 11
C: ALA-GLU-GLY-GLU-PHE-TYR-LYS-LEU-LYS-ILE-ARG-THR-PRO-AAR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6404
ポリマ－28,5162
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.770, 45.510, 100.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain C and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))
21(chain D and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))
12(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...
22(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLYGLYARGARG(chain C and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))CC3 - 113 - 11
121PROPROAARAAR(chain C and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))CC13 - 1413 - 14
211GLYGLYARGARG(chain D and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))DD3 - 113 - 11
221PROPROAARAAR(chain D and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))DD13 - 1413 - 14
112LEULEUASPASP(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA32 - 3610 - 14
122GLNGLNGLYGLY(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA38 - 4816 - 26
132GLUGLULEULEU(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA50 - 6128 - 39
142LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA6442
152TRPTRPTRPTRP(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA6644
162LYSLYSTRPTRP(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA68 - 7046 - 48
172ALAALAASPASP(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA72 - 7850 - 56
182ASPASPGLYGLY(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA80 - 8658 - 64
192ILEILELYSLYS(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA88 - 10366 - 81
1102GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA105 - 10983 - 87
1112ASPASPVALVAL(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA111 - 12489 - 102
1122TRPTRPPROPRO(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA126 - 134104 - 112
1132ILEILEVALVAL(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA136 - 159114 - 137
1142HISHISVALVAL(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA161 - 170139 - 148
1152PHEPHEGLUGLU(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA172 - 195150 - 173
1162THRTHRTHRTHR(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA197 - 214175 - 192
1172ILEILEGLUGLU(chain A and (resid 32 through 36 or resid 38...AA216 - 246194 - 224
212LEULEUASPASP(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB32 - 3610 - 14
222GLNGLNGLYGLY(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB38 - 4816 - 26
232GLUGLULEULEU(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB50 - 6128 - 39
242LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB6442
252TRPTRPTRPTRP(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB6644
262LYSLYSTRPTRP(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB68 - 7046 - 48
272ALAALAASPASP(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB72 - 7850 - 56
282ASPASPGLYGLY(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB80 - 8658 - 64
292ILEILELYSLYS(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB88 - 10366 - 81
2102GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB105 - 10983 - 87
2112ASPASPVALVAL(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB111 - 12489 - 102
2122TRPTRPPROPRO(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB126 - 134104 - 112
2132ILEILEVALVAL(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB136 - 159114 - 137
2142HISHISVALVAL(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB161 - 170139 - 148
2152PHEPHEGLUGLU(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB172 - 195150 - 173
2162THRTHRTHRTHR(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB197 - 214175 - 192
2172ILEILEGLUGLU(chain B and (resid 32 through 36 or resid 38...BB216 - 246194 - 224

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 11 / Ubiquitin specific peptidase 11 / isoform CRA_b


分子量: 26804.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP11, hCG_17279 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G5E9A6, UniProt: P51784*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド ALA-GLU-GLY-GLU-PHE-TYR-LYS-LEU-LYS-ILE-ARG-THR-PRO-AAR


分子量: 1711.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 649 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.25 %
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.01M tri-sodium citrate, 16% PEG6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月5日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→49.01 Å / Num. obs: 140611 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 13.76 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 578764 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 4.1 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.3-1.330.6240.7620.3450.71696.6
5.81-49.010.0290.9980.0160.03398.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.29データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MEL

