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万見
- PDB-5oix: Structure of the HMPV P oligomerization domain at 1.6 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oix
タイトルStructure of the HMPV P oligomerization domain at 1.6 A
要素Phosphoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Phosphoprotein / P protein / Mononegavirales / Viral replication / Tetramerization
機能・相同性Phosphoprotein, pneumoviral / Pneumovirus phosphoprotein / virion component / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase activity / Phosphoprotein
機能・相同性情報
生物種Human metapneumovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Renner, M. / Paesen, G.C. / Grison, C.M. / Granier, S. / Grimes, J.M. / Leyrat, C.
資金援助 英国, フランス, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust204703/Z/16/Z 英国
European UnionFP7/2007-2013 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/L017709/1 英国
Labex EpiGenMedANR-10-LABX-12-01 フランス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural dissection of human metapneumovirus phosphoprotein using small angle x-ray scattering.
著者: Renner, M. / Paesen, G.C. / Grison, C.M. / Granier, S. / Grimes, J.M. / Leyrat, C.
履歴
登録2017年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年5月8日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoprotein
B: Phosphoprotein
C: Phosphoprotein
D: Phosphoprotein
E: Phosphoprotein
F: Phosphoprotein
G: Phosphoprotein
H: Phosphoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1569
ポリマ－106,0648
非ポリマー921
水4,360242
1
A: Phosphoprotein
B: Phosphoprotein
C: Phosphoprotein
D: Phosphoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1245
ポリマ－53,0324
非ポリマー921
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area5960 Å2
手法PISA
2
E: Phosphoprotein
F: Phosphoprotein
G: Phosphoprotein
H: Phosphoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0324
ポリマ－53,0324
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area6230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.000, 110.440, 38.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Phosphoprotein


分子量: 13257.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human metapneumovirus (ウイルス) / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q91KZ5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% polyethylene glycol (PEG) 6000, 200 mM NaCl, and 100 mM Tris, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→36.39 Å / Num. obs: 31091 / % possible obs: 99.32 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04575 / Rpim(I) all: 0.02941 / Net I/σ(I): 13.89

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
xia2データ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.61→36.39 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2035 --
Rwork0.1792 --
obs-31086 99.32 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→36.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1631 0 6 242 1879

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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