PDB-5ok4: Crystal structure of native [Fe]-hydrogenase Hmd from Methanother...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ok4

タイトル

Crystal structure of native [Fe]-hydrogenase Hmd from Methanothermobacter marburgensis inactivated by O2.

要素

5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / [Fe]-hydrogenase / Fe-Guanylylpyridinol cofactor / H2 / hydrogenase / methanogenesis / methenyl-tetrahydromethanopterin / methylene-tetrahydromethanopterin / hydrogenation / O2 / inactivation

機能・相同性

機能・相同性情報

5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase / N5,N10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / one-carbon metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.29 Å

データ登録者

Wagner, T. / Huang, G. / Bill, E. / Ermler, U. / Ataka, K. / Shima, S.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Dioxygen Sensitivity of [Fe]-Hydrogenase in the Presence of Reducing Substrates.
著者: Huang, G. / Wagner, T. / Ermler, U. / Bill, E. / Ataka, K. / Shima, S.

履歴

登録	2017年7月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ok4.cif.gz	164.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ok4.ent.gz	128.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ok4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ok4_validation.pdf.gz	761.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ok4_full_validation.pdf.gz	762.7 KB	表示
XML形式データ	5ok4_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	5ok4_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/5ok4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/5ok4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jjfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ggu-1 3vzd-2 3pkj-d 7046 6nq1-d 7045 6ki7-d 2gti-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (9) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase

ヘテロ分子

38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
231 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	x-y,-y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	-x,-x+y,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.418, 127.418, 141.211
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-403- FE
2	1	A-766- HOH
3	1	A-871- HOH
4	1	A-1002- HOH

#1: タンパク質	5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase / H(2)-dependent methylene-H(4)MPT dehydrogenase / H(2)-forming N(5) / N(10)- ...H(2)-dependent methylene-H(4)MPT dehydrogenase / H(2)-forming N(5) / N(10)-methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase / N(5) / N(10)-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase 分子量: 37692.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / 組織: / 参照: UniProt: P32440, 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-FEG / 5'-O-[(S)-{[2-(carboxymethyl)-6-hydroxy-3,5-dimethylpyridin-4-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]guanosine / 4-(5′-グアニリルオキシ)-6-ヒドロキシ-3,5-ジメチルピリジン-2-酢酸分子量: 542.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₃N₆O₁₁P
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.04 % / 解説: Transparent cube shape of about 100x100 micrometer.
結晶化	温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1-ml mixture containing 120 mM potassium phosphate pH 6.0, 1 mM EDTA, 26 uM (1 mg/ml) [Fe]-hydrogenase and 26 uM methylene-H4MPT was incubated in 5-ml amber vials with rubber stoppers under a ...詳細: 1-ml mixture containing 120 mM potassium phosphate pH 6.0, 1 mM EDTA, 26 uM (1 mg/ml) [Fe]-hydrogenase and 26 uM methylene-H4MPT was incubated in 5-ml amber vials with rubber stoppers under a gas mixture of N2/O2/H2 (70%/20%/10%) at 40 degree Celsius for 1 h. The inactivated enzyme was concentrated to 25 mg/ml using a 30 kDa centrifugal filter (Millipore). 0.7-ul of 25 mg/ml O2-inactivated [Fe]-hydrogenase was mixed with 0.7 ul of reservoir solution of 2 M (NH4)2SO4, 100 mM Tris/HCl, pH 7.0, and 200 mM LiSO4. The best diffracting crystal was obtained in one month. Prior to freezing the crystal was soaked for 3 seconds in 2 M (NH4)2SO4, 100 mM Tris/HCl, pH 7.0, 200 mM LiSO4 and 30% glycerol v/v.

結晶

マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.04 % / 解説: Transparent cube shape of about 100x100 micrometer.

結晶化

温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1-ml mixture containing 120 mM potassium phosphate pH 6.0, 1 mM EDTA, 26 uM (1 mg/ml) [Fe]-hydrogenase and 26 uM methylene-H4MPT was incubated in 5-ml amber vials with rubber stoppers under a ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00005 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00005 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.29→47.07 Å / Num. obs: 110077 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 1.29→1.36 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 1.128 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 15981 / CC_1/2: 0.638 / R_pim(I) all: 0.423 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2JJF

2jjf

解像度: 1.29→43.474 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.61

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1471	5448	4.95 %
R_work	0.127	-	-
obs	0.128	110053	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.29→43.474 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2639	0	46	516	3201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2867
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.194	3921
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.265	1098
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	442
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	513

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.29-1.3047	0.2186	172	0.2349	3487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3047-1.32	0.2776	181	0.2434	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.3361	0.2544	186	0.2199	3438	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3361-1.353	0.2425	181	0.208	3486	X-RAY DIFFRACTION	100
1.353-1.3708	0.2321	153	0.1987	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3708-1.3896	0.2186	191	0.1894	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3896-1.4095	0.1996	173	0.172	3481	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4095-1.4305	0.1813	197	0.1589	3461	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4305-1.4529	0.168	172	0.1453	3454	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4529-1.4767	0.1902	193	0.1368	3439	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4767-1.5021	0.1571	178	0.1283	3480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5021-1.5295	0.1576	171	0.1238	3486	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5295-1.5589	0.1411	193	0.1166	3462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5589-1.5907	0.148	175	0.1105	3502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5907-1.6253	0.1481	172	0.1084	3456	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6253-1.6631	0.1338	174	0.1057	3486	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6631-1.7047	0.1239	181	0.1028	3477	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7047-1.7508	0.1478	196	0.1027	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7508-1.8023	0.1277	187	0.1018	3463	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8023-1.8605	0.1299	185	0.1059	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8605-1.927	0.1301	190	0.1188	3476	X-RAY DIFFRACTION	100
1.927-2.0041	0.1438	181	0.1125	3478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0041-2.0953	0.1288	184	0.1111	3503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0953-2.2058	0.1383	189	0.1108	3488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2058-2.344	0.1299	164	0.1127	3521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.344-2.525	0.1211	174	0.1162	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.525-2.779	0.1542	194	0.1226	3517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.779-3.181	0.1257	167	0.1313	3538	X-RAY DIFFRACTION	100
3.181-4.0073	0.1434	189	0.1261	3552	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0073-43.4989	0.1576	205	0.1412	3634	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)