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- PDB-5oiz: Penicillin-Binding Protein 2X (PBP2X) from Streptococcus pneumoni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oiz
タイトルPenicillin-Binding Protein 2X (PBP2X) from Streptococcus pneumoniae in complex with oxacillin
要素Penicillin-binding protein 2X
キーワードANTIBIOTIC / Penicillin / b-lactam / cell-wall / transpeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase ...: / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1S6 / Penicillin-binding protein 2X
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bernardo-Garcia, N. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Allostery, Recognition of Nascent Peptidoglycan, and Cross-linking of the Cell Wall by the Essential Penicillin-Binding Protein 2x of Streptococcus pneumoniae.
著者: Bernardo-Garcia, N. / Mahasenan, K.V. / Batuecas, M.T. / Lee, M. / Hesek, D. / Petrackova, D. / Doubravova, L. / Branny, P. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2017年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 2X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2112
ポリマ－76,8081
非ポリマー4031
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area29030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.415, 100.415, 189.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 2X / PBP2X


分子量: 76807.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: pbpX, spr0304 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rx1 / 参照: UniProt: P59676
#2: 化合物 ChemComp-1S6 / (2R,4S)-5,5-dimethyl-2-[(1R)-1-{[(5-methyl-3-phenyl-1,2-oxazol-4-yl)carbonyl]amino}-2-oxoethyl]-1,3-thiazolidine-4-carb oxylic acid / Oxacillin, bound form


分子量: 403.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N3O5S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 2.3-3.0 M NaCl, 0.1 M sodium acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→86.79 Å / Num. obs: 30875 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.14 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4451 / CC1/2: 0.58 / Rpim(I) all: 0.67 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K25

1k25


解像度: 2.7→48.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 10.963 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28096 1601 5.1 %RANDOM
Rwork0.21656 ---
obs0.21985 29554 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.405 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-27.61 Å20 Å20 Å2
2--27.61 Å20 Å2
3----55.22 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→48.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4994 0 28 100 5122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.025112
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5961.9686930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.387310869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8755648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.90425.867225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.50215880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8861518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2785
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0215717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02951
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0015.0682601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0025.0682600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9117.5993246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.917.5993247
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3685.2072511
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3655.2062509
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3877.7473684
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.49361.9196084
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.49361.9226085
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 129 -
Rwork0.3 2133 -
obs--99.74 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 52.1791 Å / Origin y: -14.7841 Å / Origin z: -1.6388 Å
111213212223313233
T0.1411 Å2-0.001 Å20.0106 Å2-0.1471 Å20.0022 Å2--0.0046 Å2
L0.1644 °20.0515 °20.0428 °2-0.2705 °2-0.0715 °2--0.6226 °2
S0.0038 Å °-0.0357 Å °0.0029 Å °0.005 Å °0.0112 Å °-0.0244 Å °-0.0096 Å °0.0104 Å °-0.015 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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