PDB-5ojt: Structure-Activity Relationships and Biological Characterization ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ojt

タイトル

Structure-Activity Relationships and Biological Characterization of a Novel, Potent and Serum Stable C-X-C chemokine receptor type 4 (CXCR4) Antagonist

要素

ACE-ARG-ALA-(D)CYS-ARG-BNA-HIS-PEN

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / CXCR4

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Brancaccio, D. / Carotenuto, A.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure-Activity Relationships and Biological Characterization of a Novel, Potent, and Serum Stable C-X-C Chemokine Receptor Type 4 (CXCR4) Antagonist.
著者: Di Maro, S. / Di Leva, F.S. / Trotta, A.M. / Brancaccio, D. / Portella, L. / Aurilio, M. / Tomassi, S. / Messere, A. / Sementa, D. / Lastoria, S. / Carotenuto, A. / Novellino, E. / Scala, S. / Marinelli, L.

履歴

登録	2017年7月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2022年5月4日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ojt.cif.gz	29.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ojt.ent.gz	19.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ojt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ojt_validation.pdf.gz	364.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ojt_full_validation.pdf.gz	409.5 KB	表示
XML形式データ	5ojt_validation.xml.gz	5.7 KB	表示
CIF形式データ	5ojt_validation.cif.gz	6.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/5ojt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/5ojt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1y49-d 2xji-4 6tt6-d 2ox2-d 2jta-d 1foz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 34165Structure-Activity Relationships and Biological Characterization of a Novel, Potent and Serum Stable C-X-C chemokine receptor type 4 (CXCR4) Antagonist

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ACE-ARG-ALA-(D)CYS-ARG-BNA-HIS-PEN

999 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	ACE-ARG-ALA-(D)CYS-ARG-BNA-HIS-PEN 分子量: 999.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	isotropic	1	2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 2 mM NA Peptide, 200 mM [U-99% 2H] SDS, 90% H2O/10% D2O
Label: 1H_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
2 mM	Peptide	NA	1
200 mM	SDS	[U-99% 2H]	1

試料状態

イオン強度: 0 mM / Label: condition_1 / pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
XEASY	Bartels et al.	chemical shift assignment
DYANA	Guntert, Braun and Wuthrich	structure calculation
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
VNMR	Varian	collection

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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