PDB-5oio: InhA (T2A mutant) complexed with 5-((3,5-dimethyl-1H-pyrazol-1-yl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oio

タイトル

InhA (T2A mutant) complexed with 5-((3,5-dimethyl-1H-pyrazol-1-yl)methyl)-N-ethyl-1,3,4-thiadiazol-2-amine

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Inhibitor / complex / fragment based drug discovery / tuberculosis

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Convery, M.A.

引用

ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2018
タイトル: Screening of a Novel Fragment Library with Functional Complexity against Mycobacterium tuberculosis InhA.
著者: Prati, F. / Zuccotto, F. / Fletcher, D. / Convery, M.A. / Fernandez-Menendez, R. / Bates, R. / Encinas, L. / Zeng, J. / Chung, C.W. / De Dios Anton, P. / Mendoza-Losana, A. / Mackenzie, C. / ...

履歴

登録	2017年7月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oio.cif.gz	220.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oio.ent.gz	177 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oio.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5oio_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5oio_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5oio_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	5oio_validation.cif.gz	34.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/5oio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/5oio	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5oicC 5oifC 5oilC 5oimC 5oinC 5oipC 5oiqC 5oirC 5oisC 5oitC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5oic-1 1enz-2 5oit-d 1zid-1 4r9r-d 4oxn-1 5coq-d 1p45-1 2b36-1 1bvr-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

58.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.390, 99.490, 185.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase 分子量: 28524.754 Da / 分子数: 2 / 変異: T2A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-9VT / 5-[(3,5-dimethylpyrazol-1-yl)methyl]-~{N}-ethyl-1,3,4-thiadiazol-2-amine 分子量: 237.325 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 35-42% Ethoxyethanol and 0.1M Mes pH 6.5-6.8. 5% glycerol used as cryoprotectant. Crystals were soaked to obtain ligand complex. PH範囲: 6.5-6.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→92.84 Å / Num. obs: 22089 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 49.86 Å² / CC_1/2: 0.926 / R_merge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.74→3.87 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.171 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. unique obs: 14355 / CC_1/2: 0.843 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.7	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
BUSTER		位相決定

精密化

解像度: 2.74→29.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.463 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.575 / SU R_free Blow DPI: 0.257 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.252

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.201	1026	4.75 %	RANDOM
R_work	0.157	-	-	-
obs	0.159	21613	95.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.813 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.2483 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.5647 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.74→29.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3959	0	120	321	4400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	4194	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.12	5735	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1421	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		89	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		654	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4194	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.26
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.29
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		558	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		5274	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.74→2.87 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	128	4.4 %
R_work	0.17	2780	-
all	0.173	2908	-
obs	-	-	97.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5733	-0.3798	-0.2794	2.176	0.1948	0.9984	0.1046	0.1227	-0.2397	-0.2787	-0.2802	0.666	0.0911	-0.2689	0.1757	-0.1256	0.0426	-0.1364	0.0051	-0.1233	-0.0448	-21.4636	20.3172	18.4909
2	0.5576	-0.0161	0.0996	1.6626	-0.0572	1.1978	0.1092	0.0355	-0.074	0.0081	-0.1343	-0.0153	0.2929	0.0774	0.0251	0.0304	0.05	0.0092	-0.0344	0.0176	-0.1574	3.9159	3.5506	28.2942

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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