4mel


解像度: 1.3→49.007 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1779 7056 5.02 %
Rwork0.1571 --
obs0.1582 140596 98.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.41 Å2 / Biso mean: 20.2142 Å2 / Biso min: 7.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→49.007 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3795 0 14 649 4458
Biso mean--18.32 32.44 -
残基数----462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154140
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3465659
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011749
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2231551
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11C102X-RAY DIFFRACTION6.185TORSIONAL
12D102X-RAY DIFFRACTION6.185TORSIONAL
21A1775X-RAY DIFFRACTION6.185TORSIONAL
22B1775X-RAY DIFFRACTION6.185TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3-1.31480.26912520.25894356460897
1.3148-1.33020.25692260.24824317454396
1.3302-1.34650.25232370.24154352458997
1.3465-1.36350.25452040.22954414461898
1.3635-1.38150.21862200.22014396461696
1.3815-1.40040.24292310.21084372460398
1.4004-1.42040.24691990.214399459896
1.4204-1.44160.22452390.20814363460298
1.4416-1.46410.222390.20334395463497
1.4641-1.48810.22362700.1984353462398
1.4881-1.51380.20792170.18174413463096
1.5138-1.54130.19032510.17294340459198
1.5413-1.5710.20562370.16684379461696
1.571-1.6030.17262190.15564446466598
1.603-1.63790.17762370.14764345458297
1.6379-1.6760.15832260.15414498472498
1.676-1.71790.18212280.15254387461598
1.7179-1.76440.17012670.14814479474699
1.7644-1.81630.17532310.15145094740100
1.8163-1.87490.18372400.14964499473999
1.8749-1.94190.18092380.14744491472999
1.9419-2.01970.16362270.144345314758100
2.0197-2.11160.1562420.141945354777100
2.1116-2.22290.16382460.139545034749100
2.2229-2.36220.17472280.146545544782100
2.3622-2.54460.16362300.15445484778100
2.5446-2.80060.16662370.155345374774100
2.8006-3.20580.17472150.154446224837100
3.2058-4.03870.17842410.145345694810100
4.0387-49.04180.15932820.14764638492099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9388-0.53611.80776.2618-0.37317.47930.135-0.4436-0.50630.3383-0.02480.13310.57190.307-0.04260.18650.0604-0.00390.22190.03220.132180.0033-4.074545.1528
26.02590.03554.52891.61240.93777.2969-0.10190.318-0.21430.03290.0898-0.05080.46150.5694-0.01420.22480.04170.03680.1346-0.02410.111377.7372-3.524128.0258
33.34840.4053.48240.78771.47777.8723-0.1158-0.01440.23-0.0376-0.0771-0.0536-0.23080.22110.17010.11250.00380.00880.10420.01890.060472.74775.763340.2672
41.2068-0.31660.87090.3762-0.56452.7453-0.0218-0.1749-0.03440.06520.02160.0523-0.0473-0.0654-0.00470.10370.00490.01040.0883-0.00060.068667.46753.970840.5257
53.551-0.1062-0.53832.94080.09516.1553-0.15740.1343-0.1327-0.2237-0.03010.00350.2002-0.08320.13460.10090.01590.00030.05410.00570.076665.3042-0.13828.7327
63.74350.95441.97960.68980.42761.37770.0128-0.1141-0.050.04420.02220.0170.0996-0.1-0.0330.144-0.0094-0.00370.07220.01510.053348.3598-1.869915.7963
72.09460.04080.16072.3822-0.34652.6083-0.00240.0144-0.1025-0.11480.00710.03450.1944-0.10360.01440.1181-0.0136-0.02270.08230.00460.0543.3322-1.60727.1099
84.6901-0.23872.42130.6736-1.39194.41440.02740.32720.0572-0.0259-0.0666-0.0640.00290.35770.04390.142-0.02450.00350.0880.00920.081854.41383.48277.7783
92.71081.68451.11694.46351.51092.50710.01850.17890.0391-0.31550.02360.32110.0904-0.1557-0.07580.1223-0.0051-0.0210.09510.00690.095439.15770.72532.1924
106.36780.8756-3.04338.53980.09872.2269-0.0193-0.36890.52850.29520.23310.072-0.2173-0.0675-0.22830.15480.0273-0.00670.2034-0.03190.129582.3712-14.472816.328
116.7862-2.3974-0.94338.08960.52517.00760.1351-0.06380.3562-0.05390.0963-0.749-0.05240.9164-0.21760.22950.0146-0.00920.236-0.0620.181772.8634-15.11129.0767
124.9454-0.4033-3.82560.17710.15483.0949-0.1662-0.1137-0.1781-0.0060.02740.00890.08280.20220.11250.14750.00560.00380.1029-0.00730.069175.6061-22.512112.7659
132.92171.6877-0.63942.9027-0.6681.2892-0.04580.14160.0891-0.19450.08690.17620.0229-0.0151-0.02840.12520.0135-0.00310.0686-0.02220.073563.6912-21.597116.3195
143.6434-0.0156-0.93870.10640.00490.2304-0.0576-0.10450.00090.00690.036-0.0151-0.0285-0.0480.0210.15280.01540.00020.0746-0.01380.089254.8509-18.792824.6654
153.0210.156-0.21.1656-0.20232.508-0.03020.02750.0487-0.00850.05230.0256-0.0288-0.0014-0.0190.1110.01830.01760.08670.00220.054339.0963-14.855428.9585
165.33670.7314-0.330.8604-1.22412.2505-0.0435-0.5573-0.25120.1096-0.0725-0.10230.12360.24260.08770.17690.04930.02170.18370.04790.111942.3673-21.543737.0062
173.0301-2.2471-1.62524.380.80913.1997-0.05880.0648-0.23510.1243-0.00920.48360.0731-0.5220.03590.11170.00460.00510.2051-0.00240.107626.974-17.423733.0716
182.7239-3.76233.37477.8585-6.15035.01290.05480.2067-0.2439-0.3527-0.17770.01460.2-0.36130.17490.1584-0.0322-0.00810.2393-0.03350.138924.416-22.13924.1639
197.4465-5.19145.50046.9836-4.15494.2145-0.058-0.8269-0.38290.32990.34170.11210.897-0.7676-0.25510.3102-0.04560.02410.26220.04390.192730.1912-28.936836.5851
206.841-0.98723.80858.4717-2.81552.7382-0.3427-0.78280.26490.60040.24650.5214-0.432-0.73270.07930.21540.0647-0.01880.1828-0.00680.167934.24727.61717.18
219.13142.2915-4.91047.1041.17087.17090.20480.59010.2444-0.52210.0293-0.3959-0.7073-0.0677-0.19930.25290.0104-0.02910.13780.0330.187544.941511.91571.4213
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 43 )A29 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 57 )A44 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 58 through 74 )A58 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 75 through 127 )A75 - 127
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 128 through 150 )A128 - 150
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 151 through 188 )A151 - 188
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 189 through 207 )A189 - 207
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 208 through 226 )A208 - 226
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 227 through 247 )A227 - 247
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 31 through 43 )B31 - 43
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 44 through 57 )B44 - 57
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 58 through 90 )B58 - 90
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 91 through 127 )B91 - 127
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 128 through 162 )B128 - 162
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 163 through 207 )B163 - 207
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 208 through 226 )B208 - 226
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 227 through 247 )B227 - 247
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 1 through 7 )C1 - 7
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 8 through 13 )C8 - 13
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 3 through 7 )D3 - 7
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 8 through 13 )D8 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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